Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ZKSCAN1_0004400

Sequence Length

2559 nt

GC Content

0.4385

GUGGUGAAAACAGGAAUGAGAACGAGGAGUCAACCUCAAAGGCUGAAACCUCGGAAGAUUCAGCAUCACGCGGGGAGACAACAGGAAGAUCCCAGAAAGAGUUUGGAGAGAAACGUGACCAGGAGGGCAAAACAGGAGAAAGACAGCAGAAAAACCCUGAGGAGAAAACCAGGAAAGAGAAAAGAGAUUCAGGGCCAGCUAUAGGAAAGGACAAAAAAACCAUCACAGGAGAGAGAGGUCCAAGGGAGAAGGGGAAAGGAUUGGGAAGAAGCUUCAGUCUGAGCUCCAACUUCACCACCCCUGAAGAAGUUCCCACGGGAACAAAGUCUCACAGAUGUGAUGAAUGUGGUAAAUGCUUCACGAGAAGUUCAAGCCUUAUCCGCCAUAAAAUAAUCCACACUGGAGAAAAGCCCUAUGAAUGUAGUGAGUGUGGGAAAGCCUUCAGUCUUAACUCCAACCUUGUCCUGCAUCAGAGGAUCCACACAGGAGAGAAACCUCAUGAAUGUAACGAGUGUGGCAAGGCCUUCAGCCACAGUUCCAAUCUCAUCCUCCAUCAGCGCAUCCACUCUGGAGAGAAACCUUAUGAAUGUAAUGAGUGCGGGAAGGCCUUCAGCCAGAGCUCGGACCUCACCAAGCAUCAGAGAAUUCACACGGGGGAGAAACCCUAUGAAUGUAGUGAAUGUGGAAAAGCUUUCAACCGAAACUCAUACCUGAUUUUGCAUCGGAGAAUUCACACUCGAGAAAAGCCCUACAAGUGCACUAAGUGUGGCAAGGCCUUCACCCGCAGCUCCACCCUCACUCUGCAUCACAGAAUCCAUGCCAGAGAGAGAGCCUCUGAGUACAGCCCAGCCUCCCUUGAUGCAUUUGGCGCGUUCCUGAAAAGUUGUGUGUAAAGGAAGAAUUUGCCAUCAAGCCAUUUCCCCCUUUUGUUUCUAAAAUUAUUUCAGAGAUGUGUGCUCCUGGAGGGAAAAAGAAAUACAGCCUCAACAGAUUAAAAAACAAAAGUCACACUUAAGGAUCCUUCUAGUCACAUCAGCAGUGUUCUGCCUUUAUGUAGUAGUUGGGCAUAUAAUCCUUCCACACAGCCCCUGCAGGGAAAGGCUAAUCUUACGGAUAAUCCACGUGAGAUUUCCACACAAGAGAAAAGCACACGCAUAGUGAAAUGUCAGUCUUUUCAGUAAUGAGGAUACCUUUAAGGCACUCUUGGACUCUCGGCAACCACAACAUAAUAGUUGAAAGAUCAAGAUUGGCUCCACGAAAGUGAUACGGAGGUUAGGAUGCUACUUGCUGCAAACAAGCCCUACUUUGGCCAACAUCCUGCUUAUUUCUCAAAAAAGAGGGACAGUGAAAACAAAAACGACAUUGGGACAUGCUGCUCAAGGUAGUUAUAUAUACGAUAAGUUGUAUAUAUGAUCACUGGUAGCCUACCAAAGCUGUAGAAAUCUAGGACUGUGCUAAUCAGUAUCAAACCAAAGAUUUCUAUCUCUUCCCGAAAGAGAGGGUAUGUGCACCAGUCUACAGUUCCAAAGGACUGCAACAAAUGUAGAUGGUUCUGUCCUCAUCCCUGAGAUCAGUUCUACUGAAAUGGCAACAACAACUCCAAAUACAUCUCUCCCUUCUUGAAAUCCCUAAAGCACUAUCGCACUCCUAAAUGCAUUUCUCCACAAGUUAGCACUUGAUUGUAUACUGUCUUUUAAUCCUUCAUUGUUUCAUGUAUGAAGUUUUUAAUCACCCCCUAACCCCCAAAAAAGAUUCGGUUGUCAAGGGAUAUAUUUCUAUCCCUGCCAGCACAGUGCUGGACAUAGUGAGUACUGAACACCUAAGAGGCACUCAUUCAGACUGACUUCUACAGGACUUCUACGUGUGUGAUAAAAGCCUGUGAAUCGUGAGUCCCUGAAAUAUGGUAGCCUGGCCCAGCUUCUAAAGAGGACCUUCGUAGCCACAAGGCAUGCUAAACCUCUAGGGUCUGAUGCUGUUUUUGUUCCAAAUAUAAACGAAAGGCACUAGUCAGCCGCCUGCAUAGACUUUCUAAACAGUGAGUAAAUACCAUGGAAUGUCAGAAAUGACUUUAUCAUCGUCAUCUUGAAGAAAAAUAUGAACACUGAUGAAGGUCAUUUUUUUUUUUUGACAUCUUUCUGUGGCAAAGCUCUUAGAAUUCUUUGCAGUUAGCUGCUGAACAGUAUGAUGAUUUGGGGAUUUUCUGAAUCAUUUGUACUUAGAUACUGGAGUUCAGAAGAUGUGAUUUUUGUUGCUUUUCAGAAAAAGGAACGUGGUAGGGAGUGUUUUUUCCCACGCUUUUCCAGUAACUUUGCAAAAGCAUUAAUUGUUCACUGGCAAUUACUAAAUGUAUUUUGUUGCUCUGAGAAACUCAGCAGUGUACUGAGAUGUGGCUGGCUGUGCCAUCGUCAUAGUGCACAGUGACUUUUCUGUUUCUUAUCACUAAAGACUGAGGUGAGGUUAUGAAACUUUCAUUGGUCCCAUCGUUGUGCGCAGGGUGCAACUGGCUACCUAGAAGCUGAUGGCAGGAGACUGUUUCACACACAGGAGAUUGUGAGCUGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-708.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -758.28

Frequency: 0.0000

Diversity: 656.41

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

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Thermodynamic Ensemble Prediction

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