Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ZKSCAN1_0003900
Sequence Length
944 nt
GC Content
0.4788
CUCUUCCUGCUGCCCACAUUCCUGCACCCCCUCAUGAGGGUAGUCCCAGAGACCAGGCGAUGGCAUCUGCACUAUUCACAGCGGAUUCCCAGGCAAUGGUGAAGAUCGAGGACAUGGCUGUGUCCCUCAUUCUGGAGGAAUGGGGAUGUCAGAAUCUGGCUCGGAGGAAUCUCAGUAGGGACAACAGGCAGGAGAAUUAUGGGAGCGCAUUUCCCCAGGGUAAGACGGAUGCAGGCUUACUGUCUGAUAAGAUGGUUUUGUCUCUCUGUGUGUUAGCUGUGGGAUCUCUGAUGUGUUCAAUUGAGUGUUGAGGAGUUAGAGACUACCUAUCCCCUUUUGUAGACCAGAUGGAAAGUGAGAAUGUUUGUGUUCAUUUAACUCCAGAAGCAUGGUACUGUGACCCUGAUUCCAGGUGGGUUUUUUAUUGCUAAGUAGUUUUUGCUCUUUAAAAUCAGAAAUAAUUGAGUUCCAAGUCCUCACCUCUUCAGCCACUCAGUUGCCUGGGAGGCAGUUCUGCUCCGUUCCCAUGGAUUACAAUUUAGGUGCCUCUGUCGGGGGAAUAUCUUUCCUAGCAGAGAUGACCAGGCGAACUGAUCAUCCGUCUAAUCCCAACCCAUUGUCCCGGUACCACAUUCCCGAAACUACCAAGCAUCCUUCUGUUGGCUUUCUGUCUUCUUCCAUCCUGUGUGAUUAGUGUGAUUCCAAUACACUGCUUUGUGUAAUUCCACGAACUUGCACCUGGACUGUCCUUGUGAUGAGGAUUCCCAGCUUCCAAACUUAAUGGUGAUUUUCUAUGAAGAGCUCUGGGUCCUGGAUGUGUAGUAAGAACGAGGAAGUUCAAGAGGCAUCAGCCAGAUAAGACAAGGUGACACUGUUGGCAGACAUUUCCAUUUGUCUCUGCUGGAUCUUAACCCCUCAGGACAGUGCUGCAAAGAAGCCCUCAC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-278.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -298.45
Frequency: 0.0000
Diversity: 291.16
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((..(((((.(((((......((((((..(((((((((((((((((.((.(..((((...(((.(((.((((((.(((((..(((((((((((((((((((((((..((((((.((.((((((((((((((((...))))))..((.(((((...))))))).(((....)))...)))))).)))).))((((((((((..((((((((((((((((....(.(((((.(.((((..(((((((....)))))))...)))))))))).).....))).)))).....)))))))))...(((...(((((((((.(((((((((((((........))))((((..(((((((((((.((....)).)))))))...))))......)))).......(((((....)))).)(((........)))..))))))))))))))))))..)))...))))))...))))..))))))...)))))).))).....))))))))))((((....))))((((....))))...........(((((((((((.((((((.....)))))).)))))(((((.(((.....))).)))))........................))))))........((((...((((.((......)))))).))))...........))))..))))).))))))))).))).(((((......)))))..........))))..))))))))))))))))))..(((((((..((((......(((.((((.......)))).)))))))..)))))))))..))))))...((((......))))..).)))).)))........))..))((((..((....((((.(((.......((((.(((..((........))..)))))))))))))).....))...))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((.((((((.,((({{({.,.{{,,{,((((((((((((((({((,(..((({...(((.(((.((((((.(((((..((((((((({{{{{|||{||{({..((((((,({.{{{|{{{(((((((((...))))))}}{{.(((((...)))))}}{(((,,,.}}|,,.||||}|{{|||,}|((({,.,,,(,,((((((((((((((((,.,,(.(((((.{.((((..(((((((....)))))))...))))}))))).).,,..))).)))).....))))))))),{((((,{,((((((((,,((((((({{,{{,...,..,,||||{{{{,.{(({,((({{{,((,....}.,})))))..,)}))..,,,,)}}}.,},.,|{(({{....))}}.}|||,....,.,}}}.,}}}}}}}}}))))))}},..}})}..}},,}},,.},}).,))))))..,))))))}))),,,,})))|||||||((((....}))|{{{{,,,,)})),..........(((((((((((.{(((((,....)))))).)))))(((((.(((.....))).)))))..........,.......,}....))))))........{{{,...{{{{,{,,,,,,,)))))},)))),}..,,,,,,,))))..))))).))))))))).))).|,{,|}}.,,,|||||,,,,...)}},)))}})))))))))))))))))).}(((({{({,((((,.....,{..{{||.......}}}}.,}))))}..))))))})))))))))))).|||,}}}{..||||..{{((,...,|{{{{...{{{{{{|((({..,((((.,,,|}||....},}}}))}},{|}}||........,)}}),))))||,|||,,.....))}.,),,)
Back