Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_chr2_0854600
Sequence Length
2333 nt
GC Content
0.3862
GAAGUUUUUUCUCAGCUUCUUUCACAAGAACUUUGGGUUUAACUAUGCUCUCUAUCUCUGCUUGAGUGGCCAAAGCAGAAACAUCUGGAGGCAAUAAGAGCACCUUUGAUGUAGCAGACCCAUUUUUAGAAAAGUCAUCUGAGAAACUGAUUUUCUCUUCAACUUUGGGUUGUAUGUUCUUCAAAGAAAGGUCAUGGGGCAAUUCUGUGCAAGGCAAUGACCCAGCUCCAUCCGGGGCAUUAGCAAUUUCACUUUUGUGGGAUACUUCUAGGUCAGUAUAUUCCCUGGCUAAUUUAGAAAAUGAAUCAGUUUUAGAACUGAUCAAUGUAGGGAACUCAUCUAUAAUUUCAAUUGGAGAUGAAUCUGAAAACGUUUCAGUUUCUCUUAUCUGUGCUUCCUUAGAAAUAAAUAAGUCAUCAUUUGAAUAAACUGCAGUACUGAGCUCCUCCAUCUGCAAAGGAAUUUUCUCCUUUUUGCUCAAUGUUGAAACUUCAUCAGGUAACAGGGUAUCUUUUGUGUUAUCUAAACUGAGCUUAAAAGAUUCCAAAUAUGGCUUUCCUCCCUCAGGUGGCAAAGCACUGAGUUUUUCCUUAUUUUCAUAUUCUAUCAUUGACUCAAAUGAAGUCUCAGUGAGACUUUCUUUCACAAGCAUCACAGUUUCAUCUUGUUUUUGUGGAACGUCAGGUAUUGAAUCAUCACUAAAUAAGUCAACUGGUUCAGAAUCAGGUGAGGAAUCUUCAACUAGCUCAGAAUGAUCAGGCACUGGCUGUUCAACUUUUGCCAUUUCUGAAUAAUCAGAGAAAUCCGGAGCUGGUUCAGCAGAAAGCUUUGUUUCUUUAAUUAAAUCACAUGCAAUAGAUAUAUAAGGAGCUUCUGUUUCUUGAAGAGCUGCAUUAAUAUUUUCAGGCUCUUUAAUUUCUUCCUUUAUUCCUGAUACUUUUUUUAGUGAUACACUCAUGGCCUCUUCAUAUGGUGGGGGGUUUUCAGGCUCAUGUUUUAUGCUUUCAUAAUUAACUGAAGAAGCUUCUAAUGGUGAUGAGCUGGGCUGUAUCACGGAAGCACCAGCACUAGGAACUGCAGAAUUCAAUGGUGCUUCCAUAACAAUGUCAGGCAAAACUGGUGAAGGAGUAGCUUCUGACUCUUCAAAUGAUGGGCAAAGCUGUGCUGCAGGAUAGAGUGACUCUUGCAUAACUUCUGAUGUUUGAACCAAGUCCAUUUUUGUUUCAUAAGCAAUCUUUGUACCAGUAACUUCAUUCAAUUCACUUUCACAUGCUUCCUGUACUAAAUCUGGAGUCAGGCCUUCAGGCAUGUUUGCCACGACUUCCUCAGUCACCUUUGUUAAAUUAUCUGUUGUGACAUAAUCUGUCUCAGAAUCCUGUGCUGCUACAAGAAAAGGGUUUGAUGUUUUGGUGCUAGUAUUCUUCUCUGUUACUAUUUGGGCCUUCUUUUCUUCUAUUUUUUUUUCAUCGGUCUUAUUUUCUGAAGUAGGAUCUCCUAACAAAGGAAAAAUGUUUGUUGCAAUGCUCUCAGUUGCUGCUGGGUUAAAGGGAGCACAUGUGAUAUAUGCUCCUGAACGAUCCUUUAUACCUUCUGGCGUACUGGGGAAAGAAGUAUCAUCAUUACUACUCUCACUAUCUUUUUCGUGAUUAGUUUGCUCAAGGCUAUCUGCAAAACAUUUUUUAUCCACUUUACUUUCCAAGUUGCUCUCGAUUUUACCUCCAGCAGCCAACAUAUCACUAUCUUCCUUACUAUCUUUCACUUCCCAUACUCGCUCAAAUGGUUUGAAGUCUGCAUAUUCCUCCCUCAUAGGAGCUUCCACUGCAACUCUCUUUUCAUUAAAACUGUCUUUUGCUUUUUCUGAAGACACAACUUCAUCCUCUUUAACCAAUUUAGUAAGAGCUGUAGGUAACUCUUGUUGAUUAUGAAGGAUGUUAUUACUAACUAACUUCUCUUCUUCAUCUUUAUUUUUCACGAUUAUUUCUUCCCUAGGAUUUGCUACUAUUACGGCAGAUUCUGCUUUUGGAGAGACACUGAACGAUGAUCCCAUUUCUGAGUAUUCUAAUUCUGAAAACUCUGUUAAAUCUCUAUCUAUGAGUAGAGUUUUUGCCUUCUCUGAGACCUCUUUAGAAGCUUCACUGACAUUUUCUUGAAGUGUUCCUUCAGUGGGUAAUACUGUUGACAAAUUACCAAGGUAUUCAUGUUCUUUGAAAGAAGCGGCUGAGAGAGGAGACAGAGAAGGAAGAGAAGCAGCAGUUUCAAGCAGGACAGAUGGGAAAUCCUCUUGACCAGCCGAAAUAGUGUUACCUGGCUGCUCCUUCAAGUCCAUAUUUUCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-593.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -638.80
