Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ZZZ3_0003200

Sequence Length

2382 nt

GC Content

0.4156

GUUUCCCAAUGAGUGGAUCAUGAUGACCGUAUUGUAGGGACUUGCCAUAGUAUGGCUGCUUCCCGAUCUACUCGUGUUACAAGAUCAACAGUGGGGUUAAACGGCUUGGAUGAAUCUUUUUGUGGUAGAACUUUAAGGAAUCGUAGCAUUGCGCAUCCUGAAGAAAUCUCUUCUAAUUCUCAAGUACGAUCAAGAUCACCAAAGAAGAGACCAGAGCCUGUGCCAAUUCAGAAAGGAAAUAAUAAUGGGAGAACCACUGAUUUAAAACAGCAGAGUACCCGAGAAUCAUGGGUAAGCCCUAGGAAAAGAGGACUUUCUUCUUCAGAAAAGGAUAACAUAGAAAGGCAGGCUAUAGAAAAUUGUGAGAGAAGGCAAACAGAACCUGUUUCACCAGUUUUAAAAAGAAUUAAGCGUUGUCUUAGAUCUGAAGCACCAAACAGUUCAGAAGAAGAUUCUCCUAUAAAAUCAGACAAGGAGUCAGUAGAACAGAGGAGUACAGUAGUGGACAAUGAUGCAGAUUUUCAAGGGACUAAACGAGCUUGUCGAUGUCUUAUACUGGAUGAUUGUGAGAAAAGGGAAAUUAAAAAGGUGAAUGUCAGUGAGGAAGGGCCACUUAAUUCUGCAGUAGUUGAAGAAAUCACAGGCUAUUUGGCUGUCAAUGGUGUUGAUGACAGUGAUUCAGCUGUUAUAAACUGUGAUGACUGUCAGCCUGAUGGGAACACUAAACAAAAUAGCAUUGGUUCCUAUGUGUUACAGGAAAAAUCAGUAGCUGAAAAUGGGGAUACGGAUACCCAAACUUCAAUGUUCCUUGAUAGUAGGAAGGAGGACAGUUAUAUAGACCAUAAGGUGCCUUGCACAGAUUCACAAGUGCAGGUCAAGUUGGAGGACCACAAAAUAGUAACUGCCUGCUUGCCUGUGGAACAUGUUAAUCAGCUGACUACUGAGCCAGCUACAGGGCCCUUUUCUGAAACUCAGUCAUCUUUAAGGGAUUCUGAGGAGGAAGUAGAUGUGGUGGGAGAUAGCAGUGCCUCAAAAGAGCAGUGUAAAGAAAACACCAAUAACGAACUGGACACAAGUCUUGAGAGUAUGCCAGCCUCCGGAGAACCUGAACCAUCUCCUGUUCUAGACUGUGUUUCAGCUCAAAUGAUGUCUUUAUCAGAACCUCAAGAACAUCGUUAUACUCUGAGAACCUCACCACGAAGGGCAGCCCCUACCAGAGGUAGUCCCACUAAAAACAGUUCUCCUUACAGAGAAAAUGGACAAUUUGAGGAGAAUAAUCUUAGUCCUAAUGAAACAAAUGCAACUGUUAGUGAUAAUGUAAGUCAAUCUCCUACAAAUCCUGGUGAAAUUUCUCAAAAUGAAAAAGGGAUAUGUUGUGACUCUCAAAAUAAUGGAAGUGAAGGAGUAAGUAAACCACCCUCAGAGGCAAGACUCAAUAUUGGACAUUUGCCAUCUGCCAAAGAGAGUGCCAGUCAGCACAUUACAGAAGAGGAAGAUGAUGAUCCUGAUGUUUAUUACUUUGAAUCAGAUCAUGUGGCACUGAAACACAACAAAGAUUAUCAGAGACUAUUACAGACGAUUGCUGUACUCGAGGCUCAGCGUUCUCAAGCAGUCCAAGACCUUGAAAGUUUAGGCAGGCACCAGAGAGAAGCACUGAAAAAUCCCAUUGGAUUUGUGGAAAAACUCCAGAAGAAGGCUGAUAUUGGGCUUCCAUAUCCACAGAGAGUUGUUCAAUUGCCUGAGAUCGUAUGGGACCAAUAUACCCAUAGCCUUGGGAAUUUUGAAAGAGAAUUUAAAAAUCGUAAAAGACAUACUAGAAGAGUUAAGCUAGUUUUUGAUAAAGUAGGUUUACCUGCUAGACCAAAAAGUCCUUUAGAUCCUAAGAAGGAUGGAGAGUCCCUUUCAUAUUCUAUGUUGCCUUUGAGUGAUGGUCCAGAAGGCUCAAGCAGUCGUCCUCAGAUGAUAAGAGGACGCUUGUGUGAUGAUACCAAACCUGAAACAUUUAACCAGUUGUGGACUGUUGAAGAACAGAAAAAGCUGGAACAGCUACUCAUCAAAUACCCUCCUGAAGAAGUAGAAUCUCGACGCUGGCAGAAGAUAGCAGAUGAAUUGGGCAACAGGACAGCAAAACAGGUUGCCAGCCGAGUACAGAAGUAUUUCAUAAAGCUAACUAAAGCUGGCAUUCCAGUACCAGGCAGAACACCAAACUUAUAUAUAUACUCCAAAAAGUCUUCAACAAGCAGACGACAGCACCCUCUUAAUAAGCAUCUCUUUAAGCCUUCCACUUUCAUGACUUCACAUGAACCGCCAGUGUAUAUGGAUGAAGAUGAUGACCGAUCUUGUUUUCAUAGCCACAUGAACACUGCUGUUGAAGAUGCAUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-611.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -662.13

