Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ZKSCAN1_0001300

Sequence Length

2317 nt

GC Content

0.4955

GGCUUUGCUCUGUCACCCAGGCUGGAAUGCAGUGGCGUGAUCGUAGCUGACUGCAGCCUCAAACUUCUGGUUUCAUGCAAUCCUCCCACCUUAGCCUCCUGAGUAGCUGUGACUGCAGACACAGUCCCCAUGCCCAGCUAAUUUUUUUCUUUUUCAUAGGGACAGGGUCUUGCUAUGUUGCCCAGGCUGGUCUCAAACUUCUGGCUUCAAGCAUCCUCCUGCCUCAUCCUCCCAAAGGGCUGGAAUUAUAGGCAUGAGCUACCAUAUCUGGCCACAAGAAUCUUUAAAGCUGCUUGUCUCUUUUAUGACAGAGUCUCGCUCUGUGGCCAGGAUGGAGUGCAGUGGCGCGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCCGCCUCCUGGGUUCAAGUGAUUCUCCUUCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGACUACAGGUGCCCGCCACCGCGCCCAGCUAAUUUUUCUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACCAUGUUGACCAGGAUGGUCCCGAUCUCCUGACCUCGUGAUCCGCACGCCUUGGCCUCCCAAAGUUUUGGGAUUAUAGGCAUGAGCCACUGCGCCCAGCCAAAGCUAGAUUUAGAAAUCCAUUAUUUCACAUAACUGGUCUCAGAUAAACCAGUCUACAUCACAAUGUCUAAAAUGAACAACACCUGUGACAGGUCAGCACAGACUAAGUAAGUGUAUUAGUGUCAAUUUAUAGCUUAAUUUCUCUCUCUUUUAAGAUACAGACAUUCCAAUUAUUUUCUUUCUGUAUCCUUUGCGGAUCAUCUUGUACUUUGGAAACCACAAUUUAACUGCCCAAGUCACUCAUAAAAAUAGCAAAAGUAGCUGGAUGGUACAAAAGUAGGUCCCAGGGCUUCAAAUUUGGUUGAAUAUUGACUCCAGUAGGCAGCCACCUACUACUGAGCAAACCUAACCCUCAGUUAUGUCAUUUGUAAAACAGCACUUAACAGUUUGGCCGACCUGCUAGGGCUGUUGUAGGGACAAAAGAAGAUGGUGCGUGUACUGCUUUAAGCCUGGCACCUGGCACUCUGCUAACAUUCAGCUCUCUGGGCUGGGCACUGUUAAUGCUCCAUUUCGUAACCUGCUGUCAACCUGCAGGUAAAUCACUCUGACUCCAAGCAAACACCCUGAGGGUGGAGUCGGCCUGUUUGAGGUUUCUGUUUGCAAAUCUUGAUAUAUGAAGUGACAGUGGAGAUUGUACAGUUUUUUCCUCGAUUUGUCAGGAUUUUUUUUUUUUUGACGGAGUUUAACUUCUUGUCUCCCAGGUAGGAAGUGCAGUGGCGUAAUCUCGGCUCACUACAACCUCCACCUCCUGGGUUCAAGCGUUUCUCCUGCCUCAGCUUUCCGAGUAGCUGGGAUUACAGGCGCCUGCCACCAUGCCCUGCUGACUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUUGAACUCCUGACCGCAGGCGAUUGGCCUGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGAGAUUACAGGCGUGAGCCACCACCCCCGGCCUCAGGAGCGUUCUGAUAGUGCCUCGAUGUGCUGCCUCCUAUAAAGUGUUAGCAGCACAGAUCACUUUUUGUAAAGGUACGUACUAAUGACUUUUUUUUUAUACUUCAGGAAUAGUAAAGAAACACAUCAUAAAACCUCCCAGGACAUAAAGGUGAGCACAGACCCUGUUUGGAUCAAGUCAGUUCCUGGAGCCUGAAUGAUGACUGCUGAAUCACGGGAAGCCACGGGUCUGUCCCCACAGGCUGCACAGGAGAAGGAUGGUAUCGUAAUAGUGAAGGUGGAAGAGGAAGAUGAGGAAGACCACAUGUGGGGGCAGGAUUCCACCCUACAGGACACGCCUCCUCCAGACCCAGAGAUAUUCCGCCAACGCUUCAGGCGCUUCUGUUACCAGAACACUUUUGGGCCCCGAGAGGCUCUCAGUCGGCUGAAGGAACUUUGUCAUCAGUGGCUGCGGCCAGAAAUAAACACCAAGGAACAGAUCCUGGAGCUUCUGGUGCUAGAGCAGUUUCUUUCCAUCCUGCCCAAGGAGCUCCAGGUCUGGCUGCAGGAAUACCGCCCCGAUAGUGGAGAGGAGGCCGUGACCCUUCUAGAAGACUUGGAGCUUGAUUUAUCAGGACAACAGGUCCCAGGUCAAGUUCAUGGACCUGAGAUGCUCGCAAGGGGGAUGGUGCCUCUGGAUCCAGUUCAGGAGUCCUCGAGCUUUGACCUUCAUCACGAGGCCACCCAGUCCCACUUCAAACAUUCGUCUCGGAAACCCCGCCUCUUACAGUCACGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-752.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -799.04