Frequency: 0.0000
Diversity: 598.81
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(...((((((((((((((((((((.((((((..(((......)))(((.(((((..(((((((.........)))))))......))))))))....(((.(((((((((((((((((.((......(((((((((....((((((((((..((((((.((....((((((((.(((.(((((.((((..(((....)))..)))).)).))))))))))))))(((((....))))).......(((((((....)))))))..(((((((((((........))))))....)))))..(((.((((((....))))))))).)).)))))).((((((.((((....)))).)))))).............)))))))))).....((((((((...(((((.....(((.((.....((((.....((((((...((((((((......((((((((......))))..)))).....(.(((....))).)((((((((.((......)).))))))))....((((((...((((((((.......(((((((.((....)).)).)))))..((((((..........................))))))...((((((((...)))))))).......((((......))))...(((((((..((((....(((.....)))....)))).)))))))(((.((((((...)))))).))))))))))).....))))))(((((..(((((..((((((((..............(((((....)))))((((((.(((((..(((..(((((.(((((((.......((((((.((((.((((((((((((...((((((....))))))(((((((((...............))))))))).....(((((((((((((((((.........((((((((((((..((.((.((((....((((((.(((((((.........(((((....)))))....)))))))..))))))...)))).)))))))).))))))))(((((((((((((........))).........)))))))))).......))))))).......)))))))))).....(((((((((.......(((((..((((((((.....((((.((((((...((((.........((((((((((.((((......)))).))))..))).))).........))))..)))))).)))).....)))).))))))))).........)))))))))......((((....))))..((((.....)))).(((((((((..........((.((((.....)))).))(((((((...((......))...)))))))((((....(((.((((((...........)))))...).)))......................))))((((((((((....))))))))))...)))))))))....)))))))))))).....((((((((((...(((((((((((((((.(((...))).))))).........)))))).))))...)))).))))))((.((.((((.......)))).)).))............))))))))))....))))))).)))))..)))...........((((........)))).))))).))))))......))))))))..........................((((....((((..........))))..)))))))))..))))).........))))))))..))))))........)))).......)).)))......))))))))).))))((((((..(((((.............))))).)).))))(((....)))(((...((((((.((((........)))).)).))))...)))............)))).)))))......)).)))))))).)))).((((((((((((((.((((((((.....(((((((....))))...((((.(((.......))).)))).)))...))))..)))).))))))))))..))))...((((((.....)))))).....((((((((((((...)))))).....))))))((((((...........))))))))))).)))..)))))))))))))...)))))))))))))..)(((((((((...((((.(((((..(((((.((((...........)))))))))((((...............))))))))).))))...)))...))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
