Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr19_0142000

Sequence Length

1680 nt

GC Content

0.3577

GUUUCUCUUUAGUAUGAAUUAUCUUAUGUGUCGUAAGAUUUGAAGAUUGAUUAAAAGCUUUGCCACAUUCCUCACAUUUGUAGAGUUUCUCUCCAGCAUGUAUUAUUUUAUGUUUAGCAAGGGCUGAGGAGUGCUUAAAAGCUUUGCCACAUUCUUUACAUUUGUAGGGUUUCUCUCCAGUAUGAAUUGUCUUAUGCUUAGUAAGGGUUGAGGAACGGCUAAAAGCUUUGCCACAUUCUUCACAUUUGUAGGGCUUCUCUCCAGUGUGUAUCCUCUUAUGUCUAGUUAGGGUUGAAGACCAUAUAAAUGCUUUGCCACAUUCUUUACAUUUGAAGGGUUUCUCUCUAGUAUGAAUUCUUUUAUGUUUAGUAAGGCUUGAGGACCAGUUAAAUGCUUUGCCACAUUCUUCACACUUGUAAGGUUUCUCUCCAGUAUGAAUAAACUUAUGUAUAGUAAGAUUUGAAGAUCGAUUAAAAGCUUUGCCACAUUCUUCACAUUUGUAGAGUUUCUCUCCAGCAUGUAUUAUUUUAUGUUUAGUAAGGGUUGAGAGUCGCUUAAAAGUUUUGUCACAUUCUUUACAUUUGUAGGGUUUCUCUUCAGUAUGAGUUAUCUUAUGAUUAGCAAGGGUUGAGGAAUUGCUAAAAGCUUUGCCACAUUCUUUACAUUUGUAGGGUUUCUCUCCAGUAUGAAUUCUCUUAUGUUUAGCAAGGGCUGAAGAAUGGCUAAAAGCUUUGCCACAUUCUUCACAUUUGUAGGGUUUCUCUCCAGUGUGUAUCCUCUUAUGUCUUCUUAGGGUUGAGGACCAUAGAAAUGCUUUGCCACAUUCUUCACACUUGUAAGACUUCUCUCCAGUAUGAAUUAUCUUAUGUGUAGAAAGACUUGAGGAAUGAUUAAAAGCUUUGCCACAUUCUUCACAUUUGUAGAGUUUCUUUCCAGCAUGAAUUAUUUUAUGUGUAGUAAGGGUUGAGAAUUGCUUAAAAGCUUUGCCACAUUCUUUACAUUUGUAGGGUUUCUCUCUACUAUGAAUUAUCUUAUGUUUAUUAAGGGUUAAGGAUUGUCUAAAAGCUUUGCCACAUUCUUCAAAUUUGUAGGGUUUCUCUCCAGUAUGAAUUAUCUUAUGUUUAGUAAGGGUUGAGGAUUGCCUAAAAGCUUUGCCACAUUCUUCACAUUUGUAGGGCUUCUCUCCAGUGUGUAUCCUCUUAUGUCUAGUUAGGGUUGAAGACCAUAUAAAUGCUUUGCCACAUUCUUUACAUUUGAAGGGUUUCUCUCUAGUAUGAAAUCUUUUAUGUUUAGUAAGGCUUGAGGACCAGUUAAAUGCUUUGCCACAUUCUUCACACUUGUAAGGUUUCUCUCCAGUAUGAAUAAACUUAUGUAUAGUAAGAUUUGAAGAUCGAUUAAAAGCUUUGCCACAUUCUUCACAUUUGUAGAGUUUCUCUCCAGCAUGUAUUAUUUUAUGUUUAGUAAGGGUUGAGAGUCGCUUAAAAGCUUUGUCACAUUCUUUACAUUUGUAGGGUUUCUCUUCAGUAUGAGUUAUCUUAUGAUUAGCAAGGGUUGAGGAAUUGCUAAAAGCUUUGCCACAUUCUUUACAUUUGUAGGGUUUCUCUCCAGUAUGAAUUCUCUUAUGUUUAGCAAGGGUUGAAGAACGGCUAAAAGCUUUGCCACAUUCUUCACAUUUGUAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-387.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -423.39

