Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ZNF652_0001200

Sequence Length

1846 nt

GC Content

0.4670

AUAAGAUGCUCCCAAGUCCCUUGCAGCUCUCUUCAGAAGAAAAAUCACUAGUGCUCUGCUCUUGCCAUAAUACCAAACCUUUUUGACUCAUGCUUUGGUGCUGCAACACUGGAAGAAUUGCACACAGUUUCCAGGAAUAUCUUUUUUUCAUUUGAGUGAUUCUUUGUGGAUGAGAAAAGAUUUGAGUCUUAAUAAUUACCUUGUUUUAAAGCUAUUUCUUUAUAGUCUGAACUGUUUAAUAAAUUGGGCCACUUACCAAUGAGCCACACAGCCAGUUCUUGUCAGGAGCUGGUUGAAAACUGUGCUGUGCAUGUAGCAGGAAUGGCACAAGAAGAUAGCCGUCGUGGUCAAGUGCCAUCUUCCUUUUAUCAUGGUGCCAACCAAGAACUUGACCUGUCCACCAAAGUGUACAAAAGGGAAUCAGGAAGUCCUUAUUCUGUGUUAGUGGACACCAAGAUGAGCAAACCGCAUCUCCAUGAAACAGAAGAACAGCCAUAUUUCAGGGAGACAAGAGCAGUGUCUGACGUGCAUGCUGUUAAGGAAGACCGGGAGAAUUCUGAUGACACAGAGGAGGAAGAGGAAGAAGUCUCUUACAAAAGGGAGCAGAUCAUAGUGGAGUGUGUUUCCUGUAACAAAUCGUUCAAGAAACUCUGGUCCCUUCAUGAACAUAUCAAGAUCGUCCAUGGAUAUGCAGAAAAGAAAUUUUCCUGUGAAAUUUGUGAGAAGAAAUUCUAUACCAUGGCUCAUGUGCGGAAACACAUGGUUGCACACACAAAAGACAUGCCAUUUACAUGCGAAACCUGUGGAAAAUCAUUCAAACGCAGUAUGUCACUCAAGGUGCACUCCUUGCAGCAUUCUGGAGAGAAGCCCUUUAGAUGCGAGAACUGUGACGAAAGGUUUCAGUACAAGUACCAGCUACGCUCCCACAUGAGCAUUCAUAUUGGGCACAAACAGUUCAUGUGCCAGUGGUGUGGCAAGGAUUUCAACAUGAAGCAGUACUUCGACGAACACAUGAAAACACACACUGGAGAGAAACCCUUUAUCUGUGAAAUCUGUGGCAAAAGCUUCACCAGCCGCCCCAACAUGAAGAGACACCGCAGAACUCACACAGGCGAGAAGCCCUAUCCAUGUGAUGUGUGUGGCCAGCGGUUCCGCUUCUCGAACAUGCUUAAGGCCCACAAGGAGAAGUGCUUUCGGGUGACCAGCCCCGUGAAUGUGCCACCUGCUGUCCAGAUCCCACUUACAACUUCCCCAGCCACCCCAGUUCCUUCUGUGGUGAACACAGCCACAACCCCAACCCCUCCAAUCAAUAUGAAUCCUGUAAGCACUCUUCCCCCUCGGCCCAUCCCCCACCCCUUCUCACACCUGCACAUCCACCCACACCCUCACCACCCACACCACCUUCCCAUCCCUCCAGUCCCUCACCUCCCGCCACCUCCAGCUCUCUUUAAGAGUGAGCCUUUAAAUCAUAGAGGCCAGAGUGAGGACAACUUUCUGCGGCACCUGGCAGAGAAGAACAGUUCAGCACAGCAUCAUUAACAUCCGUCUCCUUAGUGUGUUCUCCAGGAGACACGUCCCCAUGUGUGAGCGUGCACAGAGGGAGUCGGUGAGCAUUUCCUUAGUUCUCAGACUCUCCUCCGCCUCUACCAAGAGCUUCGCCAGUGUCACUGAAUCAACAGAUCCAAGGGAAUGAACAAGAAGACUACCUUGAGCUCACAGAGGGACUGUCAUCUAAACCAGGGGAACCACUGAACUAAAGCCCAAUUUGCUUGCAUUUUCUGAUGACUUUUAUAAGUUUCAAAUACUCAGACUUGUGGAAUUUUAUAAUUUCAUAUCAGCUGAUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-507.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -542.97