({{{{{{{{,{{{{{,{{(({,,..||||||,.|((({.....,.,||,|,.....(((((((,......}.)))))))......|(((((.{{{.((((((.((({((.(,((((((((({.....{(({(((({,..,{{{{|,.}|},))),)),..,,...))))}},,.|||||,|||}||,,.,(((,,,.}||,.,,,}.)),,,}})}})))))|{(((((....|||||{..{{..(((((((....)))))))..(((((((((((........)))))}....))))}..(({(((((((....}}|||||||.{{{(((||,.,{,|||,||,,..,.|,||{|||,||{.((((({...}))))).}))}}},...||||||,.||||}}......,}}}{{{.,,.,|||......{((((....(((...)))...))))|(((((......))))),,}},},},}}.|||....,,,..((((((((.((......)).))))))))...(((((((...((((((((......,(((((((.((....)).)).)))))..{((({{....,,,{,......,,,......,,|||}},...((((((((...)))))))}.{((((((((,{..,.{{......}}})},}}))))))}.,||||{{.{{||||,{,.|{,,,,,,))|,,.{|||||,,,,)))}),))})))))))).....)))))))..|||,|||.{..,|{|}}.},,.,,..,))).(((((((....)))))))..,},)))))))|||,,(((((.(((((((.......(((({{{((((.((((((((((((..,((((((....))))))|((((((((,.,..........,,)))))))),,,,,,((((((({(((((((((.........(((((((((((,.{({{((.((((....((((((.(((((((......,..,{{{{....}))}}....)))))))}.))))))...)))).)))))))).))))))))(((((((((((((........))).........)))))))))).......))))))).......))}))))))},.{,.,((((((((......,(((((..((((((((.....((((.((((((...((((...,,....((((((((((.((((......)))).))))..)))},))...},....))))..)))))).)))).....)))).))))))))).,.......)))))))))......((((....))))..((((.....)))).(((((((((..........{{.((((.....)))).))|{{{{{(...{{......)).,,))))))}{{.,....(((.{(((((..,......}.)))))...).)))......,,..................((((((((((....))))))))))...)))))))))....)))))))))))).....((((((((((,..(({{(((((((((((.(({...})).)))))}........}))))).}))}...)))).))))))((,(({((((.......)))).}}.,,....,,,,,...))))))))))....))))))).)))))..}},...........,,,,.,,.....)))}})))))..)))...)))))|(((((({....,.((((({.{{{.,.............(((((((.{{.,.{{...,,((((((((.{(((....,,(({{...,,|||||.,....,||||.,{{{,,,...........(((((((.,......,.)))))))..,{|,,,..,,,,,..,......,}}}})))).})}))},|||}}}})}}||,...|{{|||.((((........}}}|,||,||||.,.}}|.,,,,,.,{{{.{,...{{{{{{{..{((((((((((........))))))))))}.....)))))}}...}}}}.||||}...,,,,...((((.(((.......))).)))).{,.,{,.((({{{....,,)))))),})},}|((((((((...(((((({{(..(((((,,,((((((((...))))))}}.,.,|||||{{,{{|}}||..,....,,}}}|||||,|||,,.}},}}}))}},)))))..))))))))))...)))))))))|}}}||||.,}}})}}}}}}}},,|},}}}})))}}.,,,..,,},..||..}}}}))))).,...)))))))}.}}}}.,,,,}...,,,}))
Back