Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ZKSCAN1_0002100

Sequence Length

514 nt

GC Content

0.5272

GAAUAGUAAAGAAACACAUCAUAAAACCUCCCAGGACAUAAAGGUGAGCACAGACCCUGUUUGGAUCAAGUCAGUUCCUGGAGCCUGAAUGAUGACUGCUGAAUCACGGGAAGCCACGGGUCUGUCCCCACAGGCUGCACAGGAGAAGGAUGGUAUCGUAAUAGUGAAGGUGGAAGAGGAAGAUGAGGAAGACCACAUGUGGGGGCAGGAUUCCACCCUACAGGACACGCCUCCUCCAGACCCAGAGAUAUUCCGCCAACGCUUCAGGCGCUUCUGUUACCAGAACACUUUUGGGCCCCGAGAGGCUCUCAGUCGGCUGAAGGAACUUUGUCAUCAGUGGCUGCGGCCAGAAAUAAACACCAAGGAACAGAUCCUGGAGCUUCUGGUGCUAGAGCAGUUUCUUUCCAUCCUGCCCAAGGAGCUCCAGGUCUGGCUGCAGGAAUACCGCCCCGAUAGUGGAGAGGAGGCCGUGACCCUUCUAGAAGACUUGGAGCUUGAUUUAUCAGGACAACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-160.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -171.57

Frequency: 0.0000

Diversity: 90.40

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.............((((((.....((((.((((........(((...(((((...)))))..))).......)))))))).....))))))((((((....(((.((((((..(((((((((.((....(((((((((((((...........(((...((((..(((((((..((.....(((((.(......(((((((...........))))))).......).))))).....)).......)))))))..))))....))))))))))..((((((...))))))(((......)))....(((((.((((..((......)).)))))))))))))))...............)).))))).))))..)))))).)))....)))))))))((....(((((......(((((((((((((..(((.(((..(((.(((((...........)).))).)))..)))..))).))))))))))))).......)))))....))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((,..,..,{{{,,,.((((((..,..(({({((((..,.....(((...(((((...)))))..))).....,,))))))))..,..)))))){(((((..,.(((.((((((..((((((((({({....(((((({((((((.....{,,...(((...((((..(((((((..((.....(((({.,......(((((((...,,...,,.))))))),,.....),)))))....,)}.......)))))))..))))....)))}}}}})}..|||{{...,}))))|{{{...,,,)}}}}.|((((,{((((..({......)).))))))))))}))))...............)).))))),))})..)))))).))).,..)))))))))|}},{.(((((......(((((((((((((..{{(.(((..(((.(((((...........)).))).)))..))).,,}}.))))))))))))).......)))))....})