Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr15_0115800

Sequence Length

2304 nt

GC Content

0.4375

GUUUUUAAGCAAUUCUCUGCCUCAGCCUCCGGAGUAGCCGGGAUUAUAGGUGCUGCCACCACGCCUGGCUAGUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUGGGGUUUCACUAUCUUGGCCAGGCUGGUCUUGAACUCCUGACCUCGUGAUCCGCCAGCCUUGGCCUCCUAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCACGCCCGGCCUGAAGCAUUCCUUAACCUUCCCAGAAAGAUUUUUAAUUACCAUGCUAAAAAAAAAUUAGUUGAGAAAAUAAAGAUAUCCAAAAUUCCACUCCUAAGUCCUAGGCAGAUAUGUCUGUGUCCCCAUUCCUGUAAACAGCCCCACUACAAAUCACUUCAGGUUGUUUAAAUUAACUGUUUAGAUGUAACUUUUCAUUGCCAACCUGACAGGUUGGUGCCAACUUGUUAUCCCUGAAGUAUAGCGUAAAGCCUGGAACUUAGCAGAUACUUCACAGGUAUGAAGAAAUAAACAUAAUUAAGGCAAUACAACUAACUGCUAAUUUAAAUUUUAUUAGUGCUGGUAUUGGUAGUCCUGUAAAUACAGUCAGAGGAAUUCUCUCAAAAGAUGUUGGCUAACAGGUUAUUAAAAAUACUGCUACUCUUUUUCUUUUGGUACUGUUCCUUCUUUGUGCAUUAUUUUAAACCCCCUUUCCUUUUCUCGAUCUCUAAGAAACAAGCCAAUUAGGAAAGUCUUUCAGUAUGCUGGCAAUGCCCUGGUGUAGGGACAGAAGACUGGUGUAAGGUGUAAUCUCCUGGCACGAGGGACGGAACACCAAGUCUAGCCUACCAGCGUCUGACUCUUCAUGGAUUCUCCCUGUCCUGAGGCUUAGUGCCCUCGGUACGAAAAGAGAAAAUAAUAUUCCCUCUGCUUGUUCCAUGGAGUUGCAGUUAAGAUCAAAUAGGGAAGUAUUCUGUAAAGUAUAAACGUAAGGUAAUAAUGGUAGACAGCCUCUAAAAUGGUUCCCAAUGACCCAGAGGUGUCUCCUGGUAUUCACACCCUCGUAUAGACCCUCAUAUAUUGUACAGCGUUGGUCUUUGUGACUAAUAGAAUAUGGCAGAAGUGAUGGUAUGUCCCUUCUGACAGAUUAGAAAAGACACUGUGGCUUCCAUCUCGGUGGGAAUGCAUUCUCUUCACCUCUCUUCCCCCAUUUCUGUCUCUCUCACCUCACUCACUGGGAAAGCCAGAUGUCAUGUCAGCUAUGGAGAGGCCCAAAUGGCGAGGAACUAGAGCCUCUGGCUAACAGCCAGUAAGGAACUGAGGCCUGCCAACAGUCAUGUGAGUGAGCUUGGAAGUGGAUCUUCCCUUUCCAGCCAAACUUUUAAAUUGAUUUUAACCCUGACUGAGAGCUUGACAACCACCUCAUGAGAGACCACACAUGAGCUAGAACCACUGAACUAAGCCACUCUUGCAUUUCUAGCUCCAAGAAAUUGUGUGAAAUAAUGACUGUUGUUUAACGAUGCUAAAUUUGGGCUAAUUUGUUACAUAGCAAUGGCAAUGGAUAACAUAUGGGUGAUGUUACUAGUGCCCAGCCACAUUUACACUGUUUCUAAAGGUAAUAUUAAAAUGAAGCACUGACUGGGUACAGUGGCUCAUGUCUAUAAUCCCAAGAUUAUAGACAGGCUGAGGUAGGAGAAUCUCUGGACCCCAGCAGUUUGAGCCCAGUCUGGGCAAUACAGUGGGACCCCGUCUUGCAAAAGAUUGAAAAAUUAGCCAGGUUUAGGAGCUCACACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAUGUGGGAGGACCACUUGAACACAAGAAUUUGAGACCAGUCUGGGCAACAUGGAAAAACCCUGUCUCUACAAAACAACAACAACAACAACAACAACAGCCCCAUUACAAAUCACUUCAGGUUGUUUAAGGUAACUGUUUAGAUGUAAGUUUUCAUUGCCAACCUGACAGGUUGGUGCCAACUUGCUAUCCCUGAAAUAUAGCAAAAUUAGCUGGGUGUGGUGACUCAUGCCUGUAGUCCUAGUGACUUGGGACGCUGGCAUGGGAGGAUCACUGGAGCCCAGGAGCUCAAGGUUACAGUAAGGUAUGAUCAUUCCACUGUGCUACAGCCUGGGUGACUGAGGAAGACCUAGCCUCUAAAAUAGAAAUAAAAAACUGAGAAAUAAGUAUACAAUUGAUGCAGCUGACAUUUCAUUAGAGACUUUCAAUUAAUACAAAAAAAUUAGCCGGGCUUGGUGGUGGGCACCUGUAAUUCCAGCUACUUGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUCACUUGAACCCAGAAGGCGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-772.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -814.59

