Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ZZZ3_0003100
Sequence Length
2733 nt
GC Content
0.4087
AUAUCAAGUUAUUCUAGUACAACCAUAUAAAUAAAUAAUACCUGAAGUCUCAGUGUAACAUGGACAAUUAACAGUGAUGACAGAUAAAUACAGACGCAUGGGGAUCAAAUACUAGGCAAAACGCUUUUUAAAAGUGUAUCAGGCUUUUAAGAAACACUGCAGGAUCCUGUCUAUCUUAAUGCUGAUAGAGCUCAGCUAAAAAUUUAGGAGGUUCUAGUAUUCUUCAUGGCUGAAGCUGAGAGAGUCUGAAACCCUGAUGCUUAAGCUCCAUUCUAGAUCAUAGCUCCAACUCCUUCAGGAUAUAAGGAAAAGAGAUUAUAUUUCCACAAUGAUAGAUCUUUGGUUGUACAGGUUUCCCAAUGAGUGGAUCAUGAUGACCGUAUUGUAGGGACUUGCCAUAGUAUGGCUGCUUCCCGAUCUACUCGUGUUACAAGAUCAACAGUGGGGUUAAACGGCUUGGAUGAAUCUUUUUGUGGUAGAACUUUAAGGAAUCGUAGCAUUGCGCAUCCUGAAGAAAUCUCUUCUAAUUCUCAAGUACGAUCAAGAUCACCAAAGAAGAGACCAGAGCCUGUGCCAAUUCAGAAAGGAAAUAAUAAUGGGAGAACCACUGAUUUAAAACAGCAGAGUACCCGAGAAUCAUGGGUAAGCCCUAGGAAAAGAGGACUUUCUUCUUCAGAAAAGGAUAACAUAGAAAGGCAGGCUAUAGAAAAUUGUGAGAGAAGGCAAACAGAACCUGUUUCACCAGUUUUAAAAAGAAUUAAGCGUUGUCUUAGAUCUGAAGCACCAAACAGUUCAGAAGAAGAUUCUCCUAUAAAAUCAGACAAGGAGUCAGUAGAACAGAGGAGUACAGUAGUGGACAAUGAUGCAGAUUUUCAAGGGACUAAACGAGCUUGUCGAUGUCUUAUACUGGAUGAUUGUGAGAAAAGGGAAAUUAAAAAGGUGAAUGUCAGUGAGGAAGGGCCACUUAAUUCUGCAGUAGUUGAAGAAAUCACAGGCUAUUUGGCUGUCAAUGGUGUUGAUGACAGUGAUUCAGCUGUUAUAAACUGUGAUGACUGUCAGCCUGAUGGGAACACUAAACAAAAUAGCAUUGGUUCCUAUGUGUUACAGGAAAAAUCAGUAGCUGAAAAUGGGGAUACGGAUACCCAAACUUCAAUGUUCCUUGAUAGUAGGAAGGAGGACAGUUAUAUAGACCAUAAGGUGCCUUGCACAGAUUCACAAGUGCAGGUCAAGUUGGAGGACCACAAAAUAGUAACUGCCUGCUUGCCUGUGGAACAUGUUAAUCAGCUGACUACUGAGCCAGCUACAGGGCCCUUUUCUGAAACUCAGUCAUCUUUAAGGGAUUCUGAGGAGGAAGUAGAUGUGGUGGGAGAUAGCAGUGCCUCAAAAGAGCAGUGUAAAGAAAACACCAAUAACGAACUGGACACAAGUCUUGAGAGUAUGCCAGCCUCCGGAGAACCUGAACCAUCUCCUGUUCUAGACUGUGUUUCAGCUCAAAUGAUGUCUUUAUCAGAACCUCAAGAACAUCGUUAUACUCUGAGAACCUCACCACGAAGGGCAGCCCCUACCAGAGGUAGUCCCACUAAAAACAGUUCUCCUUACAGAGAAAAUGGACAAUUUGAGGAGAAUAAUCUUAGUCCUAAUGAAACAAAUGCAACUGUUAGUGAUAAUGUAAGUCAAUCUCCUACAAAUCCUGGUGAAAUUUCUCAAAAUGAAAAAGGGAUAUGUUGUGACUCUCAAAAUAAUGGAAGUGAAGGAGUAAGUAAACCACCCUCAGAGGCAAGACUCAAUAUUGGACAUUUGCCAUCUGCCAAAGAGAGUGCCAGUCAGCACAUUACAGAAGAGGAAGAUGAUGAUCCUGAUGUUUAUUACUUUGAAUCAGAUCAUGUGGCACUGAAACACAACAAAGAUUAUCAGAGACUAUUACAGACGAUUGCUGUACUCGAGGCUCAGCGUUCUCAAGCAGUCCAAGACCUUGAAAGUUUAGGCAGGCACCAGAGAGAAGCACUGAAAAAUCCCAUUGGAUUUGUGGAAAAACUCCAGAAGAAGGCUGAUAUUGGGCUUCCAUAUCCACAGAGAGUUGUUCAAUUGCCUGAGAUCGUAUGGGACCAAUAUACCCAUAGCCUUGGGAAUUUUGAAAGAGAAUUUAAAAAUCGUAAAAGACAUACUAGAAGAGUUAAGCUAGUUUUUGAUAAAGUAGGUUUACCUGCUAGACCAAAAAGUCCUUUAGAUCCUAAGAAGGAUGGAGAGUCCCUUUCAUAUUCUAUGUUGCCUUUGAGUGAUGGUCCAGAAGGCUCAAGCAGUCGUCCUCAGAUGAUAAGAGGACGCUUGUGUGAUGAUACCAAACCUGAAACAUUUAACCAGUUGUGGACUGUUGAAGAACAGAAAAAGCUGGAACAGCUACUCAUCAAAUACCCUCCUGAAGAAGUAGAAUCUCGACGCUGGCAGAAGAUAGCAGAUGAAUUGGGCAACAGGACAGCAAAACAGGUUGCCAGCCGAGUACAGAAGUAUUUCAUAAAGCUAACUAAAGCUGGCAUUCCAGUACCAGGCAGAACACCAAACUUAUAUAUAUACUCCAAAAAGUCUUCAACAAGCAGACGACAGCACCCUCUUAAUAAGCAUCUCUUUAAGCCUUCCACUUUCAUGACUUCACAUGAACCGCCAGUGUAUAUGGAUGAAGAUGAUGACCGAUCUUGUUUUCAUAGCCACAUGAACACUGCUGUUGAAGAUGCAUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-692.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -748.78
