Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr2_0411000

Sequence Length

648 nt

GC Content

0.3349

UAUAUAAUAAUUCAGCCUGUGUUUCUAACCUGUGGCCUGACUGUGGUAUAUCAUCAAAUUGUAGCAGCAAAAAGACAUAAAUUGUAGUUAUUAUUGCUAAAGCUGUGGUGGGAAUGACUUUUCAAUGAGGAAAAAGAAAAAAAGGUGAAACAAAAAUGGUUUUUGAAGUAUACAUAUUUUCCUUUUUAAUGCAUAGUUUAGCAGUGCCCCAGUACAACUUGUUGGAAUAAACCUAACUCUUCUACACCUUCUGCUUUGAUUUUAAGGACUCUCUCUAUAUAUAUUUCAACUGGCUUGCAUUGGGGUAAAAGUAAGUGGAAAAUGAAACAGCAUUUUUGAGUCAUCUUACAUUAUUCAAGUGCCUUUAUAACUUACACAAAUUAAUGAAACCUCACAACAUACUUGUCUGGGAGCCUACAAUGGAUUUAAUCCUGCAUUUAUGACAAUACAAAAGGAAAUGCCAAACAAAAAUAAAUAAUUCAAUGAUUCAAAAUAAACACUGAACAUAUACUGUCAUAUGAAUUUAUCUAAAAAUCAAGAGAUGCAAGUGUGUGAGCACACACACACACAAUGCACUGUUUCCCAUCCCCACAGAUAACUUCUCUGUUUGCAAGAAUUCGGUAACACUGACAAACACAAACAAAGUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-117.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -131.17

Frequency: 0.0000

Diversity: 146.28

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.((((((((((((..(((((((.....((((.((......(((......)))......)).)))).....)))))))..))).)))))))))))(((...(((((((((((.....(((((......))))).......(((((((..(((((((((((((............(((((((.......(((........))).(((((((((.(((((.(((((((((...........(((......((......))......))).............))))))))).)).))).))))))))).........))))))))))))..))))))))..))))))).(((((.....(((.............)))....)))))....(((.(((((....))).)).))).......(((..((..((((.....(((....)))....))))))..))).............(((((((((((.........................))))).))))))............((.((.((((.(((((((........)))))))..)))))).)))))))...)))))).......((.((((((.......(((((...)))))......)))))).)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((.((((((((((((..(((((((.....((((.{(......(((,....,))),,....)}.)))).....)))))))..))).)))))))))))(((...(((((((((((,...,(((((.....,}}}},.,.....,{(({((..(({{{{(({({(({,.........,{{((((({{({,,.((({{{,....|||,(((((((((.(((((.(((((((((...........{{{......((......)).....,))}.............))))))))).)).))).)))))))))...{{|||{}}}}}|||||,..,|||}}}||,,|}}}}}}.,,|,|}},}||||}.,,,,..}}}},).,.......,}...,({{{{{({{....))).})}}|}{{......||.,....,|)|}},.||}|}.}}.},.,,,))))}},,},..............{((((((((((,,,..........,,,.........))))).)))))},,,,,.....,,,,.{{.((((.(((((((........)))))))..))))}),}))))))...))))))....,..,,.((((((.......(((((...)))))......)))))).)))))