Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr2_0853800

Sequence Length

1019 nt

GC Content

0.3641

GUGUGAGCCACCACACCCGGCCCACAAGUAUGAUUUAUAACUUAUUCUCCUUUAAAAAGGAAUACAGGACUCUCUGUAUUAAGUAUGACCAGAAAAAAAAAGGGAAUAGCACUUCUUCAUCCUUAUUUGAUUGGAUUCUGAAUUUUAAAACACAAGUUUACAGCCAUGUGAUUUAAUUAAUAUUUAUCAUUUACUUGAAUAUAGAAGAACAGAAUUUUACACUCAACUCUCUUGAUACUAAAUUCUGGGUAUAUCAAAAAUGAAAGGCAAAAUAAACUUACCUUCAGAGAAUCAACUAAAUCAUCAACUAAGAAGAGGCGCCUGAGUUCCUUUAUCGUGCAGUUCACAUGACCAAGAGCAGAAUUACUGUACUUCUGAACCAACUCCUCAGAUAUAGCAACUUCAGAUUCCAGAUAUGCCCUGAAUGGGUGGCCUUCAUCUGAUUUCUGGAUAGCUUGGAUCACACCCUUGUAUAUCCUAAAGCUGAUGGUCACAGAGAGCAGGGCCAAGGCAAUGUAGGCUGUUACGCUCACAAUGCUGAAUACUGUCAAUGAAAGCAGCAGGAAUAGGCUGGCACCAAACACCACUCCAGUCUUCUUAAUGUCUCUCCAGUACAGGAGGUCAACAACUAAAAAUUGAAAAAGAAAUCUGAAAUUAGAAUGUUAUUUUAUCAAUUUGGAUUUGCUCCAUCUAUGAAAACAAAAACGCUACUACAUAAAGUAAAAUCAAACCUAAAAAUUUAAAGAAACACUAAGUUAAAGAAACACUAACUUUAUAACCCACAUUUUAAACCCACUCUUAGUUGUAUAUUAGUAUAACACCUUUAUUUUUGACCACGAAAUGUUUUUUAUUCAAAUUUAUUUCUGCAUAACCAAAUCAUUCUAGCCAUACACAAUGAUUAAAUGUCUCCAAAGCCUAGAAGACUUCUAAUCCAAAACAAGGAGUUACUUAAAAUAAUCUUGGGGGCUGGGUGCGGUGGUUCAUGCCUGUAAUCCCAGCACUGUGGGAGGCUGAGGCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-232.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -251.83

Frequency: 0.0000

Diversity: 240.62

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((((((.((((((((((.((((..((.((((((((((....(((((....)))))(((((((....)))))))...(((((.(.((((.......((..((.(((.((((((((((..........))))........(((((.((((.(........).)))).)))))...(((((((.........))))))).))))))((((((((.....((((.....))))....))))))))((....(((((((((((.((.........(((.......))).....(((((.....((((((((((((((.((....)).)))))...(((((((.....((........)).....))))))).(((((.........))))).........((((((((.(((((((((((((.....((((((.(((.((.......(((((((..((.......))..)).)))))...)).))).))))))......))))))...((((.(((.(((......))).))).)))).....((((........)))).((((..(((((((..............))))))))))).))))))((((......)))).((((..........))))....).)))))))).(((((((((.......(((...((((.....))))....)))............((((......))))..............................((((((.........))))))........)))))))))......)))))))))....)))))......)))))))))))))))..((((((..(((.....)))..)))))))))))..))......)))).).))))).....(((((...((((.(........).))))...))))).........))))))..)))).))..)))).)))))))))).))))))))))))((((..(((((......))))).......))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((((((((.((((((((((.((((.,{..((({((((((....{((((....))))|(((((({....})))))),..(((((.(.((((.....,,((,,((.((,,((((((,,,,.,,.,{{{,,||||,,{{{,..{((((.((((.({,...,,,..)))).)))}}...|,|||||,,|||,..,|}}}|||,}}}},,((((((((.....((((.....))))....)))))))),{|,..||{{{{{|||{(((.........,||..,},,.}})..,,.{{{{{.,.,.{{{{{{{|||||||.||....})})))))...(((((((.....((........)).....))))))).(((((.........)))))...,,....((((((((.,,{{{,,((((,,...}}||((((.{,,.(({.{{{{{((((((({,(({{.,,,.,,.,)).,))))..}))})},.}))),)}}}},.)))))),..((((.(((.(((......))).))).)))).....((((........}))).{(((..(((((((..............))))))))))}..||}||((((......))))}.|,,..........,}},....}.})))))}}.{{{{{{{{{..,,{|,{,,,,,((({.....))})....}}},...........((((......))))..................,...,.......{(((((..,......))))))........,}}}}}}},......}}}}}||||,{,.}}})),,,,,.}}))))))))))},,..((((({..|||.....}}}..))))))}))}}..))......)))).).))))).....(((((...((((.(........).))))...))))).........))))))..}))),}...)))).)))))))))).))))))))))))((({..,(((({{.{{.,,,,)}}}}}.,))))