Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_chr5_0439600
Sequence Length
1484 nt
GC Content
0.4535
GAGUUCGAGACUUCAGUGAGCUGUGACUGCACCACUACACUUCAACCUGAGUGAAGAGGAAGACUCUGUCUAAAAACAAACAAUUAUAGUACGUUUAGCAGUUGGUUGACUUACAUCAUCCUACAAAUACCUUUUAUGAGGCAGUAACAAGAGAAGUCACAGAGCAGCACCAGUCUGCCUACCACACUUUGAGUAGUAUAAAAGCAGAGCGUCCCACCAGAUGUUGGUGUUAGUUCUCAGGGAGAAUGCACAGUGCAUGAGUGGCCUGAGGGAGGCCCCGAUUCUGUUGCCUGCAGCUGCAAUAUCCCUUAUUCAAGGCUCCAAUCUCUCAGCUUACACAGCAAGCUACUGCACAAAUAUCACUUUCCGUGUUAGCAGAGACAUGGAAGAAUUGGAAAGCAACAGCUCACAACUUUGGGGCUACCAAACGAACCACCACAGUAGGUGAAUUAGAAAAAAGUCUUCUUACAUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGACGGAGUCUUGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGUGAUCUCGGCUAGCUGCAAGCUCCACCUCCCGGGUUCACGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGAGCCCGCCACCACGCCCGGCUAAUUUUUUUGUGUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCGUGUUAGCCAGGAUGGUCUCGAUCUCCUGACCUCGUGAUCUGCCCGGCUUGGCCUCCCAAAGCGCUGGGAUUACAGGCUUGAGCCACUGCGUCUGGCCUCUUCUUCCAUCUUUUAAGGGAGAACUGUAAGGAAACUUUUUCCUAUAUCAGUCUUGCUCUGGGUAAAGAAGAGAAAAGACUUUCCUGACAGUUCUUAGGCACAAGACAUGGUGAAACCCUGUCUCCACUAAAAAAUACAAAAAUUAGCCAGGUGUGGGUAAAGAAGAGAAAAUACUUUCCUGACAGUUCUUAGGCACAAGACAGUCUUCCCCUAGGUUUGGACUCUAGAAUUCACAUUAUCUGACCAGGCAAAUUCCCAACCAAGAAGUUAGUUUAAUUCAGACUGACUAUCUAUUAUCUGAAAUGCAUGGGACCAGAAGUUUCCGAUUUUGGAAUAUUUGCAUUACACUUACCUGUUGAGCAAGCCUAACCCGAAAAUACUUAACCUCUGUAACUCAAGGCUGACAGUGCUUCCAGGUCACACAAAACACAUAUUCUUCUGUAAAUGCUGCAAAUAACAUUCCAACAAACAGGAAACCUCAAUCAAAAAAAUCUUAAGAGGCCAGGCGCAGUAGCUCAUGCUUGUAAUCCUGGCAUUUUGGGAGGUCAAAGGGGGAGAAUCACUUGAGGCUAGGAGUUUGACACUAGGCUGGGUAAUAAAGGGAGGCCCUGCCUUUAAAAAAAAAUUUUUUUUUGUUUUAAUUAGCCAGGUAUGGUGGGGUCCUGAAGGCUGAGGCAGGAGGACUGCUUGAACCCAGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-546.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -569.11
Frequency: 0.0000
Diversity: 249.89
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.....(((.(((((((.(((((.((.(((.(((((.(((((((.((((.((((((((.(((((((((((((((((.((((...........)))).(((((.((.(((......))).))........((((....))))........(((((((((..((((((((((((.(((((((((((.....)).)))).......)))))(((((......)))))))))))).))))).(((((...(((((((.(((.(((((((((.....)))))...))))...))))))....))))...))))).......))))....))))).(((((.......))))))))))...........((((((((((......))))))))))..(((...(((....)))..))).(((((.....))))).....((((......))))((..(((((((((...........)))))))))..))...........))))).)))))))))))).)))).)))).)))).))))))).))))).))).)).))))).)))).))))))..)((((.(((((((.((..(((((((((((((((((((((......))))....(((((.(((((((....(((.((((((((........(((((..(((((.(((((((((.((.(((((.((((..((((.((((.((((((.(((((((((((.(((...((((((((((((((.(((((((((((((((.(((((.(((((((((((((((((.((((.........))))(((((((.((((((((((((((((((((((((((.((((.........))))..))))))..(((((......)))))....(((((.(((...))).)))))..........................))))))))..)))))).........)))))).)))))))(((((...((((...))))..)))))((((((..((.(((..........)))))))))))....(((((..((((((((((((((.....))))))))).)))...........))..)))))...((.((((((....(((((((((((((((((((...(((((..((((((((((..............................))))).....))))).))))).....................)))))....))))))))...))))))......)))))).))...............))))))))))))))))).))))).))))))))))))))).))))))))))))))..))).)).)))))..)))).)))))).)))).))))..)))).)))))..))))))))))).)))))..)))))...............)))))))).))).))))))).))))).)))))))))))))))))..)).))))))).))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(.,...(((.(((((((.(((((.((.{((.(((((.(((((((.((((.((((((((.(((((((((((({((((.{{{........{,.,{{{|.{,,{{{{{,((((({.,.{{..,.{{{.....((((....))))..}}}....}}}}})))}.{(((((((((((.((((((((({(.....}}.)))).......)))))(((((......)))))))))))).))))|{(((,,..{((((,,,,|||},,,,,,|||},,{,,||||{{{|,,|{{{|||,||,...})))...,,|||,.,,,||}}{((((,{,{{{..(((.,,,,.|,||||...,}}...........||{{{||||{,,,.,,))}))))))).,))))}.,}}}}}}),,.......}))))))).))}}},,..,((((......)))),{..(((((((((...........)))))))))..},........,,.})))).)))))))))))).)))).)))).)))).))))))).))))).))}.)).))))).)))).)))))),.)((((.(((((((.((..(((((((((((((((((((({......)))),...(((((.(((((((....(((.((((((((........{{{{{..(((((.(((((((((.((.(((((.((((..((((.((((.((((((.(((((((((((.(((...((((((((((((((.(((((((((((((((.(((((.(((((((((((((((((.,(((,........|||{(((((((.((((((((((((((((((((((((((.((((.........))))..))))))..(((((......)))))....(((((.(((...))).)))))...,,,,............,},,...)))))))).,}})))).,.......)))))).)))))))||(((,..,,{,..,))),.,)})}}|{{{||,.,{.{{{..........}}}},|||}||,..,(({{,..,,((((((((((((.....))))))))).))).......,,,.)),.)))}}...((.((((((..{{((((((((((((((,,,,,...(((((..((((((((((.....,,...,,,.........},,...,.))))).....))))).)))))............,........)))},....)))))))}..,)))))).,},..)))))).))...............})))))))))))))))).))))).))))))))))))))).))))))))))))))..))).)),,))))..)))).)))))).)))).))))..)))).)))))..))))))))))).))))).,|||||,.....,,.......)))))))).))).))))))).))))).}))))))))))))))))..)).))))))).))))
Back