Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ZEB1_0014900
Sequence Length
2814 nt
GC Content
0.3372
GUGGAAAUGAGGCAAGGGAUCCAUUAUCCACAGCAUGAGUAAGUUUCUAGUCAGUUCCUCUGUCUAGGGAGUUUGUUUUCCCUUUUCGCCCUUGUUGGCCUGGGAGACUCAACCAGCUUAGUAGUCUUUUCCUUUCAGUAAGAUUUCCAACUUUGGGUUGGUCUUUACCCCUUUUUAGCUCUUUUUGUCGUAUUAUCUGCACUUAGUACUUUGUAACUGUUUUCACCCCUUCCCCCCAAAGUUAGUUCAAAGGCUUACAGCAUGUUGAAAAUAGGAAAAUUGUUUUUAAAUUAAGUGAGUUUUUGUGUACACUUAUUUCUUUAGUCUAAAGUUUUGUUUUAAAUCUCUUUUUCACAUUUAAACCUGAUUCCCUGAGACAAGAUAUAAAAUUGAAUUAUUUGUGAAAUGUGGAAAGGUUUUUAUUGCCUGUAAUCAAAGCAUAAUCUGUCCAUUAAAGCAUUAUUUUAGUGAUGAAGGGUGGACAUACAUCCCAAGUUUACUACCUGUUUUCUUACUGUGGUUUUGACCAUACAGCAAAUGGUAUUUUAUACUCUGAAAUGAAAUGCACCAUACACAUUGUCCAGUAUGUUUUGAGUUUUAAUUCUACAUUUUCAGAUUUUGGGGUCAAAUGAAAUCAAGUACUUUAUAAAUAGUUGUUUCUUCUGAUUCUACUGGCCUUACAUGUUAGAUUUUUUUAAAGUAUACACAUUCAGUCCUUUAUCAGUACCAUUAAUCAAAUGUUGAUUUCAGCAUUUCUUCAUUUUGUUUUCUUUUUUCUUUUCUUUUUUUCUUUUUCUUUUCUUUUUUUUUUUGAGACGGAGUCUAGCUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCACAGUCUCAGCUCACUGCAACCUCCACCUCCCAGGUUCAAGCAGUUCUCCUGCCUUAGCCCCCCCAAGUAACUGGGAUUACAGGCGCUUGCCACCACAUCCAACUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUGGGGUUUCACCAUGUUGGCCAAGCUGGUCUCGAACUCCUGACCUCGUAAUCCGCCAGCCUCAGCCUCUCAAAGUGCUGGAAUUACAGGCAUGAGCCACCACACCUGGCCAGCGUUUCUUCUUUUUCUCUCUAAUUUAUCAAAUUUGGAAACAGUUGGAAAACAUUUAAAGGAAAUAAGUCUCUGUGUUUUUAAUAAUAGUUUAAAAGUUAAAGGAAAACAAAUGAAUAAUAUUCUGUUUAUUAUAGUCAGACAAAAUGUACAUACGAAAAUACAUAAGGAAAUAUAGAAUGGCAUCUUCUGAUUUUAAUUUAAUAUUAUGGUAAUGAUUUACUUAGGCAGAAUUAUAGCUAUAGACAACCAUUUUAUCACUUUAUUUAUAUCGAUCUACUCUCUAUGGAUGAAAACAGUUAAUACUAAAGCAUUAAGAAGGUAUAUUGCUUUUCAUCUGUAUUAAUAUUCUUCUUCUGAUAUUUGAUAUUUAAUAAUAUAUUUUAAAAUACUCUGCAUGAUUUCCUGAUCUUAAAGCAUUCCAUUCCUUUCAAGGAAUUUGGAUUAUAAUGAUUUAUUUAUAGUAUUUUUGUCAUUAAUAUUUUAGGAUAUGGCAUCUUAAAAUAUUGUAUUCCUAACAGUUAUUUAAUAUAUAAUUAAACAUCUAUAUUAGUAUUAUUUUAUAUAACAUAUUUUCAAACUCCUCAGAACAUUUGUAGGUUUUUGUUUAAUUUUAUGUAAGUUUCACCUUAAGAAUAUUGACUAAUCGGUUAAUAUUCUUCUUAAUCAUCGCAAUUUUUUAAAAUGCUUUCUAUGUACCAGGACCUAUUUAAGGUACUACAGAUAAUCAGUGUGUCAAAAAACAAAACCAAAAUUCCUUUCCUCAUGGAGUUUUACAUUCUAGUAGAUUGAUUCUACUGUUGAUUCAUACUAAAUUAAUUUAUUAAUUAUAGUAGAUUAUUCUGUGGCAUUUAACAGAAUUCAAAGGGCUACUUUUCUGUUGUUAGGAAAUAGCAUAUGCCAUUAUCUUGGAAAUACAAAGGGAGGACAGAAUUUCCGCUGGCUCUAACCCAUUGCUUUUUAAUGAGUUUAGCUAUGUAUAUAUAUUUUAAAAUGGAAUUUAUAAUUAUGAUCAUUUGGCAACCUACAGUUUUUCUGUAUUUUUUCAACUUCUCAACUUCCCAGUGAUGGGGGUGGAUGUUGAACUAGUCACUUAAGGUUUUGGGUCUAAGGAGUAAUAUUUGAAACAUGCAGUAUUUAGAGGAGAUAUUUUUGUGAAUGAAGAGAAUGUGAUUUUAAGAAUACUCAUGAUUUUAUCUAAUUUCUGUUCUCAAAACUUCAUUUUGUAAUAUAGAAGAUAAGCUUGAUCAAAAUAGUUUGAUCCCAGUAUAAUCUUUUACUCUUCUCUCCUCCCUUAGGACAACCUUAAACUUCCACCACAAGAGGAAUAUAAAGAGGUCCCUCCUGCACCAAGAAAGAUCUGCAGAUCUUUUUCAGUGUUCUUGGAGGUGUGGGGUGUGAGAACUUGAUCAGUUUGUGUCAGCCACCUUGUUCUCUAAAGGGAAAGCCCCUCAAACCAUUUUGUAUUCUGUAUUACACUUCAGAAAGUGUGGAAGCAAAGGUCAUCUAAUCUUUAAAAGUUACAAAUUAUAAUACUGUGGUAGAAACAAAUUCAGAUUCAGAUGAUGAAGACAAACUGCAUAUUGUGGAAGAAGAAAGUGUUACAGAUGCAGCUGACUGUGAAGGUGUACCAGAGGAUGACCUGCCAACAGACCAGACAGUGUUACCAGGGAGGAGCAGUGAAAGAGAAGGGAAUGCUAAGAACUGCUGGGAGGAUGACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-663.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -720.51
