Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ZZZ3_0012800

Sequence Length

679 nt

GC Content

0.4212

GCAUCAUGGCUUGUGCCUGUAGUCCUAGCUACUCAGGAGAUUUAGGUGGGAGGAUUGCUUGAGCCCAAGAGUUCAAGGUUGCAGUGAGCUAUGAUCGUGUCACUGCACUCUAGCCUGGGCAACAGAGCAAGACCUCGUCUGGAAAACAAAAAAAAUUCCUUGUUAGCAAUUUGAAACUAUAAUCAAGAGAUGAAAAGGGGGUGUCUUGUGAUUUAAGAGACUCCUCUAACUUGGAAAAAGAAAGCAAUUUUGAGUGCCCACUUUAUGCCAGACAUUCCAUAAUCUGAUAUGGAAUGAUAAUUAUUCAAGAUUGGUGUGCCUUUUUCUUUCAUGGAAGAGAAAAGUAGUUAAUCUCUCCUCAGAGAGGUUGUAAUUUUUUACCAGGUAUCUAACUGCAAUGCCCUUAAUCAUUCCUCUGUGAUUAGGGCAGCUAAGUGUCAGAAAAGCCAGUAUGGUAUGUUUUCUAGGCUAAAUAACUUCUGAGGGCCCUUUUAGUCAUUGCAUUGGAAAUUUACUUGGUUUUUCUGUACCAUUGUUUUUGUUUUUGUUUUUGUUUUGGUUUUGGUUGGAGUUUUGCUCUUGUUGCCCAGGCUGGAGUGUAAUGGCGUGAUCUUGGCUCACUGCAGCCUCGGACUCCUGGGCUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUUCCAAGUAGCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-287.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -299.06

Frequency: 0.0000

Diversity: 104.10

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((..((.(((....)))))..).)((.((((((..((((.((.((((((((((((((((((((((((.((((((.((((((((((((((((.((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((.((....((((...........)))).......(((((.(((((((.(((..(((((((((((((((((.(((((.....))))).))))))...((((((.((((((.(.((((((((((((................(((((((((......))))))))).....)))))))))))).).(((.(((((((((....))))))))).)))..(((((((((....)))))))))...)))))).)))))).....(((....((((((.((((((......))))))))))))....)))(((((((((((((....((((.((((((...((..(((.(((...(((....)))..))).)))))...)))))).))))))))))))))).))...........)))))))))))))).))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))).)))))))))).)))))))))))))))).)))))).)))))))))))))))))))))))).)).))))..))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(,..((.(((....)))))..}.)((.((((((..((((.{{.((((((((((((((((((((((((.((((((.((((((((((((((((.((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((,((...,((({,,{{,......|}}|..,,.,.{{{{{,{((((({.,{{{{{(({({((({{((((((.(((((.....))))).)))))),,.((((((.((((({.(.((((((((((((..........,.....(((((((((......))))))))).....)))))))))))).).(((.(((((((((....))))))))).))}..(((((((((....)))))))))...}))))).)))))).....,{{,,..((((({,((((((......)))))))))))),,..}||({(((((((((((....((((.((((((,{{((..{({.{((...(((....})),.))).}},)).,,)))))).))))))))))))))).)).,.........,))))})))))})),)))))))))})))})))))))))}})))))))))))))))))))).)))))))))).)))))))))))))))).)))))).)))))))))))))))))))))))).}}.))))..))))))))