Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ZFR_0004500

Sequence Length

1564 nt

GC Content

0.4380

GUACGUCUUAUUCAGGUUAUGAAGCAGCAGUGUAUUCAGCUGCAUCUUCCUACUAUCAACAGCAGCAGCAGCAACAGAAGCAGGCAGCAGCAGCAGCUGCUGCUGCUGCUGCAACAGCUGCCUGGACAGGGACCACCUUUACUAAAAAAGCACCAUUCCAAAAUAAACAACUGAAACCAAAACAGCCUCCCAAACCACCACAGAUUCACUAUUGUGAUGUUUGUAAGAUCAGCUGUGCUGGACCACAGACUUAUAAAGAACAUUUAGAAGGACAGAAACAUAAAAAAAAAGAAGCUGCAUUGAAAGCCUCACAAAAUACCAGCAGCAGCAACAGUUCUACUCGUGGGACUCAAAAUCAGCUACGUUGUGAGCUCUGCGAUGUGUCUUGUACAGGAGCAGAUGCGUAUGCUGCCCACAUUCGUGGUGCUAAGCAUCAGAAAGUGGUUAAGUUACACACAAAACUUGGUAAACCCAUUCCAUCAACAGAACCAAAUGUUGUUAGCCAAGCUACUUCUUCAACAGCUGUAUCUGCUUCAAAGCCGACUGCCUCUCCUUCAAGCAUUGCAGCAAACAAUUGUACUGUGAAUACGUCAUCAGUUGCAACGUCUUCAAUGAAGGGUCUUACGACUACAGGAAACUCGUCUCUUAAUAGCACAUCUAACACUAAAGUAUCAGCAGUGCCUACAAAUAUGGCUGCCAAGAAAACAUCUACCCCCAAAAUAAAUUUUGUUGGUGGUAAUAAGCUGCAGUCAACAGGAAAUAAAGCAGAAGACAUAAAAGGAACCGAAUGUGUUAAAAGUACUCCUGUCACUUCUGCUGUGCAGAUUCCUGAAGUAAAGCAAGACACAGUGUCAGAACCAGUCACACCUGCAUCUCUUGCUGCUUUACAGAGUGAUGUGCAGCCAGUGGGCCAUGAUUAUGUGGAAGAGGUACGAAAUGAUGAAGGAAAAGUAAUUCGGUUCCAUUGUAAAUUAUGCGAGUGCAGCUUUAAUGAUCCCAAUGCUAAGGAGAUGCACUUAAAAGGGCGAAGACACAGACUUCAAUAUAAAAAAAAAGUAAAUCCAGAUUUGCAAGUAGAAGUAAAGCCUAGUAUUCGAGCAAGAAAGAUUCAAGAAGAGAAAAUGAGGAAGCAAAUGCAGAAGGAGGAGUACUGGCGAAGACGAGAAGAAGAGGAGCGUUGGAGAAUGGAAAUGAGACGUUAUGAAGAGGACAUGUACUGGAGGAGAAUGGAGGAAGAACAACAUCAUUGGGAUGAUCGCCGCCGAAUGCCAGAUGGAGGUUAUCCUCAUGGUCCUCCAGGCCCAUUAGGCCUUCUGGGAGUCCGACCAGGCAUGCCUCCUCAGCCUCAGGGGCCUGCACCCUUACGUCGUCCUGACUCAUCUGAUGACCGUUAUGUAAUGACAAAACAUGCCACCAUUUAUCCAACUGAAGAGGAGUUACAGGCAGUUCAGAAAAUUGUUUCUAUUACUGAACGUGCUUUAAAACUCGUUUCAGACAGUUUGUCUGAACAUGAGAAGAACAAGAACAAAGAGGGAGAUGAUAAGAAAGAGGGAGGUAAAGACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-427.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -457.11

Frequency: 0.0000

Diversity: 295.36

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

....(((((.((((.....))))(((((.(......).)))))((((((((.((.((....((((((((((((.(((..((..((....)).))..))).))))))))))))....((((..(((.((((((....((((......))))......)))...........)))...)))...))))(((((........((((((((((....)))).)))))).......((((((((((........(((.((((.....)))).)))....................((.(((........))).))........)))))).))))....(((((.((((((...((((....((((...))))))))((((......((((((.....((((((((((((...((((.((((.(((.((((((...))))))))).))))(((((((........)))))))..............(((((........))))).((((...)))).........))))))))))))))))...((((..(((.((((((((..(((((((.........(((((((((((.....))).))).)))))..(((((..((((((((.((((..((((((....)).(((((((..(((((.......((.((((((((((...((((((.......(((((((..((.......(((((..(((((....)))))..))))).......)))))))))((((((..........((.((((............)))).))........))))))((((...((((((((.((((.((((((..(((((((..(((.((..((.....))..)))))....)))))))))))))..))))..)))))))).))))..((((......))))...))))))....))))...((((..(.....)..))))...........(((....))))))))).)).......))))))))))))((.(((...)))))((((.......))))..............((((((....))))))..))))..)))).))))....(((......)))...)))).)))))............)).))))).)))))))).))).)))).))))))......))))....((((((((((((...((((..((..(((.((((.(((((...((((((..(((.((((..(((..((((..(((.((..(((....))))).)))))))...))).)))))))..))))))(((((.....))))).((((........))))))))))))).)))))))))((((......))))...((((((..((....)).)))))).(((.(((....))).)))......)))))).))))))....((.(((((..(((((((((((................)))))).)))))...))))).))(((((((...))))))).)))))).)))))...........))))).......)).)))))))))).)))))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

....(((((.((((.....))))(((((.{......}.)))))((((((((.((,((....((((({((((({.,.,..((,,(({(((((.,,.}))))))))))))))))....|||},.((({..((,.....{{{,......,,})..}}..)))}..........{{{.........))).(((((........((((((((((....)))).)))))).......((((((((((........(({.((((.....)))).}))....................((.(((........))).))........)))))},))))....(((((.((((((...,{{,....((((...}}}}}}}(((((.{....,,(((({{...((((((((((((.,.((((.((((.(((.((((((...))))))))).)))).,,{(((........}}}||((,.............(((((........))))),|{||..,)}}},,,,,....}}}}})))))))))))...((((..(((.((((((((..(((((((..,......{((((((((((.....))).)))},)))}..(((((..{{{,((((.((((..((((,{....,},(((((((..(((((.......,......},....((({,{{{.........})))))...,,......,((((.{((({{.....,))},})).)))}..((((((((.((.............(((..,...{{,{..((((((((((...,,....,{{{({((.{((((...((((((((.((((.((((((..(((((((..((((((..{,.....},}})}}))....)))))))))))))..))))..)))))))).))))}.|(((.{{{.{|||,....,,)))}.}}).))}.}}},...,,,)))))))))).})))...,..))))).))))))))....,.......))))))))))))|{.((....})}))((((.......))))..............((((((....))))))..))))..)))).))))....{((......))}...}}},.}}}}}.....,,,,}..))}})))).)))))))).))).))))..,})))})}...,},)))))((((((((((((...,(((..{{..(((.((((.(((((.,{((((((..{{,(((((..({(..((((..(((.((..(((....))))).)))))))..,))).)))))))..))))))|((((.....)))),.((((........))))))))))))).))))})))|((({......))))...((((((..({....}).)))))).({(,(((....}},.,}),,....)))))).))))))....{(.(((((..(((((((((((..,,........,}}.)))))).)))))...))))).)|(((((({...})))))),)))))).)))))...........))))).,,,,..}}.}))))))))).)))))..