Frequency: 0.0000
Diversity: 649.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((.(((....).)))))).))))).((((....((.(((((((.(((.....))).))))))).))...((((((.....(((......)))..))))))(((..(((((((((((.((((((((((((((((((....((((((...))))))..))))).........(((((((((...(((.((.(((..((((((.(((((((((((((((((.((.....((((((((((....(((((((((((......((((((((((.....)))))))))).....)))))))))))....(((..((...((((((.....(((((((((((((((...(((........)))...))))...))))))))))).....))))))..))..)))((((((((((((((.......))))....((((((((((...((((((((....((((((....))))))...))))))))........(((...((.....))...)))..((((((....))))))..((((((((((((((((........)))))))..))))).....))))....)))))))))).......))))))))))...))))))))))......((((.(((.((.........)).)))))))..(((((...(((((......((((...(((((...)))))....))))))))).....)))))...........((((((((....)))))))).(((((((.((((((((((..(((((...................(((.((((((((((((((((((...))))))))....(((.((((((((((((((.........)).)))))))..))))))))....((((...((((.....))))...))))..((((......))))......(((....)))......(((((((..((((((.((((((((.(((((.((((.......((((((((((...((((......(((.((.(((.(((((...(((((((...........)).))))).)))))))))).)))..))))....)))))))))).....)))).)))))))))......)))).)))))).)))))))......)))))))))).)))...((((..........))))...)))))..)))))))))))))))))......((((...........))))......(((.((.(((..(((.((((((....(((((((((.(((....))).............((((((.(((((((.........))))))).)))))).....)))))))))..)))))).))).))))).))).......)).))))))))))))....))))).))))))((((((...)))))).((((((((...((.(((((((((((((((..(((.((((((.(((((((...(((((..(((...((((....))))..........((((((((....)))))..)))(((((((........)))))))...........((((((((((((((.....)))))))))))))).........))).)))))))))))).)))))).))).)))))).......(((((((((........((((..(((((((...)))).)))..)))).......))))))))).........(((((((((((((....)))))))))))))..........(((.(((...))).))).......(((((.............)))))(((((.((..((((.((((.............((((((((.........))))))))......(((((((.....))))))).....((.(((((((((((....)))))).)))))))..(((((((........))))))).......((((.(((((((....))))))))))).....(((......))).......(((((((((.((((.....(((((((..(((.(((((.....))))).))).))))).))...((((((.(((((((.....................((((....(((((.....)))))....((((((.(((..(((.((((....)))))))))).))))))...))))....((((((((((....((((((..((..(((((((((.(((((((..((((.((((((((.........))))))))..))))..))))))))))).)))))..))))))))...))))))))))))))))).))))))((((((..(((.(((((((....)))))))..)))...)))))).....)))).)))))))))(((....)))....(((((.........(((((((((((.(((.(((((.((((..(((((((((....)))))))))..))))....)))))((.(((((..(((((((((((........))))).......))))))..........))))).)).))).))))))))))).....((((((....))))))))))).....((((((((((((......(((....((((((....))))))...)))......))))).)))))))...)))).))))..)))))))))))))))).))..))))))))...(((.((((..((((...((...))