Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ZEB1_0019500

Sequence Length

721 nt

GC Content

0.3218

AUUUCUGGAUCUGAUUUCUGUACUACUUGUGGAUUGAUUAAAUACAAAAACAUUAUUGUGUAUUAUUAUCAGUUGGUCUUUCAAAUAACUGAGACCAAAACAUUAAAAUAGUUUUAAAAAUCUGUAAACACUCCUAUUCUUCUGGAUUUCUACUUACAGAAUUAGCACCUAGAACUAGAAAAGUAAGUUUCUUUUUUUUUUCUGAGUGUUAAGACCUCAGGAAAUAUUUUUUUAAUUAACAUACUAUAAAAUUGACUUGAUAUUCAUUUAUUUGAGCUUUAAUACACACACACACAAACAGACACACACAUAAGUGUAUUCAUGUAGCAACCAUGACGAUCAGGGCACAGAACAGUUCCAUCAUCAGAGCACUAUCGUGCUACCCGUUUUUAGUCACAUUUUCAUUCUACCACAAAUCCUGGCAACCGUGAUCUUUUGCUAUCAUUUUCUCUUCUUGAGAAUGUUAUAAAAAUGAAAUCAUACAACAUGAAACAUAAUCUGUGUCACUCAGCAUACAAUAUGAAACAUUUCUAUUUCACUCAGAUGUAUUCAAGUUGUUGCGUGUAUCAAUAGUUUGAUCCUUUUUAUUAAUGAGUAGUAUUUCAUUGUAUGGGUGUGCCACAGUUUAUCCAUUCAUUAGUGGAAGGACAUUUGGGUUGUUUCCAAUUUACGGAGAUUAUGAGUAAAGUUGCUGUAAACAUUAGUAUACAGGUUUUGGGGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-149.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -163.93

Frequency: 0.0000

Diversity: 126.01

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((..((((((((((((.....(((((((((((((((((((((........)))))).)))..)))))))((((((..........))))))(((((.........))))).....(((((((....(((.........))).......))))))).(((((((.(((((..(((((((.......)))))))..))))).)))))))....(((((....(((((.................)))))...)))))..((((......))))................)))))))))).((((......))))..(((((.......))))).)))))))...)))))..))(((.(((....(((((....)))))...((((((((...(((((((((.........((((..((((((..(....)..))))))..))))........)))))))))..))))))))........((((......((((((((.((((((...(((.(((((.((((((((((...........)))))).)))).))))))))))).(((((....))))).((((((((((((((((.((((......))))(((((.((....)).)))))))))))))))))))))....(((((.....)))))...))).))))))))......))))(((((.((....)).)))))....))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((..((((((((((((.....{(((({{(((((..{(((({.........,}|)))|}|,..})))}}|((((((..........))))))||,,,.,,,,,...}}))},....(((((((....{{{.,,,,....))),......))))))).{((((((.(((((..(((((((.......)))))))..))))).))))))}...,{((((,{{{{{(,,.{{{{{,............)))}}}.,,)),,|||,.....,)))}..,},,,.,,,,,,,.}}}}}))))).{{((,,....))))..(((((.......))))).)))))))...))))}..))(((.,{{....(((((....)))))...((((((((...(((((((((.........((((..((((((..{....}..))))))..))))........)))))))))..))))))))........((((.,.,..((((((((.(((,{{...(((.(((((.((((((((((...........)))))).)))).)))))))),,).{((((....))))|{((((((((((((((((.{.,,...,{{{,,{((,,,.,|},}})).,)))})))))))))))))))),...(((((.....)))))...))).))))))))......))))(((((.((....)).)))))....))))))