Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr19_0142200

Sequence Length

1597 nt

GC Content

0.3619

GGUUGAGGAACGGCUAAAAGCUUUGCCACAUUCUUCACAUUUGUAGGGCUUCUCUCCAGUGUGUAUCCUCUUAUGUCUAGUUAGGGUUGAAGACCAUAUAAAUGCUUUGCCACAUUCUUUACAUUUGAAGGGUUUCUCUCUAGUAUGAAUUCUUUUAUGUUUAGUAAGGCUUGAGGACCAGUUAAAUGCUUUGCCACAUUCUUCACACUUGUAAGGUUUCUCUCCAGUAUGAAUAAACUUAUGUAUAGUAAGAUUUGAAGAUCGAUUAAAAGCUUUGCCACAUUCUUCACAUUUGUAGAGUUUCUCUCCAGCAUGUAUUAUUUUAUGUUUAGUAAGGGUUGAGAGUCGCUUAAAAGUUUUGUCACAUUCUUUACAUUUGUAGGGUUUCUCUUCAGUAUGAGUUAUCUUAUGAUUAGCAAGGGUUGAGGAAUUGCUAAAAGCUUUGCCACAUUCUUUACAUUUGUAGGGUUUCUCUCCAGUAUGAAUUCUCUUAUGUUUAGCAAGGGCUGAAGAAUGGCUAAAAGCUUUGCCACAUUCUUCACAUUUGUAGGGUUUCUCUCCAGUGUGUAUCCUCUUAUGUCUUCUUAGGGUUGAGGACCAUAGAAAUGCUUUGCCACAUUCUUCACACUUGUAAGACUUCUCUCCAGUAUGAAUUAUCUUAUGUGUAGAAAGACUUGAGGAAUGAUUAAAAGCUUUGCCACAUUCUUCACAUUUGUAGAGUUUCUUUCCAGCAUGAAUUAUUUUAUGUGUAGUAAGGGUUGAGAAUUGCUUAAAAGCUUUGCCACAUUCUUUACAUUUGUAGGGUUUCUCUCUACUAUGAAUUAUCUUAUGUUUAUUAAGGGUUAAGGAUUGUCUAAAAGCUUUGCCACAUUCUUCAAAUUUGUAGGGUUUCUCUCCAGUAUGAAUUAUCUUAUGUUUAGUAAGGGUUGAGGAUUGCCUAAAAGCUUUGCCACAUUCUUCACAUUUGUAGGGCUUCUCUCCAGUGUGUAUCCUCUUAUGUCUAGUUAGGGUUGAAGACCAUAUAAAUGCUUUGCCACAUUCUUUACAUUUGAAGGGUUUCUCUCUAGUAUGAAAUCUUUUAUGUUUAGUAAGGCUUGAGGACCAGUUAAAUGCUUUGCCACAUUCUUCACACUUGUAAGGUUUCUCUCCAGUAUGAAUAAACUUAUGUAUAGUAAGAUUUGAAGAUCGAUUAAAAGCUUUGCCACAUUCUUCACAUUUGUAGAGUUUCUCUCCAGCAUGUAUUAUUUUAUGUUUAGUAAGGGUUGAGAGUCGCUUAAAAGCUUUGUCACAUUCUUUACAUUUGUAGGGUUUCUCUUCAGUAUGAGUUAUCUUAUGAUUAGCAAGGGUUGAGGAAUUGCUAAAAGCUUUGCCACAUUCUUUACAUUUGUAGGGUUUCUCUCCAGUAUGAAUUCUCUUAUGUUUAGCAAGGGUUGAAGAACGGCUAAAAGCUUUGCCACAUUCUUCACAUUUGUAGGGUUUCUCUCCAGUAUGAAUUCUCUUAUGUUUAGCAAGGGUUGAAGAAUGGCUAAAAGCUUUGCCACAUUCUUCACAUUUGUAGGGUUUCUCUCCAGUGUGUAUCCUCUUAUGUCUAGUUAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-365.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -402.40

