Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr14_0142400

Sequence Length

2443 nt

GC Content

0.3975

GUGAGUUUUGUUGUAUUUAAUGAUUUUAAGACAUUCUUUAGCACUUACUAAAGAAACUGCAACACCACUCAGAAGCAAACAUCCAAGGAAUUAAAAAAAAAACUUAAAUAUUUUAGCUUUGGAAGCAACAUACAGGCGAAUUCAGGUUAGAGCAACUAAUAAUAAAUCCAUAACACCACUACUCAAAAACAGUAGGUUUUCUGUCCAGGCAUGGUGCCUCAUGCCUGUAAUCCCAACACUCUGAGAGGCCCAGGCAGGAGGAUCACCUGAAGCCAGCCAGGCGUUCAAGACCAGCCUGGACAACAAAGCAAGAUCUUGUCUCUACAAAAAAAAGUUUAAAAAUUAACCAGGCAUGACGGUGUGCACCUGUAAUCCCAGCUACUUGAGAGGCUGAGGUGGGAGGACCACUGGAGCCCAGGAGUUGGAGACCGAGGGAACUAUGACUGCACCACUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGAACAAGACCCCAUCUCUCAAAAUAAAUUAAAAUAACACAGUAGGUUAAGAAAUGUUGGCACCCACACCUGUUAAUGGUCAACUAAAAUUAUUCAUGUGUAUUCAAAGUACUUAAAUAUUUGGGGCUAGAGGCAAGGUUCAAAUGUAAAAUAAUUUUAAGAUUAAAGAGUCAGCAAACCAUUGACAUUUUACAUAAAGCAAAAAAUACAAAAUAAAAACCAUAUCACACAAGAGUUUCAAAACCUAGCUAAUUAUGAGAAUCACAAGGUAGCUUAGAAUUCACACACACACACACACACACACACACACACCCCAUAAUUCAGUGUGCUAAAGCAGGGCACAAAAACCUUUGUAUGAUCAUCUAAUAACAGAAACAGUCCAGUCCCCGACCUACCCAGUACCUGCUCAAUUUCUGUCUUUUCAAAGAGGAUGGAUAAACAAAAAACUUGCUUGCAAGAGCUUAUAAAAUUUUUCAUGAAAAUAACGUUUUCCAAUUUUAUUGAUAAAAGAAUUCCAGGCUGGGUGCGGUGGCUCACGCCUGAAAUCCUAGCACUUUCGGAGGCCAAGGUAGAUGGAUCACUUGCAGUCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCCCAGGCAUGAUGGCGUGUGCCUGUAAUCCCAGCUACUUGGGAGGCUGAGGCAGGGGAACUGCUUGAACCCGGGAGGCAGGGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUUGUGCCACUGCACUCCAGCCUGGGUGAGGAGCAAGACUCUGUCUCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAUUCCAAGGGGAAAAAAAAAGACUAAACAGUAAUUAGGAUGUCCAAAAGCAAAUAAAACUUAUCUCUUCUACUUAUAAUAGAUCCUAAAAUAAGGUUUAAUGAAUUAUAAAAAAUACCACCACCAUCCUCAAAGAUCUCAAUGACAUUUUACAUGGCAACAGGUGGUUUAAAGCAUAAUAGAGAUACUCAAUUUUUAUUUAUUUUUAGACAGAGUCUCACUCUGUUGCCUAAGCUGGAGCACAGUGGCGCAAUCUCAGCUUACUGCAACCUCCGCAUCCCGGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGACUACAGGCACACACCACCACUCCCGGCUAAUUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAAACAGGGUUUCAUGAUGUUGGCAAGGCUGGUGCCGAACUCUUGGCCUCAAGUGAUCUGCCCGUCUCGGCAUCCCGAAGUGGUGGGAUUACAGGCGUCAGCCACUGUGUCUGGCCAAUAGAUAAUUUUUAACUGGUAACUGUAUUCCAAUAAUUUCACAUUCACGUGGUAUUUGCAAGCAUUAAGCCACAGAUAAGCCCCUUUUCCAUAAAAAGAGGAAGUUUACCCCCUUGAGGUAGGAAACUAUGAGCUAUUUUAAUGGUACUUUAUUUUUUUACUUUUUUUAAUUUUAGAUACAGUCUCGUUAUGUUGCCCAGAUGGAGUGCAGUGGUGCCGAUCAUAGUACCUGUUGGGUACUGUGCUUAUUGCCUGGGUGAUGAGAUCAUUGGGACCCCAAGCCUCAGCAUCACACAAUUUACCCAUGUAAUAAUAAACCUACACAUGUACCCUUUAAUCUAUAAUAAAAGUUAAAACUUAAAAACUAAAAAUAAAUUAGAAAAAUGCUACCAAAAUGCUCCAUAAAAUUAGAAAUUUUUUGUCUUUUGUUCACUGAUAUAUUCUUACUAUCCAGAACACUGUCUGGCAUAUGUAAAGACUCAAUAAAUAUUUGGCAAAUUUUUGUUGCUGAAUAAAUGAAGUCAUAAAGUUCUUGGUUUUCUCAACUGUAAAAUAUGGAAAUGACCAUAUGUGUGCAAUCUCUUAUAAUACCUCAAGCUUGGAAGAACUUACUUCAUCUACAAAAAAUGAAAUUACCUUAACAUAAGGCAGGCCGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-826.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -867.85