Frequency: 0.0000
Diversity: 836.78
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((..((((((((...............................((((((.(((..............))).))).)))...............((((((((....(((((((((.....))(((((((((((.......))))))))))).....((((....))))(((((........)))))(.(((..((((....))))))).).))))))))))))))).((((((..((((((((((.....((((..(((.....(((.((((.(((((((((((....((((((.((......(((((..........))))).........((((((.((((((((.(((((....(((((((((((..((.(.(((((((((.((......)))))))))))...).))..)))))))))))......))))).....(((((((..((.((..(((....)))....)).))..)))))))((((..((((....))))..))))(((((....)))))..........)))))))))))))).))...)))).))...))).)))))...))).)))).)))........(((.....)))(((........))).....((((((.(...).)))))))))..))))......))))))))))))))))...)))))))).....((((((((((....((((((((((((..(((.........))).))))).)))))))...........))).)))))))...((((((...........))))))........(((((.......(.(((.....))).)........))))).(((((((((..((.((..((...........((((....(((.....)))..))))((((((((.....(((((((((..((((.(((((.(((((..(((...((((..((((...((....(((((....((((((((....((((.(.....).))))...(((((((.((((((((......))))))))...(((((.((((((((..(((.((((((((.(................)))))))))..(((((..((....)).)))))((((..((((..........))))...))))....((((.......)))))))..))))))))))))).....((((.((((((....((((.(((.(((((((.(((((.((((................)).)).))))))))))...)).))).))))(((((.((....)).))))).))))))))))(((((...(((((((((((....(((((((((((((((..(((....(((((((((...(((.(((((((..(((...((((..((.................))..))))...))))))).))))))....))))(((((..........)))))((((((((.(((((((((((....(((((((((((............))).))))))))....((((.((.((((((....(((((((((..(((((...)))))...(((((.......(((((......)))))...(((...((((((((((.....((((((((((((...............))))).)))....))))....)))))).))))))))))))...((((.......))))..((((((((....(((((((........(((..(((((((.(...........(((((((((((((..((.......))..)))))).)))..........((((......)))).........))))......((((((.((((..............))))))))))(((.........)))........(((((((((((((.(((((.(....))))))(((((((((..(((.(((((.(((((....((((((.........((.((((.((((..(..(((.((...((((((....)))))).((((.....)))).....)))))..).)))))))))).........))).))).....))))).))))).)))(((((.........))))))))))))))..(((((((......))))))).((......))...................)))))))))))))((((((....)))))).........).)))))))..)))...........))))))).....))))))))..)))))))))..)))).))))))))....(((.((((.(((((((.........))))))).)))).)))...........)))))))))....(((....))).(((((....)))))....))))))))))......)))))..))))))))).......)))))))))...((((........))))))))).))))))...)))))..((...((.((.(((((((.((((((....))))))................)))))))..)).)).....))..)))))))........................))))))))..)))))....))..)))))))))))..))))).)))))...))))..))))......))))).......))))))))