Frequency: 0.0000

Diversity: 473.82

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((...)))((((.((..((((((.....((((.(((....))).))))....))))))....(((((....((((....((((((((((((.((((((((.(((((((((...((((((...(((((.(((.......((....)).......))).))))).((((..((((.((..(((.((..((....))..))...)))..))))))..(((.(((((..(((.(((...)))..))).....))))).)))((.((((.((((((((((.((.........((.(((((((........)))).)))...))))))))))))))))))))(((((((((.((....)))).)))))))......))))(((((.(((..(((((((...(((((((((..(((.(((((((((((((((..((((((((....))).(((((((.((((.(((((((((..((.(((.((((........((((..(((((.(((....)))))))).....((((((((((.((....)).((((((....)))))).....(((.((.((......)).))))).((((((......((....(((((...(((.((..((((((..(....(((.(((.(((........((......))........)))))).)))...)..))))))..)).)))...)))))))......))))))..................((((((((..................))))))))...)))))))))).........(((...)))))))......))))..))).))..))))))))).)))).)))))))..)))))....))).)))))))(((..(((((.((((((..(((((....)))))..))))))......((((((...........))))))..(((.(..(((......)))..).)))))))))))...))))).)))..)))).))))).(((((..(.(((((((((...((((........))))..(((((...))))).....((((((...))))))(((((((((((((((((........((((((.........)))))).........(((((((........((((...)))))))))))((((((((((((...((((..((((.((((.((.............)).))))))))))))......))))))...(((((((.........)))))))((((...(((..((((...((((((..(((.(((.((((((.........)).)))).).)).)))....))))))..)))).))).))))...(((((((........)))))))...))))))((((((((.(((((((((((.(((...........)))..)).)))))......)))).))).))))).((((..........))))((((((.....))))))((((((((.....)).))))))......(((....))).((......)).....)))))))..))))))))))....((((((((...(........)...)))))))).....((((....)))).))))))))).)..)))))(((((.((((........)))).)))))..((((((.....((((.((((........(((...(((((...)))))..))).......)))))))).....))))))......)))))))..))).))).))))))))...)))).))))).)))))).(.(((...))).)....)).)))))))..)))))..))))))))).((((.(((.(((((.(((((((..((....))....(((((.((..(.(((((((......((((.........)))).(((((....)))))...))))))).)..)))))))....(((((.((((..((......)).)))))))))(((((((((.....................((((((((((((((.((..((..............))..)))).))))))))))))))))))))).))))).))))))).)))))))(((((.(((((.(((.......((((.((((((((.(((....)))((((.....))))((((((.........))))))....)))).)))).(((((((((((((..(((..((.((((.(((......))))))).))..)))..)))).))))..))))).))))........))).))).....)).)))))....)).)).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((...}||((((,((,,({((((....,|{{|,|{|,,,.})}.))}}.,|,))}}}}....{{(((..,{((((....((((((((((({.((((((((.(((((((((...((((((...(((((.(((...,,..{{....,,..,....}}}.)))}),(((...((((.((..((({(((..({,.....,)}})))))..))))))..{|{.(((((..(((.(((...)))..))).....))))).)}},,.,{{{.{(((((((({,({........,((.(((((((........))))})))...)))))))))))))},|||||(((((((((.((....)))).)))))))..}}}}},,.(((((.(((..(((((((..,{((((((((..(((.(((((((((((((((..((((((((....))).(((((({.(((({(((((((((..((.(((.((((...,....,{||,.(((((.(((....}))))))),,...((((((((((.((,,,,||.((((((....)))))).....|||.,{.||....,.}}.,}))}.((((((....,.((....(((((...(((.{,,{((((((..{....(((.(((.(((......{{((......)}.,,.....)))))).)))...}..)))))}.})}.)))...)))))}}.,,,..))))))..................((((((((..................))))))))...))))))))))...},....{({...,,,}},.......))))..))).))..))))))))).))))})))))))..)))))....))}}}))))))(((,.{{{{{.((((((..(((((....)))))..))))))...,..((((((...........))))))..,{{....(((...,,,}}}..,.,|}}}}}))))...))))).))),,)))).))))}.{{{((..{.{((((({{{...{(({...,},..}))),,(((({...})))).....((((((...))))))(((((((((((((((((........((((((.........)))))).........{((((((,.......{(((...))))))))))}((((((((((((...((((..(({((((((.((...{,......,,)).))))))))))))......))))))...(((((((.........)))))))((((...(((..((((...((((((..(((.(((.((((((.........)).)))).),,).)))....))))))..)))).))).))))..,(((((((........)))))))...})))))((((((((.(((((((((((.(((...........)))..)).)))))......)))).)))},)))).((((..,....,..))))((((((.....))))))((((((((.....)).))))))....,,|||.{{,|||.,,......)),,},,))))))),.,)))))))))....((((((((...(,.....,.)...)))))))).,}},{{{{,.,,}|||||}|||}}}},},,))))}{((((.((((........)))),))))}..((((((.....(({{{((((.,......(((...(((((...))))),.))).....},))))))))..,..))))))...,..)))))))..))).))).))))))))...))))}})))).)))))).,.{((...,}).}....)).}))))))..)))))..))))))})).((((.(((.(((((.(((((((..{{....}}....(((({{((..{.(((((((......((((.........)))).(((((....)))))...})))))).,..)))))))....{({{,{((((.,{{......)).))))))))|(((((((((.....................((((((((((((((.((..((...,..........))..)))),}))))))))))))))))))))}))))).))))))).))))))){((((,((((({(({.,,,...,..((((((,.((((({....,}}}},|..))))))}||||||,,,.}},}}),}|||{((((.....{((,(((((((((((((.,(((..((.((((({{{,,..,,))))))).))..)))..))))},)))..))))).)))........})))})}}.....)}.))))),...}).})}})