Frequency: 0.0000

Diversity: 479.76

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((..(((((((.((((.....))))....((((((((......))))))))..)))))))..)))))...((.....(((((((..((((((..............)))))))))))))..........((((((..((..(((((.....)))))..................(((((.......)))))(((((.(((((((((.((((.((((.((((((...((.((......)).))....)))))).))))......(((((((.....))).))))..)))))))))))))..)))))..))..))))))..........((((((.........((((((.(((.(((((............((((((.((((...((((..(((((.....)))))..))))))))))))))((((((((((.((((((((.((((((((((((((((..((((((((((.(((.((((...((((........(((((((((..(((((...((.(((.....((((((....((....)).....)))))).....))).)).))))).....(((((......)))))((((((........((((..(((((................(((((.(((((.......))))).)))))......((((...((((..............((((.(((((.((((.....(((.(((........((((...(((....)))...)))).......................(((((.............)))))....))))))......)))).))))).))))............(((((((((((((........(((((((..((((......((((......((((.((((.((((.((((.........((((....)))).......((((((...))))))...)))))))).)))).))))....))))...)))))))))))((((((((.(((((((.(((((((.((((((.(((.(((.(((..(.(((((((((((..((((((((((((..((((((((.((((((((.(((((((((....(((((((((((((((((((((((((..((..((.(((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((..((((((((((((((((..((((((((((((((..(((((((.(((((((((((..(((((((((((..........................((((....))))........(((....))).....((....))(((((.((((((((..(((((((...........((((.(((......)))))))....(((((.......((((((.((((....(((..((.....))..)))...)))).....)))))).......))))))))))))......)))))))).))))))))))))))))..)))).))))))).)))))))..))))))))))))))..)))))))))))))))))).))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))).))).))..)).)))))))..))))))))))))))))))....))))))))).)))))))).))))))))..))))))))))))..))))))))))).)..))).))).))).)))))).))))))).))))))).))))))))((((((.....)))))).......)))))..))))).))).........(((......)))))))))))..))))).)))).......)))))).......((((((((.(((((..(((...(((((((((...........))))))))).)))))))).))))))))....))))))))).))))...)))).))).)))))))))).)))))))))))))))).).))))))).))....((((((((((.(((((((.(((((((((((....((((....))))..))))............))))))).)))))))........)))).))))))...............((((....))))..........((((((...(((((((.(((.....(((...))).....)))..)))))))....)))))).............((((((((((((......))))).))).)))).((((..((...((((((((((.......)))))))))).))..))))........)))))))).......((((..((((((......))))))...))))..........)))))))).))))))..))))))..(((((.........)))))....(((((...)))))...))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

{(((((..(((((((,((((.....}))},...((((((((......))))))))..)))))))..))))}...{{.....(((((((..{(((({..............}))}}|))))))).{,....,{{{((,{,..,,..(((((.....))}}}.............,,,,.(((((.......)))))(((((.(((((((((.((((.((((.((((((...((.((......)).))....)))))).))))....,,(((((((.....))).)))).,)))))))))))))..))))).,{|..,|||||..,,,,.,,,,,{{{{.........,.|{((|(|,.((({|{{,|||,,..,{((((((.((((...((((..(((((.....)))))..)))))))))))))).||,,,{(({.((((((((.((((((((((((((((..((((((((((.{((.((((...((((...,,,,.{(({{((({.,,....(((((((..{,...,((((.{{......(((((((((((({........,,....{({({((({.{{(({{{,..(((((((((.((.......}).))))))))}..,,,,,||||,.,,,{{{{{.(((({.......})))).))))},,|..,,................................,{,{{{,....,|||.|||..,},||,|,,},...}}}),}))).)})).},}}....................,.,...............))))).....{{{(({........)}))))).)))))))....)))))).....}}}}}}},...)))))))..((({((,(((((.,{((({{((((,...,||||}}||},{,,,........((((((((({.{{.......,{{,.,...{(((({...}}}}}}.,|}}}},}}},.,,,||,,,,...((((((({(((((((((.(((((((.(((((((.((((((.(((.(((.(((..{.{((((((((((..((((((((((((..((((((((.((((((((.(((((((((....(((((((((((((((((((((((((..((..((.(((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((..((((((((((((((((..((((((((((((((..(((((((.(((((({((((..(((((((((((....,,,,,,,,,,,,,.........((((....))))........,{{,...,,,..,,,{{.,,,},..,,,.,,,,,,....(((((((.....{{,{,,{{{{,({{......)))}}},....|||||.......((((((.{{{,,,..,((,,({.....))..))),..,})).....)))))).......,}}},))))))}.....})))),))).))))))))))))))))..)))).})))))).)))))))..))))))))))))))..)))))))))))))))))).))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))).))).))..)).)))))))}}}}))))))))))))))))....))))))))).)))))))).))))))))..))))))))))))..))))))))))}.}..))).))).))).)))))).))))))).))))))).)))))))))})))))))..,,||.....}}},..|{{..........))}.......(((......))))}.))))))))))....|,.........||,{(((((.....,,)))})).,||}}}||,}}}}}|}),,}}}}}...})))),,.......)))))).,..,,,.,,,.,,.})))))))),))))...)))).))}.)))))))))).)))))))))))))))).).))))))).))}...((((((((((.(((((((.((((((((({(....((((....))))..))))...,,.......))))))).)))))))........)))).)))))),{{{,..,.......,{|||,...,,,.....{{,,.......}}}}.....}}}}}}}...}}))}.....,,,,,..,}})))))},..,}}}}},....}|,....},((((((((((((......))))).))).)))}.((((,,,,...((((((((((.......)))))))))).|)|,})))...,,||||}}}}}},......,|{{{..((((((......))))))...)))}............})||,..|||||||||,,,,,.)}}}||..........,},.....(((((...)))))}}})).}}