Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ZKSCAN1_0001000

Sequence Length

697 nt

GC Content

0.5423

GAGUCUCUCUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCGUUCUCAGCUCACUGCACCCUCCACCUCCCAGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGAGAUUACAGGAAUAGUAAAGAAACACAUCAUAAAACCUCCCAGGACAUAAAGGCUGCACAGGAGAAGGAUGGUAUCGUAAUAGUGAAGGUGGAAGAGGAAGAUGAGGAAGACCACAUGUGGGGGCAGGAUUCCACCCUACAGGACACGCCUCCUCCAGACCCAGAGAUAUUCCGCCAACGCUUCAGGCGCUUCUGUUACCAGAACACUUUUGGGCCCCGAGAGGCUCUCAGUCGGCUGAAGGAACUUUGUCAUCAGUGGCUGCGGCCAGAAAUAAACACCAAGGAACAGAUCCUGGAGCUUCUGGUGCUAGAGCAGUUUCUUUCCAUCCUGCCCAAGGAGCUCCAGGUCUGGCUGCAGGAAUACCGCCCCGAUAGUGGAGAGGAGGCCGUGACCCUUCUAGAAGACUUGGAGCUUGAUUUAUCAGGACAACAGGUCCCAGGUCAAGUUCAUGGACCUGAGAUGCUCGCAAGGGGGAUGGUGCCUCUGGAUCCAGUUCAGGAGUCCUCGAGCUUUGACCUUCAUCACGAGGCCACCCAGUCCCACUUCAAACAUUCGUCUCGGAAACCCCGCCUCUUACAGUCACGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-234.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -247.77

Frequency: 0.0000

Diversity: 147.01

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(....((((.((((((.((.((..((.(((((((((.((.......))))))))))))).)).(((...(((((...(((((..(((((.((((((..(....)..))))))....)))))...((......))..)))))..)))))...))).......)).)).)))))))).((.((((.((((....((((((((.((((.......((((((...((((.(((.(((((.(((((((..((....))....(((((.((..(.(((((((......((((.........)))).(((((....)))))...))))))).)..)))))))....(((((.((((..((......)).)))))))))(((((((((.....................((((((((((((((.((..((..............))..)))).))))))))))))))))))))).))))).))))))).)))))))(((((..(((((..((((((.((..((((((..((((((....))))).)..)))))).((((((.........)))))).....)).).)))))..))))).)))))...(((......))).))))))..)))).)))))))).)))).)))).)).......................(((.....))))(((..........)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

..((((,(({((((((.(({((.(((((((((((((.((.......))))))))))}.}))))))|.{.(((((...((({({{(((((.((((((..(....)..))))))....)))))...,,...,,,.},,,)}}}..)))))....)).......)).)).)))))))).))))....((((.{{.((((((((((.,{,.(,{{{((({({,,.((((.(((.(((((.(((((((..({....}}....(((({{((..(.(((((((......((((.........)))).(((((....)))))...})))))).}..)))))))....,({(,{((((.,({......)).))))))))|(((((((((.....................((((((((((((((.((..((...,..........))..)))),})))))))))))))))))))),))))).))))))).))))))){((((.((......}))))))....{{((((,,((((((....}))}|.|..}}})))|((((((.,.......)))))).,..|,}}.,}||,(((({((((((((,,(((..((.(({{{,{{},..,,))))))).))..)))..))))}})))..})))).)))).....))),)))},,.....)))))).)))).}}.)))).