Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ZEB1_0018400

Sequence Length

365 nt

GC Content

0.4055

UAAAAGAUGAUGAAUGCGAGUCAGAUGCAGAAAAUGAGCAAAACCAUGAUCCUAAUGUUGAAGAGUUUCUACAACAACAAGACACUGCUGUCAUUUUUCCUGAGGCACCUGAAGAGGACCAGAGGCAGGGCACACCAGAAGCCAGUGGUCAUGAUGAAAAUGGAACACCAGAUGCAUUUUCACAAUUACUCACCUGUCCAUAUUGUGAUAGAGGCUAUAAACGCUUUACCUCUCUGAAAGAACACAUUAAAUAUCGUCAUGAAAAGAAUGAAGAUAACUUUAGUUGCUCCCUGUGCAGUUACACCUUUGCAUACAGAACCCAACUUGAACGUCACAUGACAUCACAUAAAUCAGGAAGAGAUCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-71.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -79.11

Frequency: 0.0000

Diversity: 80.57

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....(((.(((..(((...(((...........))))))....))).)))....(((((.(((...))).)))))....((((....))))..(((((((((((..(((....))).))(((((.(((((........((((.(((((.((..((((((((.(........).))))))))..)).)).)))(((((((...)).))))).))))......))))).)))))..................((((.((((.......)))).)))).....(((((.((..(((((((........)))))))..))...)))))(((..(((....))).)))......)))))))))......

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....{{(,(({..{((..,{{,..,,,.....,},,}}}....}}).|}}....(((((.(((...))).)))))....((({....)))).,((((((((((({{.((({{{,,(((((..(((.{({....))....)))..))))).{{.((((((((.(.,....,.).))))))))}},,..,,,,.,{|{{,....|}|))}||(((,,,.....,,}},.))))}.,................((((.((((.......)))).)))).}}}}||,||}|{..(((((((........)))))))..),...,,,,,,||..(((....))).}}}......)))))))))},}},.