Frequency: 0.0000

Diversity: 758.25

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((...(((((((..((...(((((.((((((.((((...(((((...)))))....))))(((((((....))....))))).)))))).)))))...(((((((.....(((((((.((((.((.(((..((((..((((....))))..))))(((((....)))))..................))).)))))))))))))..))).))))))..)).)))))....)))))).....(((.....))).((((((..((((((((.((.........((((((((....(((.....(((((((...)))))))......))).......(((..((((((((....((((((((((((..(((.........))).))))).))))))).............(((((((((((((((...(((.((....(((((..........(((((.......(.(((.....))).)........)))))........)))))..)).)))))))))....)))))..))))))))))))....)))((((((((.....(((((((((..((((.(((((.(((((..(((...((((..((((...((....(((((....((((((((....((((.(.....).))))...(((((((.((((((((......))))))))...(((((.((((((((..(((.((((((((.(................)))))))))..(((((..((....)).)))))((((..((((..........))))...))))....((((.......)))))))..))))))))))))).....((((.((((((....((((.(((.(((((((.(((((.((((................)).)).))))))))))...)).))).))))(((((.((....)).))))).))))))))))(((((...(((((((((((....(((((((((((((((..(((....(((((((((...(((.(((((((..(((...((((..((.................))..))))...))))))).))))))....))))(((((..........)))))((((((((.(((((((((((....(((((((((((............))).))))))))....((((.((.((((((....(((((((((..(((((...)))))...(((((.......(((((......)))))...(((...((((((((((.....((((((((((((...............))))).)))....))))....)))))).))))))))))))...((((.......))))..((((((((....(((((((........(((..(((((((.(...........(((((((((((((..((.......))..)))))).)))..........((((......)))).........))))......((((((.((((..............))))))))))(((.........)))........(((((((((((((.(((((.(....))))))(((((((((..(((.(((((.(((((....((((((.........((.((((.((((..(..(((.((...((((((....)))))).((((.....)))).....)))))..).)))))))))).........))).))).....))))).))))).)))(((((.........))))))))))))))..(((((((......))))))).((......))...................)))))))))))))((((((....)))))).........).)))))))..)))...........))))))).....))))))))..)))))))))..)))).))))))))....(((.((((.(((((((.........))))))).)))).)))...........)))))))))....(((....))).(((((....)))))....))))))))))......)))))..))))))))).......)))))))))...((((........))))))))).))))))...)))))..((...((.((.(((((((.((((((....))))))................)))))))..)).)).....))..)))))))........................))))))))..)))))....))..)))))))))))..))))).)))))...))))..))))......))))).......))))))))((((((..(((((........)))))...))))))))).))))))).))))))))