Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr6_0278700

Sequence Length

1093 nt

GC Content

0.4263

CCACCGCGCCCAGCCAGCAUCUUACAUAACUAGAGCAUUUGUCAAAACUAAGAAAUUAACAUUGGUACAUUAUUAUUAAUUGAACACUAGACUUCUUUCAGAUUUUGCCAGUUUUUUCUUUUUUUCCCCUUAUCAGAAUGGCCACUCCGUAGGCAGAGCAGCCCGGUUUUUUCACUAAUGUACUUUUUCCAGGUUACCACAUUGGAUUUAGAUGGGGUGGGUUUUUCUAUCCGCGUUUGUGUAGAACUUUACAGCUUUACAGUUCAGUCCUUUCACACACAUAUGGUAAUUUAGAUGGAAAAUAAUCUUAGGCAUUGGUCUUAUUAGACGCAUCUGCUCCAUGAAGCUUACGCGUUGGCAGGGAUGCUGCUUUGCAUGUGUGAGGCCACAAGAAACUUGGGCAUAGAAAUCCCAUGCGAAUUGUCAGUCACUGCUUCUAUUUUCCAUUAUUUGUUCAUCUUAAUUCCCUAAGAUGUUUUGCUCUCACUCUGCUGUCUCGUUCUUUUGCCUGGACCUGAGUGGAAAAUUAGGAUAUGUUGUUGCUGAUUUUUAAGUCUAGGAGAGAAAGUCACCCUCACUGUGAGGAAGAAUGUAUUCCUAUACAUCACCCUCCAGGAUCUAGGUGUGAGGCAUGACCAGUCUUCCAACUUUAUUGCCUAGACGAGACAUGUUGCCUGAAUAAACACGUGUCUUACUCUUCAGAUAGGUUUGAAAAUCUCUGUGGCCUGCUCUCCUGUCUCUGCCCUGCCGUAAGUGGAGACAGAUGGACAAAACUAAGAGAUGGAGAGGGCGGGCAGGGAAUUAGGCAGAGCAGGCUGCAUGUUGAGUGGCUUCAUGUCAGGUGGGCUACCUGGUCAAAAGAGCAUUAGCAGGGAGGCCUUAGAUGCCUCUGGAUUUAUUAUCUUGUGGCUUCUCAGCUUACACCUGUUAAUGUUAGUUGACCUGAGCUUUCUCAUGGGUGACCAGUAGUAGCUUCUAUUUGUGCAUUCAAAUAAUCUCCCCUCUUUCUAACUAAAACACUUUUUUUGAUUUUCUUAACAUUUUCUGACCUACAGAACGCCACUGCCCUACCUUUCCAUAUAGAAGACAGAAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-293.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -316.53

Frequency: 0.0000

Diversity: 354.09

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((..(((((.....((((((((..(((((((.......(((..((((((.....(((((((....(((.......(((........))).....)))..)))))))..))))))..))).((((..........((((..((((((((.((((((....((((..(.((((((((...(((((((((((((((....((((((((((((((((((....))))))).))))))....(((((.((......)).)))))))))).............))))))))....))))))).........))))))))...)..))))....))))))......))))))).).))))))))....)))))))..))))))))(((.((((...)))))))...((((......(((...((.....)).)))......)))).......(((((..(((((((((((.(((.((...)))))(((((....((((.((......))..))))..)))))(((((((((.(........).)))))))))..(((((((....(((((((((((..(((.((((..((.(((((....)))))))..))))))).....))).)))((((.......))))....)))))....)))))))(((((((((.............)))))))))......((.(.(((((....))))).).))((((((((((((((((((....((((((..((....))..)))).))......)))))))).)))))))))))))))))))))..))))))))))..)).)).)))).(((.((((((((((((.....((((((...(((((((((((((((((...(((.(((.(.((((.....)))).).))).)))..)))).).))))))))))))..)))))).(((((..((..(((....)))..)).))))).((((((......))))))................................................(((((.....))))).......)))).))))............))))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

{((({(((..{{({{.{{.{(({,{,,,..,||||{,.,,,,..,{{..((((((..,,.{{(((((.,,,{.....,,,{{{{.....,....}.,},}},,..))))))),.))))))..}},.,,,,.....,..,,((((..,(((((((.((((((,..,((({..,.((((((((.{{(((((((((((((((.,,{{,,...{(((((((((((....))))))).))))|{(({,(((({..{,,{.,.,,.}))}.,}}.,...,}}}},,,..))))))))....))))))).......||})})))||,,....)))).,,.}))))}......}}}}}}).|.}))}|}))|||,}}}}}})|.}}}}}}||(((.((((...})))))),{.,,,..,,}},||||,..{,{{{{.,{,||||||||||||{,,....,{,,({{((((,,,,,,|}|||}|....{|.,,{{{,{.|,.((({.((,,....}|..))))..}))))|||||{{||,|...,,.,,},)))))}})}..{({((((.{{,{{{(((((({(,.(((.((((..(,{(((((....)))))))..)))))))},...})),)}|((((.......}}}},...})))}.}},)))))))(((((((({,,..........,)))))))))....,{(({{.,,||}}}},.,}}},}}}}|||{{{{({{((((((((,,..,{{{|{..||,,,,)),,)))).))...,..)))}||||,||||}}||||||||},}||||,{|||}||||}},.|||{|.||}|,{((,(({{((({((((,....((((((...(((((((((((((((((.{.(((.(((.(.((((.....)))).).))).))).})))).).))))))))))))..)))))).{((||..||},|||,,.,)))},}),))))}.((((((......))))))...................,,,........,,}},.............{((((.....))))}..},.,})))).})))|||,,,...,,,))))))}.