Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr4_0635500

Sequence Length

878 nt

GC Content

0.3428

GUGGUAUCAGUCCAAAGAUCACACAGCUCAAGUCAGGCAGCCGUCUUCACAUAGGACUUGCUUGGUCAUCUCUCCUUCCUUUCUCCCUCUUUUUCUGAUAAAUGGUAAUCUCCCUGUUCAUUUAGUUCAUUUUGGCCUAGUGGUUAUAACGGUGCUCGCUGUUGCCAUCCUAAAGUAUUGCACUAUUCCGUGUGUUUUUCCUAACCCGGUCUAAACCUUCGUAAUUAGUCCCUUUAUAAAGUCUCCUCCAACUACCAAAUUUGUGUGCACUGUUUGUUUUCAGCAGGAGUUAUAAUUGAUAUGAUGUAAGUACAUAUCAAAGUAUUUACAGAAAAGCAAAAUUCCAAAUAUUGAGAUGUUUUCUCUGUAUUGGCCCCAAUCAUUGGAAUGUUUUGUGCAUACAACUUUAUAAUAAUCACUGACACCUAUAUUAUUUUCAUACUUUGAUUUGCUCAAUGAAUGCUAGUUAUAAAAAACAAGAUCAUUUAAAAUACUUCCUUGCCUUUAUUAUUCUCAGGUGAAAUGGAGAUAUGAAUUUAUAAUAAAGAGUGACAAGUUAGUGGAAUUGUAAAAUAACAUUAUACUCAAAAAAGAAGAAUAGAGAUUGUAAAGAAAUGAGAUUGAGUCCGUAAGUAAUGUAUAACUGUCUCAGUAUUUCAUUGUCAUACCUUAUAAGUAAGCAGGGAAGUACAAAUAGAUGUGUACUUAUUAAUUUAGUCUUUCAGUCACUCAUUGAGUCAAUCAAUUCUUGAGGCCAAUUGUUUUUGAAGGCACUGAUUGUGCUAGAUACUGUGGAUGUUACAAAGGUGAAUAAAAUGUCUUAAUCUGAGGAAGAAUUUACAAUCUACACAGGCAUGAAAAAACAAGGAAGAGUGUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-176.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -195.04

Frequency: 0.0000

Diversity: 197.23

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((........))).))..........((((((((..(((((.....))))))))))))).)))(((.((((((((......((....((((.......(((((((.(((...(((((.(((((((((((((....)))).(((((((....))))))).(((((...((((((((((...((.((((.(((..........(((((............(((((....(((((((((...................(((((((((((((.(....)))))((((((....(((......(((((((((........)))))))))......))))))))).(((((.((((.....)))).)))))....((((...))))........)))))))))))))))))).....)))))...............((....((((((.(((((((((.((((((...((((....(((((((((((...((((((((((((((((((((((((..........)))).........))))))))).(((((.((((((((..(((....)))..))))).)))............................((((((((((((.(.((............)).).))))..))))))))))))).............)))))))))))....)))))).)).))).....))))..))...)).)).))))))))).))))))....)))))))..........))).)))).))..))))..))))))..))))).....))))))))).)))))..........))).)))..))))........))))...))......))))))).).).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((({,(((........))).,),}..{,,..,{(((((({..(((((.....)))))}))))))}.}..,,{{{(((((((......((....(({(,,....,(,{{{{{.{{{,..(((((.(((((((((((((....)))}.(((((((....))))))).(((((...((((((((((.,.{(.({((,(({.....|||..(({{{........,,..(((((.,.,(((((((((..................,((((((((({{{{{(....}))))((((((....(((......(((((((((........)))))))))......))))))))).(((((.((((.....)))).))))).,..(((,...})))...,....)))))))))))))))))}.....}}}}}..............,((....((((((.(((((((((.(((({(,,.,{{,.,{.(({,,((((((...(((((((((((((((((({(((({........},)))}.........})}}}}}}}.(((((,{,,(((((..(((....)))..))))).}||{..............,,,..,.,.....{(((((((((((.(.((.{,,......,.)).).))))},}))))})))))))...,.....,,..)))))))))))....)))))).}}.))).,,..}})),.,,...)).)).))))))))).))))))....)))))}}....,},..,))),)})),)),,))))..))))))..))))).....})))))))).))))).....,,..,))).)))..}}}}........})))...))......)))))))}),).,}