Frequency: 0.0000

Diversity: 618.59

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((((((((((...((((((((...)))))))).((((((.((....((((((((....(((((((((((((((.((((...((((.(((.(((((.......((((...((((((..(((((((((....(((((((((((......(((((....)))))(((((((.(((((((((......))))))).......))..))))))))))..))))))))....)))))))))((((((((.((((((..(((..........................)))..)))).)).)))))))))))))).))))....)))))))).))))...)))).))).))).........((((...(((((((..(((((..(((.....))).............((((((.(..(((...((((.(((.(((......(((((.....)))))...((((((.......((((((((....(((((((((........((((..(((((.(((...(((((.........)))))...))))))))..)))).((((((((.....(((((((((.((((((((((..(((........)))..))))).......))))).).)))))))).....))))))))(((.....((..((((..(.(((((((...........))))))))..))))..))....))))))))))))....)))))))).......)))))))))))).))))..)))..).))))))..)))))((((((((((........))))).)))))....))))))).))))(((((((((..((((((....((........))....)))))))))).).))))..)))))))))....))))))))....)).))))))....(((((((..........(((((((....)))))))((.((((((.(((((.....)))))...)))))).))...)))))))...((((((.....)))))).((((((........))))))..(((((..((((.(((...((((((((....((.((((((((((((((.((.......))..)))))))).((((((.....))))))..)))))).))....))))))))...))).))))((((((.(.((((...))))).)))))).))))).))))).))))..))))....))))(.((((((((....(((.....((..((((..((((((((((..........))))))))))))))..))...)))....((...(((.....)))...))......((((.(((.(..((....))..).))).))))....(((((.....)))))...((((((.......(((((((((((...((((((.........((((..(((((.(((...(((((.........)))))...))))))))..))))...((((((.(((.((((((.....(((((((((..(((........)))..))))))))).....))))))))).)))..)))..((.((((((.((((.......(((((((.((.......))..)))))))......))))...)))))).)))))))).)))..)))))))).......)))))))))))))).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

({{{{(({,{{,.,,{,...((((((((...)))))))).((((((.((....((((((((....(({(((((({,,,{(.((((...||||.{((,((({{......,||||...((((((..{((((((((....((((((({(((.....,{((((....))))}(((((((,(((((((((......)))))))......}))..))))))))))..})))))))....))))))))}((((((((.((((((..((({,,,,({{......}}}}.},.....)))..)))).)).))))))))}}}})}.}}}}.,,.}||||}||{||||,,,|,},,,,,.,,|||.,,,}},||||..,({{{(((.,{{(({...,,,.{,.|||||||,.,,,,,{(((.{((,(,.((,...||,.,.|},.})},....(({{{.....}}}}|,,.{(((((.......((((((((,...,(((((((({.,{{{,.((({..{{||,,(((,{,,{{{{...,,,,,.,}|||{{,|}||}}|}..|||,..,|||.||.}},.|,||||}|}..(((((((((..(((........)))..))))))))}...}}}}}.},}))))))},},..}))))))}{{{.,.,,((,,((((..(.(((({{{{,.........)))}})))..))))..}),},}}))|||||||||||..||||||||....,,|||||||{{|||{.{(((...))}},}))})}|,,,..{{(,{{((((((........)))))),}}))}.,.)),,}}}.,,,,{((((((((..((((((.,,,{{........)),...)))))))))).))),)}..}))))))))....))))))))....}},)))))),,..|{{{{{{...,,,....(((((((....))))))){,.((((((,{(({(,,..,|},.,,||)}}}}}.}}|.,|||||||...((((((.....)))))).|||{,,...{{{|.,,,,,,}}})}},.}||||.|||...||||||||....||,|||||||{{{{({({((...,,|,}}..}}})}}}..|{{{{{.....)))))},.}))))).))....))))))))...,)).))))||(((((({({(({{{|,}|{||}}}}|,,..,..,}}},.,,,...,)))..)))),)|.||||||||....(((.....((..((({.,((((((((((..........))))))))))))))..))...))).{|||||...,.,,{{.({{{{{{{...{{{((((,,(({({.{({...,|,.,.,,,.,)},.,,,|||{{.....}}})),,.{(((((.......(((((((({,,..{((((((({.{((((,(((...||)),.((((((........))))),..(((((((.((||(|..(({....))).}}.)),,}.)))))))..(((((((((..(((........)))..)))))))))...))))}.},}))))))),},..)))))))).......}}}}}|{{{,,(.((((,,,|,,..,....,)}}},}}}..}}}}...))))).},})))))).)))..}))))})),......))))))))))))}),)