Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr16_0018800

Sequence Length

973 nt

GC Content

0.4234

GUGGAAAUGAGAAUUAAGCAGAAUGCCAGGUCUGCCUGGGUGGCUCAUUUUUCCAGCUCCCUAAAAAGAUUUAUGCAGCUGUCCAAAAGGAGCUAUGGCUCCAUUACCCAGCAUACAAAGCCCCUUCUGCUAUCAAGUAGCAGAUCAAUCCUAGAUGAUAGUUCACUGCUAGCUUCUGAAAAACCUACCAUCUCUCUACUUACAUCCUCAUCUUUCAAGCAGAACUGAGCAAUUUUACUUUUGUUGGCAACAGUGGCCAAAAAUUGUUUUAAUUUGCAAAUUGAAAAAAUUCUAUGCUGUUUGGUUUAUAAGUUAAUGCCUCCUAUGACCUGACUUAGAGACAGAUGUAGAGUUGAAUCUCUUUUAUGCUAUUCAGAGAUUACUAGAGACUACCUACAUGUUUGCUUAUGUGUGCAUUAUCUGUUCUCCUUCCCACUCAAAAAUUGUAAGCCUAUGCAAACAGAGCCCUUAACUGUUUAAUUUCCCACUGUAUUUUCAGUGGCUGGCACAUAGUAGGUGCUCAUGAAAGAUGUGCAGAAUGGAUGAAUAAAUGGUGUUCUCCUUGAUAUGCACGCAGCCCUCUCUGUAUUUACUUAUUUACUAGCCCAGCGUCUCCUGCUACUGGUCAUCCCCUACACUGCUUCCCAAGCAAGCAUUUUUUUUUUAAAUGCCAAACCAGUUUUAAAAACCAUGCCACUUUUUUUGCUUUCAGGAUAAAAUUCCAAACUCCUUAGCUAAGCAUACAAGGUAACUGGCCCUGCCUUGCUGUUUUGCCUCACCUGCUAACGUGCACAUGCUCUGCCACGUGUACCUGCUGCUAGUGGGACAUGCUGACUUCUCAGUGGGCCUCAUGGGCCAGAGGAAGUUGCGUUGUUCCAUAAACUCAGCUCUCAGAAGUGCUGUUUCCUCUGCCUGGAAUUCGUCUAUCUGCUUCAAUAGCUGAAUGCUGCUUAUCCCUCAAGACUCAAUUCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-244.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -260.81

Frequency: 0.0000

Diversity: 244.56

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((...((((....(((((((.((...((.(((.(((((((..........(((((.(.((((....)))).).))))).......(((((....))))).)))))))))).))...))...)))))))....((((((((........((((...((((.....))))...)))).......................................(((((...((((.(((((((.(((((..(((((.((((((....((((.((((((((....)))))))).))))..((((((.(((((..((((((.(((((.................(((((.(.((((((.((....(((((..((..((......))..))..)))))..)))))))).)..(((...((((((((.((((((((((((((.(((((.....(((((......)))))...(((((((..(((((........((((((......)))))).......)))))))).))))......)).)))..))).))).)))))...((......))..))))))))))))))..)))))))))).))))))..)))))..))))))........((((((............(((((...))))).((((((.......))))))...))))))............))))))....)))))..))))))))))))............((.(((((..(((((((........))))))).))))).)))))).)))))...((((((.((......)).)))))))))))))).(((((((((((.((((((.(..(((.((....)).)))..)))))))))).)))))))).....((((.((....)).)))))))).)))))(.((((((.((((...........((((.....))))...........))))..)))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{{(({.,{(((...{{((((({{.{(,{{({.{{|||||((((,,,.,{{{,.(((((.(.((({....}))).).)))))...}}},{||||,,,,|||}}..}}}}}}}}}.,,...))...,||||||{{...|||||||}.......{((({({{{((.....||}}{{{||||{..................................,,,.{((((,..((((.(((((((.(((((..(((((.((((((....{{({.((((((({....}))))))}.}}}}..((((((.(((((..((((((.(((((.....,.,......,.,||||{,{.((((((.((.,..(((((..((..((......))..))..)))))..)))))))),|,,({...,(((((((,,{((((({({{{{({.{{{{{.....,((({.,,...,)))},|,(((((((..(((((........((((((......)))))).......)))))))).)))).,,...}}.)}),,))}.|||.|||||...{{,,,,,,))..}}}))))))))}},...,.,,))))).))))))..)))))..)))))).....,..((((((............(((({...))))).((((((.......))))))...))))))............))))))....)))))..))))))))))})............((.{((((..(((((((........))))))).))))}.))}}}}.}))))...((((((.{(,...,,)).)))))),,||||,}.(((((((((((.((((((,{..(((.((....)).)))..)))))))))),}))))))).....||||..|}}}}))}}},}.{{{{...,,..})}|,|,||||,,,.|||....,|||.},..})))}}},.....,.,}}),,},}))))