..)))).))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((({,(((((((((((..((.(,(((((((((.((......)))))))))))...,.))..))))))))))),,.,,.,,,{{.,,,|,|,(({,...,(((((({..,..(((((((.{(((.{{.(((..{(((..((((....})))..))))(((({....|)))).....,.,.,....}},.})).)))))},))))))}}}},,})}}||||||,,{{{,.....},........|||}}}..,,}|(({{{{..{{(((({(.,((((((.,...}.}))))}.,|({{......,{{{|..,.|||||((({{...{{{.,,,{,{{{{{{(((({(((,{,{((((((((((((.,{((.........))).)))))},}}}}}}........,,.,}},}}}}}}}...|(({{{{(,.......|||||}}.,,,|,,.(((((.......,.(((.....))).,.,,.....}||}}..{{{{{.,{{{{{.{{{{{{,,.|||||..|||,,..,.|{,}},,}))}.}}}}},.||}}|{{{{{{{({{{{{,{,((({..,{,,{.{((((,.(((.,,{{{({,{({({|.||....{((((,,,,(((({{{{....,(((,(.....|{|}||,,.(((((((.((((((((......))))))))..,||||,,||||{|||}}|||}((((((((.{................}))))))))..(((((..({....}).)))))((({..((((..........))))...}))},{{{(((,.....,.||||||,{{|,|||||||,},,(((....)))({({(((((..........)))))))},..,,{((....))}}......}}}}||||||,||}.|||||}|}}||},{,..||,||{|.||,||,.{{|||{..{|||||||||,,||{|...,))}||}}}...,}|||.|||||{(((((..{{.,.,,(((((.......(((.((((((....)}))).)))........))))}........||(({(|,..,|||,||||||,}}}|}}})))}{{|||.,,,......)))))||||||||}|||||||||||.,,.(((((((((((..........,.)))},)))))))...,((((,({{{{(((({,.,{{(((({((,.{((((,,.}}},|{||,,,,......,.(((((......)))))...|||,.,((((((((((.....((((((((((((,.............}))))).)))....))))....)))))).)))))})))))),..,|||,,.....}}},.,((((({((,,{.(((((((........{{{..{{{{(({{(,.{{,,,{{,||||((((((((((..((,....,}),..)))))).)))}.......,{((((,,....}}}}.,,......}}},..,,,,((((({,((({.,{{{......}}})))))))))),|}},}}}....))),.......(((((((((((((.(((((.{....})))))(((((((((..(((.(((((.(((((....((((((....,..,.((.((((.((((..,..(((.({...,(((((....)))))|.((((.....)))).,...)})))..}.)))))))))).,,......))).))).....))))).))))).)))(((((.........)))))))))))))),,(((({{{......)))}}}}.,,......|,...,{,.....,}}.....))))))))))))){{{{||,,,,)})))).,,,......,))}|}}}.,|||,....}}}}}.))))))),},,,)))))))),,)))))))))|.)))}.}})})}}}.,,,(((.((((.(((((((.........))))))).)))).))}.,...{|,...|||,,,,,,....,||}.,.))).(((((....)))))....|||||},.))}})}}))})),..,..)))}))},,|},}.,},.})))...||||}},,.,}.)))).}})})}})),,).})))).,,}|...,{.((.(((((((.,(((((....}}}}}}......,,,..,,...)))))))..)).)}...,))),,,}}})),............,,,,.,,,.,}}}}))))}),,))})}.,..,},.)))}))},}},..||}}},}}}|,.,,}}}},|||||{{{...,,.)))))}...,,})))}.,.,||,||||||{||}}...,)))))))}}||||..,}..,}},},.))))))))..,},..,},))