Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr3_0650800

Sequence Length

528 nt

GC Content

0.4943

GUGUUCCACCAAAUCACGUAACAAUUGAAAAUAAAUUUAGAAAAUGUUGAAUGAGGCUAGGCACAGUGGCUCACACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGAUGGGAGAAUCACCUGAGGUCAGGAGUUUGAGAUCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCUGUCGCUACUAAAAAUAUAAGAAUUAGCCAGGUGUGGCUGGGUGCAGUAGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGCGGGCAGAUCACGAGGUCAGGAGAUCGAGACCAUCCUGGCUAACACGGUGAAACCCUGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAUUAGCCAGGUGUGGUGGCAGGCACCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUUGCUUGAACCCAGGAGGCGGAGGUUGCAGUGAGCCGAGAUCACGCCACUACACUCUAGCCUGGGCGACAGAGCGAGACUCCAUCUCAAAAAAAAAAAAAAGAGAAAACGUUGAAUGAUAGUUCCCUUAAAAUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-169.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -178.74

Frequency: 0.0000

Diversity: 100.37

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((((.(((...................((((((......))))))..((((((((((((((.....)).))))..((((((....)))))).)))((((((((.(..(((((((.((((((((((((..((((..(((((((....(.((((....(((((((((((.............(((((((....)))))))....))))))...(((((....((((((....)))))).....)))))))))).)))).)))))))).)))).))))..))))))))..)).)))))..)))))))))...................))))).))).))))))..)))))((((.(((.(((((........))))).))).((((..((((((...((((((....((((..((.((((.((.........)))))).))))))..)))))).....))))))..)))).((((..............)))).......((((....)))).......))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((({((((({..(({..(((((.((..,......,}},...,.)))))..}}}(((((,,,,,,,||}},.,||{{||,..((((({....}))))).|,,((((((((.(..(((((((.(((((((({,((..((((..(((((((....(.((((...,(((((((((((.............{|{{{((,,,,||||||}....}})))).,,||||||...((((({....}))))).....}))))))}}}.)))).)))))))).))))..)),..))))))))..)).)))))..)))))))))..,,...............}}},)}))))))))))..}))))((((.(((.(((((........))))).))).((((..((((((...((((((.,,.(((({{,(,,(((,{,.....,},)))}))),).))))..)))))).....))))))..)))).((((..............)))).......(({{....)))).......))))