((((((..(((((........)))))...))))))))..))))..)))))))))....)))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{,{{..{{{{{(((.((({{{((,.............{,{((({.({{{({,({{,..,{.........,}},}}}.}}}.........,,,.,,{{{{({{,.....,,||||{{.....||(((((((((((.|...|.)))))))))},.,,,|{(,{..,{||}|((({{.....,{{||,,}{,,|||||{{.....,|||{{||,|||||||||||||.}}||||,{|}|{,||||||||},...||{{,.{{,...||{,|.||||,||||,|||||,....{{{|||,}|.,.,,,}|,..,{({(({.{{{(,.......}}}}}}))}}}}}}}}}}}.(({{{{{|,(((((((((((..((.(,(((((((((.((......)))))))))))...,.))..))))))))))),,,...,||||,,}||||{||||...{{((((({.....{((((((,{(((.{{.(({..{(((..((((....})))..))))(((((....))))).....,.,..,}}})}},))),))}))},})))))},}},}))))}}}}}}.,|||}....})}........|||,,...)),(((........})}..,..((((({.,...,.)))))),,},,},}}...,{{|||,}}}))))))}}}...})))}}}}.....((((((((((.,,,((((((((((((..{((.........))).)))))},))))))........,,.))).)))))))...((((({{{........}))))))...,,,.,||{{|.........(((.....))).},,,..,..})))}.,|{||||||||{,.((((((,..{{{{{{,.{{,,....{{{,,,,|))}.|}|||{{|||||{,,,,,|||||{{,{{((((,.{{{{{.(((((..(((..,{{(({,,(((,..|{....(((((....((((((({....{(((.(.....).)))}...(((((((.((((((((......))))))))...|{{{,,|{||{|||,,(({,((((((((.{...........,....}))))))))..(((((..({....}).)))))((({..((((..........))))...}))}.,,{((({.......}|}|||},,|}|||||||}}}}(((....)))({({(((((..........)))))))},..,,{((....))}}......,,,,||||||{||}.|||||,|,,||,,{,.,{{.{(({.{{.{|,.{(((((..{{{{{{{{{{,.{(({...}}}},,,,,...}}|||.||||}((((((..((,,,{,(((((,,.....(((.((((((...,)|))).))}........}}}},........||{(|{||..||||||||{|||}||,,|,}}},(((((..........))))){{{{{{|||||{((((((((.,..(((((((((((..........,.)))},)))))))...,((((.({{((((((,...{((((((((..{((((,,.}}},|{{{,,,,......,.(((((......)))))...|||,.,((((((((((.....((((((((((((,.............}))))).)))....))))....)))))).)))))}))))))...{{{{.,.....))},..((((((((..{.(((((((........(((..(({(((({(,.{{{{{{{,,{{{((((((((((..((,....,}),..)))))).)))}.....,,,{((((,,....}}}}.,,......}}}}....,,((((({,((({.,{{{......}}})))))))))){||},}}}....}}}........(((((((((((((.(((((.{....})))))(((((((((..(((.(((((.(((((....((((((....,..,.((.((((.((((..,..(((.({...,(((((....)))))|.((((.....)))).,...)})))..}.)))))))))).,,......))).))).....))))).))))).)))(((((.........)))))))))))))),,(((({{{......)))}}}}.,,......|,...,{,.....,}}.....))))))))))))),{|{||,,,,)}))))...,.......)))}))).,|||,....,,,,,.))))))).,...))))))))..)))))))))}.)))).)))))))).|,,(((.((((.(((((((.........))))))).)))).))).,...,|,...}}}}}}}},....{||},,.))).(((((....)))))....||)))),,))}))}}))))),..,,,)))))),..|,.,,,,,.})))...})))}},}.}}.)))).)))}),})),,).})))).,}}}...,{.((.(((((((.{(((((....}}}}}}......,,,..,,...)))))))..)).}}..,})))}}})))))}..............,,......,,))))))))..)))))....,},.))))))},})}..))))),)))}}...)))).}}|||{{{...,,.))}}},..,,||||||,{,(((((((((((((,{,...}))))))))))))..}},,))).})))))))})}}}})))}},}}}
Back