Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr10_0275800

Sequence Length

1160 nt

GC Content

0.3233

GUGGAAUUUUUGUUACUCCAAUGUACUCCUUUCUUCUUUCCCUCUCUUUCCCUGCCCUUACCUCUAUAUCAUAACACAUAAGAGUUCUCAUUUUACUUUAAGAAAAAUGCUAUCUCAUCUAGUAUAAAAAGGUGAGACAACUUUGCAUUUUAAAUUAACAUAGGGUCUUUAGGAGUUUUGAGGAUUUCAAUACCAAAAUGCAUACAGGUUGGAUCUUUAAAAACUGUUACAGCAGAAGUGCCAAAACACAGUCUCUCUAGCAUUUUGAACAAGGUUUCACAAUAAUUAGCACUGCAGUAGGUAAUUUAACAUGUGUGACCUUUUGUAUAGUAACAAUUCUAAAUAACAGCCAAGAGCACAGUCAUUUAUUUGUUUGUUACCUUGAUUUGGGGCAAAACGACACAAGAAGACCAGUUCUACACAAAGAAUUAACACAGUACUGUGCUAAUAUAAGUAAAUAAAGUUUAGUUCAAAGAGAAACAAAUAAUAAAAAGUCAAAGAGAGAACUGAGCUGGCAACUGAGAAGCAUAAACCAUUUUGGCCUACAUUUGUUUGUAAUGACUAUGUGACCCAGAUACUAAAAUAUUUGGCUAACAUUCAGAAAUCUAGCAACUGAAAGAAAUAAGAUAUAUGGUUGGCUGGUUAAAUAUUUUAGCCAAAAUAACAGAUUCUUAAAAUCAUGCAUUAUUAUAGUAUUUUCUACACAGAAAAUUUUUAAACUUUAAAAAUAAGUAUUUCUUUUUUGCUUUGUAAAUUAUCCCAUAAAUUAUACUUCACCUUUAUAAUCAGACAAUAAAGAUGACACUAUUUACUACAGAGGUUAUGAUACAAAACUCCUUUGGAGAGAAGAGCUGAGAGAAAAUAUACUUUUUAAAAGUAAUUUAUUUAAGAAACUGUAUUUUCCUAAACUAUCUUUGUUCCAUUUAUGGCCUGCAUAGUUUACUCUACAGACAGGUGUCUAUUAAAUGAGAAGAGAAUUUUUGGGAAAAAAAAAUUCUUCAACUCCGAACUAUAUAAGCUCUGCUAAUGAGGGUGCUUGAAACACAGGAGUCAGAGAGUAGAUUCACUAGGGACUCGACUUCAUACUUACAGGCUUGAUGGGGGAAGGUGGUGUUUCACAUAAGUAAAAAACGUAAUACACAAUCCUUAAUGCAACUGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-225.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -251.96

Frequency: 0.0000

Diversity: 309.60

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.......((((.(((((...((((........((.(((((((((((....((((.......((((.(((........)))))))...................(((((((..((((((((.........)))))))).......)))))))...........(((((((((((((((((((((((.......((((..((....))..))))))))))))...((((....)))).(((((((...(.((((((((((..(.((((((((((((((.((((..(((((.(((....)).).))))).....)))).))))))((((.(((........))).))))........(((((((((......((((((....(((......)))...))))))............((((((......))))))......).)))))))).....................)))))))).).....................)))))).)))).).)))).)))................(((((..(((((..(((......))).)))))..)))))..((((((((((((((((.((.(((...((((.................))))...))).))..))))))))))))))))........((((.((((((((..................(((((((....)))))))......(((((.((((..((((((((((((..((((((((((((........)))).))).(((.((((((.........)))))).))).........((.((((((...............)))))).))...))))).)))))))...))))))))).)))))......)))))))).)))).((((((((((...((((..(((((((((..((((((.(((......)))..).)))))......)))))).)))))))...))))))))))....((((((..(((((........((((((((.(....).))).))))).......)))))..)))))).))))).)))))))))).............))))...)).))))))))).))......)))).))))))))).......((((..............))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.,{,,...{{{.(((({...{(((,,......{{.(((((((((((....((((.......((((.{{{........}}})))).,.,..........|,|,,(((((((..((((((((.........)))))))).......)))))))...........((((((((((((((((((((((({{({..,((............}))))))))))))},..{(((,...}|||.,{(((((...{.((((((((((..{.((((((((((((((.((((..(((((.(((....}}.).))))).....)))).)))))){(((.{{(........}}}.}}},........((((((((,.,,...(((((((({.(((,.....)))}..,))))).,,}},......{(((((......))))))......}.))))))))........,,,,,...,}}},))))))}}.}................,,...))))))}}))).}.))))}.}},...,}}........,{{|||,.{((({,,(({,,,,..||}.||||}..|||||,,,{{{{{|||||||{{{,||,{{{...{{{{,,,,.,,,..,|...,.}}}}...})},}|.,|||}}}}}}}}}))))}}}...,.((((.((((((({....,,,.........|,{{(((((....)))))}},,,||.{{{{||||||.,{{{{((((((((..(((((((((,(({,...,}}},}},},..(((.((((((.........)))))).))).....,,,.{,.((((((...,...........)))))).}).}}})))).)))))))|,,|||}|||}},}}}))......)))))))).)))).|(((((((((...(((({.{((((((((,{((((({.(((......}))..}.)))))..,,,.}))))).)))})))...)))))))))}....((((((..(((((........((((({((.{....,,))).))))).......)))))..)))))).})))).)))))))))).............))))...)).))))))))).)).,....)))}.))))}.,}}.,,..}}{{{{...,.....,....})))