...))))....))))..))).))))).)))..)))))))))..)))))).))))))).)))))).....)))))))).))).).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(,((((,({.{{{.,,{{{|,},||{|||,,.{{,||,,,,{,|||||{{,|{{,,,,.)||,|}|||||,,,....|||||}....{((,.....}})..)))}}}{{{..(((((((((((.(((((((((((((((((((...((((({...))))))))))})).........(((((((((,..(((.{{,(({..((((((.(((((((((((((((((.({.....((((((((((.,,.(((((((((((......((((((((((.....)))))))))).....)))))))))))...,|{{.......{{({{{.....(((((((((((((((...{{{........}}}...))))...))))))))))).....}}}))}..},.,||{((((((((((((((.......))))....((((((((((...((((((((....((((((....))))))...)))))))}..,.....,{(...{{.....||...}},.,((((((....)))))),}}.,,{{{(((((((((........)))))))},,}}}}......}},..,,)))))))))).......))))))))))}}}))))))))))......((((.{((.((.,.....,.}},}}}}}}}..{{|{{.,.{{{({......{{{{{{|{,,,,,,}}}}}},,,.,,,,},}}}.....}}}}}...........((((((((....)))))))).{(((((((((((((((((..(((((,,..,,,,,,,,.......,...........|,((((((((...))))))))....(((.((((((((((((((.........)).)))))))..))))))))....((((.{.((((.....)))).}.))))..((((......))))......(((....)))......(((((((..{{((((.,...((((.(((((.{(((.......((((((((((.{.((((...{..(((.((.(((.(((((...(((((((..,........)).))))).)))))))))).)))..))))....)))))))))).....)))}.))))))))).....}))),..}))},.))))))),,,...,,}))))))}.}}}...{{{|,,,......,)}})...)))))..))))))))))))))))}..,,,.{,((,{|,....,}.}))),...,,||{.{{.(((..{((.((((((....(((((((((.{((....}}}..,,,,......{(({(((.({{{{{{.,.......))))))}.))))))},...)))))))))..)))))).))).)))},.}},.......)).))))))))))))..,,})))).)))))),|||||.,.}|||},.((((((((...{{.(((((((((({{(({..(((,({,,,,.|||||||..,|||||.,,(({..((((....)))).....)}}.(((((((((....)))))..}))).,{(((,,,,....}}}}}}},..,,,|||,}||{{{(((((((((,,,,,||}}}}}}}}}|||{.{{{{{{{{||..||||||||||,,||||||.},,,}}}}}}|,.....,{(((((({.,......((((..(((((({...}))).)))..))))...,}}.})))))))}.........(((((((((((((....))))))))))))}..........(({.(({....}},)))..,,,..,,,,,,|,{{{{.....}))).|(((((((((((.{(({({{,....,,......((((((((.........))))))))......(((((((.....))))))),}}},.},|((((((((((....}))))).))))))))))||))))}}......{((({|....{((.....}}}}}}}}}}}}))))))}))}},,}}}|||,,}}}})))},.....(((((((((.((((.....(((((((..(((.(((((.....))))).))).))))).)}...{(((((.((((((({,...,,.....,,,,.....,{{,....(((((.....)))))....((((((.((,{.{({{((((....)))))))))).))))))...},,.....,(((((((((....((((((..{{..(((((((((.(((((((..((((.((((((((.,.......))))))))..))))..))))))))))).)))))..}}))))))...))))))))))))))))).)))))|((((((,.(((.(((((({....}))))))..))).,.)))))),....)))).))))))))).|{,..{((({...((((({,..,....(((((((((((.(((.(((((.((((..(((((((((....)))))))))..))))....))))){(.(((((..(((((({{({,,,......}}}))....,..))))))..........))))).)}.))).))))))))))).....,{(({{....}))))))))))..})))|{{{{{{((({......{{{.,..{{{{{{....)))))).}.)))......))))).))))))}.,,)}}},,,,|,,,,}}}})))))))))).}),.)))))))).}}|{{.((((..{(((.,.{{...}}...))))....})))..)}}.)))}}.))},.)))))))))..)))))).))))))).)))))),....)))))}}),,})})}
Back