Frequency: 0.0000

Diversity: 495.40

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((..(((((..(((((((((((((((((((.(((((((.((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((....(((((((((((((((..((((.(((.((((((((((((((((.((.((...(((((.(((.((.((.(((((((((((((((((((((((((((((.((((((......((..((((((((((((((((..(((......(((((((((((.........(((............((((((((((.((((...............((.((((((.((((((...((((.((((..........(((....)))..............((((((((..((((((((.....))))))))(((((........((((((((...))))))))........))))).))))))))))))))))..)))))).)))))).))((((((...))))))...(((((((.(((((..((((.((((..(((((..((((((.........))))))((.((((((..(((((((((...((..(((((((.....)))).....)))..))....)))))..))))..)))))))).............)))))..))))))))..)))))..))))))).......))))..))))))))))............))).......))))))))))).....((((((((((.....(((.((((.(((....)))((((.(((........))).))))(((((...(((.((((.........((((.((((...(((...((.((((.((((((((..(((..((((((((.(((((.((((..((((.............))))..)))).))...)))..))).))))).))).)))))).)).))))))...)))....))))..)))).....((.(((((.(((((.....((((......)))).)))))))))))))))).)))...))))).......))))))).)))))).))))(((((((.....)))))))...........(((((.(((((..(((..((((((....))))))..)))))))).)))))......))))))))))).))).......((((.(((((((((((..((((((((...((.((.((((((.....)))).))....)).))....))))))))..)))))).).))))..))))(((((((((...))))))..))).....))))).))((((((((((..(((((.((((((.(((((.(((...(((((.((.((.....(((((.....)))))...)).)))))))............((((((.(......).))))))..))).)))))...)))))))))))....(((((..((...........))..))))).))))))))))........(.((((((((((.((((((((((((((.((....)).)))..))))......((((.((((((.((((((((.((.........((((((..................)))))).)).))))))))))))))))))((((((((((....))))))))))..((((.(((.((((...))))..))).)))).......(((((...)))))......(((((((...)))))))...........))))))))))))))))).))))))).))))))))))))))))))))))))))))).)).)).))).)))..))...)).)).)))))))))))))))).))).))))..))))))))))))))).......................(((((((..................))))))).(((((..(((...((((((.((((..((((((((((((...))))))))......(((((((.........))))))).....((((((((((((..((((((((.((.(((((((....))))))))).))))))))...))))).....(((((..(((((.((((..((((.(((..((....)).))).))))..)))))))))..))).))...))))))).((((...))))........(((........)))........)))).)))).))))))...)))..))))).....))))).)))))))))))))))).))))))).))))))))))))))).))))))).))))))))))))).))))))..)))))))((........).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(({,,{(((..(((((((((((((((((((.(((((((.((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((.,{.(((((((((((((((..((((.(((.((((((((((((((((.((.((..,,,(((.(((.((.((.(((((((((((((((((((((((((((((.((((((..(...(((.(((,{,{,(,,{{{{{....,.,,.,.(((((((((((..,,.....(((.........,,,((((((((((.{(((...............((.((((((.((((((...((((.{{(({.........,{{....}}}.......,,.....((((((((..((((((((.....))))))))(((((.......,((((((((...)))))))),.......))))).)))))))),},}})))..)))))).)))))).)),{,(({,...}}}}),,,|((((({.(((((..((((,((((,.,,,,(((((((({.........}.})))...,}|))))}}||}.((((....}}}}.,{((((,,..}}}}{((((((....((.{,.{{(,.{.......},.))),}).}}....))))))))}..})))))))..)))))..))))))}.......)))}..)))))))))}............}}}...,,,|})))))))))).,.,.((((((,,{|||,.((((.((((((((((((..((((.{(((((((.(((((((|.{((((((...(((.((((.......,.((((.((((.,,(((.,.((.((({.((((((((..(((..((((((((,({{((.((((..((((..{{,...,}}..))))..)))).))..,)}}..))).))))).))).))))))},).))))))...))).,,.))))..)))).....((.(((({,(((((.....((((......)))).)))))))))))))))).)))...))))))}.........,.|{||||,|....,{((((((.....))))))),.,,,}}||..(((((.(((({.,(((..((((((....))))))..)))))))).)))))....,))).)))).))))},,|}}}))))..))}.........}})))))))..)))),,,,,{,((((.....)))).{|{{{{||||{{{{{{||||{(((((({((((.{((..,(((..(((((((((...))))))..)))..))},}.)))))|(((((((((..(((({.(((((({((,((,,,,,}}||||}|||,{{.,}},{(({{.....}}}}}..,|,.}}}}}}}..,|........{((|{{.|.,..{,|,||}|||{{|||,,}}}},..,}}}},}},)).,|,,,||||}}}},..,,,...}))}}).....)))))))))|.........,||,.}}))))))}..|}|.,,.})))))..})))}|||,.,,.},,.}}}}|||.((((((.((((((((.,,......,,.((((((..................)))))).)).))))))))))))))}|,{((((((((((....))))))))))),((((.(((.{(((...}))},,}}},)))}.,,.,..(((({...}))))...,}.||||||,.,.|||||,,..})))}.,....,})}))).))).,.),.)))))).))))))))))))))))))))))))))))).)).)).))).)))..),...}}.)).)))))))))))))))).))).))))..))))))))))))))).,,....................(((((((..................))))))}.,{{{{..{{|,,.{(((((.((((..{{,{((((((((...))))))))......{((((((.........))))))}.....(((((((,(((({{((((((((.((.(((((({....})))))))).))))))))...,))))}....(((((..((((,,((((..((({.(((..{{....}).))).))))..)))))))))..))).))...))))))).((({...}})}........{((........}}}.......,})}}.}))).}})))).,.)))..}}}}}.....)))))))))))))))))))))).)))))))}))))))))))))))).))))))).)))))))))))))}})))))..)))))))((........).)