Frequency: 0.0000

Diversity: 644.92

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((.(((((..(((..((((((((....(((((((((((((((((.((((((..(((..........................)))..)))).)).))))))))....(((.....((..((((..((((((((((...((((...(((((((((.((((..((...(((....((...(((.....)))...))......((((.(((.(..((....))..).))).))))....(((((.....)))))...((((((.......((((((((....((.((((((((((((.((((...((((..((((((........))))))..(((((((.((.((...(((....)))....)).)).)))))))..(((((((((..(((........)))..)))))))))...(((((..(((((((((.((..((((((((...(((.((((((((((((.((((...)))).))).)))(((((((..((((..(((....)))((((((((....((((((((....(((((((((((((.(.((((...))))).)))))((((..(((...((((((........))))))...))).))))..........(((((((((..((((((....((........))....)))))))))).).))))...))))))))....))))))))....))))))))))))..).))))))........(((((((....)))))))...(((((((.((...(..(((....)))..)....)).)))))))....((((((.....)))))).((((((........)))))).......)))))).)))...))))))))))...))))))))).)))))))))...)))).))).))).....((((((.....))))))..)))))).))....)))))))).......))))))((((((((.((((((..(((..........................)))..)))).)).))))))))....))).....))..))))..)))))))))....))))...))))))))))))))..))...)))..(((((((...((((((.............((((.(((.(..((....))..).))).))))....(((((.....)))))...((((((.......(((((((((((...((((((.........((((..(((((.(((...(((((.........)))))...))))))))..))))...((((((.(((.((((((.....(((((((((..(((........)))..))))))))).....))))))))).)))..)))..((.((((((.((((.......(((((((.((.......))..)))))))......))))...)))))).)))))))).)))..)))))))).......))))))))))))...)).)))))(((....(((((........)))))....))).)))))))))....)))))))))))........((((((.(.((((...))))).))))))..)))))..)).(((....)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{(,.(((((,.(((..{((((((({,,.,,{((((((((((((((.((((((..((({,,,,({{......}}}}.,,.....)))..)))).)).)))))))),,,,(({.....((..((({.{((((((((((...{{{{...(((,{{{||,|{|{..|(.,,(((.,{{(({...,,,,{{.|||{{,|..,,.{,((((.{((,(,,((,...||,.,.}},.})),.,..{||{{.....}}}}|,,,((((((.......((((((((....,(((((((({.,{((,,(((,..{{||,,((({{{,,,,,...}}}}}.,,|||{{{|}||||||..|||,...|||.|,.}},,|.|}}}}}}..(((((((((..(((........)))..)))))))))...|||||.},||||||||,|,..||||||||{{{.{..,((,,((((..(.(((({{{{,,........)))}}))}..)))}..}},|,}})}|(((((((({{..{(((((({....{{{{{{{(({{{{{(.((((...}})),}}|||}{{{,..(((,{{((((((........)))))).}}))).,,}}..,,,.,,.,{((((((((..((((((.,,,{{........)),...)))))))))).))),)}..|))))))))....)))))))},,,.,|})))))}|,,,|||||||..,{,,....(((((((....))))))),,.{{{||{,{(({(,,..{||,.,|||||||,,.|||.|||||||,,..((((((.....)))))).|||{,,...{{{{.,,,,,.}}})}},,}}))}.})}...}))))))}....,}}})|||||||||{{((((...,||,}}..,}|}}|,..||||||.....}})})},.}))))).}}....}))))})},...,..}}}}||((((((((,((((((.,(({{|,||{,{......}}},.,,.....)))..)))).)).))))))))....|||.....||..||||.,||||||||||...}}}}...))))))))))))))..)),,,))}.||||||...,,,,||.|||||||,.,,,|,{({(.{({,(,.((,...,|,.,.}},.})),.,,.|||{{.....))))),,.||||||.......||||||||{,,..{{{{{{({{.,{{({,(((...||||,.((((((........))))),..(((((({,((||(|..(({....))).}}.)),,}.)))))))..(((((((((..(((........)))..))))))))}...}})}}.},}))))))},},..}))))))),{,.,.,}||}||{{{,{(,((((.,,|,,..,....,)}}},}}}..}}}}...))))),},})))))}.}}}..}}}}}}}},....,|)))))|||||||,{(({.,,|}},,,....,}||,.,},,.,,}}...)))))},.)))))))))}}..)))))))))))...}}}}}|{(({{|(.((((...)))),}))))))..,))||,.|}.,{,....)))