Frequency: 0.0000

Diversity: 389.85

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((..(((((((((..((((((((((((.(.(.(((((..................(((((((((.................((((.(((((.(((.((((((((((((((((((..((((....)))))))))((..((((((.((((((((((((.....)))...)))))))))(((((....))))).........(((((......(((((((((..(((((....))))).......(((((........))))).(((.(((((((((((((((...)))))))))))).....))))))..((.....)))))))))))))))))))))).)).....((((((((...............((.((((....)))).))))))))))(((.(((....))).)))....(((((.(((....))).)))))))))).)))).)))))))))))))))).....(((((.(((((................))))).))))))))))))))..))))).).)...)))).)))))..))).)))))...((((......))))(((((.(..(((((...((((((....))))))..........((((.(((.(((((.((.(((.....))))).)))))..(((.(...((.(((.....))).))..).)))(((((.(((((.....(((((((.....)))))))((((((((...............(((((((((.(((......(((((((((........(((((((........((((......(((......))).....))))))))))).......)))))...((((((....(((((((.......))))))))))))).((((.(((.....))).))))......)))).......))))))))))))((((((((((((((((.........))))))(.(((.(((((..((.(((((...))))).((((((((..(............(((((((.((((.((............(((((..(((((((......(((((...............))))).....)))))))..)))))..(((.....))))).)))))))).)))(((.((((((((((((........)))).))))...)))))))..)..))))))))...(((((..((((...(((.......)))..))))..))...)))............))..))))).))).)......((((((.......)))))).................))))))))))......................((........))....))))))))..))))).))))).............))))))).....)))))..).))))).((((.((((((.............(((((.....)))))..(((((((.....))))))).)).))))))))...(((((((........)))))))...........((...))........)))).))(((.((((((.((((((((((.((((.(((((..(.(((((((((((((.(((((((((.(.((((.........)))).).))))).)))).((.(((....))))).......))).)))...(((....))).(((((..................))))).))))))).)))))))))).)))......)))))))))))))....((((.......))))........(((.(((((....)))))))).....((((...(((((((((....)))))))))....)))).)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((..(((((((((..((((((((((((.,,(.(({{{.|,.....,,,..,.{(.(((((((((.................{(((.(((((.{{{{(((((((((((((,(((({{,{{({{{,||||||}}|{{,..((((((((((((((({{(.....}}},..))))))))))))}}....,}}||.,..,......,|||,....(((((......}}}}},,}}))}}}.......(((((........))))),,||{{{.((((((((((({...}))))))))))).....|||{{{{{{{.,,,,|}||{,{{{||||..,..,,,.||},,,,}||}|..)))),}},}))).....{(.((((....)))).)},|||,,||(((.(((....))).)))..,,|((((.(((....))).))))}))))).)))).)))))))))))))))}.....(((((.(((((................))))).)))))))))))))).)))))}.),}...))))},))))..))).)))))...((((......))))(((((.{,.(((((..,((((((....}}}})}.|,,,.....((((.(((.(((((.((.(((.....))))).)))))..{((.|,..((.(((.....))).))..}.))}(((((.(((((.....,,{{{({,....)))}}}|((((((((...............(((((((((.(((......((({(((((........(((((((........((((......(((,.....))).....)))))))))))......,))))}..,|{||{{,,,.(((((((.,....,))))))))))}}}.((((.(((.....))).))))....,,}))).......))))))))))))((((((((((((((((.........)))))).,{((,(((((..((,,{{{....,||||.((((((((..(............{(((((({((((.((............(((((..(((((((......(((((...............))))).....)))))))..)))))..(((.....)))}}.)))),))).))))|({((((((((((((........)))).))))...)))))))..)..)))))))}..,((((,..,,||},.(((...,,,.}}},,|}}}..}}}..}}}..........,,,,..}}|||{}||{,.....}||{|||}......)))))}.................))))))))))...,............,.....||........,.....))))))))}.))))).))))).............}}}}))).....)))))..).))))).(({{{((({{({..,,........{((((,....))))}|.(((((((.....))))))),,))))))))))...(((((((........))))))).|....,|},.|{...))........)))).))(((.((((((.((((((((((.((((.(((((..{.((((((({{(({{.(((((((((.,.((((.........)))).}.))))).)))).{|((((....)))),.....,.||}.})),|.,{{....)}}.(((((..................))))).))))))).}))))))))).)))......)))))))))))))....((((.......))))........(((.(((((....)))))))).....((((.{{(((((((((....)))))))))..,,)))).)))