Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr6_0687100

Sequence Length

1456 nt

GC Content

0.3819

UUUAAGAUCUGGCUAAGCAUUAAGAUUUAGUAAAGUGAGUUACUGAACAAGAUUUUCUUUUAAACUUUACUGAUAUUUAUCAUGAGUACAGAGAUUUAGUAAAGUGAGUUACUGAACAAGAUUUUCUUUUAAACUUUACUGAUAUUUAUCAUGAUUGACCUGGACCCAUAAUUAAUAGUACUUAAUAUACAUUUAAAUCAGAGAAGACUGACAACUUUUUCUAGUUACUGCAGGAAUUUCUUUUUUCUAAAACUUUGGAUUACUGUUUGUCUUAAGAUUAGAAAUUAAACGCAAUGUCACUGAAGUGAGGAAAAAAUUAAUUUACUAGCUCAUAUAAUAUUAAUAACUAAAAAAGACCAGAAUGAUAUACAACUAUAGUCCUGAACUGAGAAAAUCAUACACACCAAAGGCUCUAGUCUUACCCUCCUCAUUUAUCCCAUGAACCCUUGCUGCUAAUGUAACGUGAGUAGUUGGAGGAAAAAUUUUUAGUUCACGCGUUCAGAGAAACUUUAAGUUCUGGAAUACAGGAACAACUAUAACAAAAGACUGGACACAGCAGCAACUGAGAGGCUUGCCUCUUUGGAGAUCCUUCCACUCCAAAUUAUCCUUCCUCCGAAUCACCUGUACUUCCCUGCCUGUUUUUUGAGACCAGGUCUUGUUCUAUCGCCCAGGCUGUAGUGCUGUGGCAUGAUCACGGCUCACUGCAGCCUCAAUCUCCUGGGCUCAAGUGAUCCUCUCACCUCAGUCUUCCAAAAUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACUACACCUGGCCAUUUCCCCAUACUUAUUAUCUACCUGAAAUCUUAUUUACUUAAGGCACAUCCAUACAGUAUCAUAAGUUAGUUCAUAUUGUUUUCUUUAGCAGCUAACUGAGCUCUCCUAUAUUGAAGGAAUAGGUUUGAGUGAAGAUGCAAAGUGUACUCACAGAAAUAUGAGAACAUCAGCUACUUGAGAAAGAGGACUGGAGAACUAAGAGGGAAUGAAAAUGAAGUGGUAAGGCAUUCCCAAAACAAAACUCUGAAUUUGACAGUGGUCUUUCCUGCACAGUAUCCUGUUCCUAGAAUAUAAAGUAACAUUACAGUUUUACUGUGAAUUUAAAAAAUACUUUUUGUAACUAGUCUGGGAAUUUAACCUCCAUUAAUAACCUAGAAAAAUAUGCCUGAAGGCAUCCUUGUAUAUUAAUGAGUUGACUGAUGGCUGGCAGCCCAUAGGUAACUUGAGGACAGGGGCUGGACAUCAGAAAGGCCAAAGCAUGACUACAAGGUUGAGACUUUUAUCCCCACCUGUCCCCCCAACCUCUGGAGAGCAGAGAGGGGCUGAAGACUAAGUUGAUCACCAAUGGCCAAUUACGUAAUCAAUCAUGCCUAGGUAAUGAAACUUUCAUAAAAAUCCAAAGGACUAGGUUCAGGAAUUUCUGGAGAGCCGAACGUGCAUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-334.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -367.02

Frequency: 0.0000

Diversity: 423.43

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((....(((.((((((........))))))...((((((((.((((.((..((((((((...((((((.(((((((.(((((((..........((((((((((........(((.......)))......))))))))))......)))))))...((((.(......(((((......)))))...........((((......)))).((((......))))..).)))).........(((((((..(((.((((........)))).))).)))))))........))))))).))))))))))))))..))..)))).)))))))).......................((((((........((((.(((((((((((((((((..............(((((....)))))..(((((((((.......))))......((((((.(((...))).)))))).))))).....)))))))))).((.((((((((.........(((((........)))))...............(((....)))(((...)))(((((....)))))((((.((((((((((((.((..((((((((((((((.....((((((..((((.((..(((((..(((((.((((.....((..(.(((((((((((((((((((((.....)))))))..))))))))).........)))))...)..)).......))))..)))))..))))))).)))).)))))).(((.((((.......)))))))......................((((..(((((.((((((.((.....)).)).))))..)))))....))))....(((((((((..((((...((..((((.(((((.........)))))...))))..))..))...((((.((((........)))).))))........))..))))))))))))))......))))).))))...)).))))).)))).))).)))).......)))))))).))....(((((((((.((..((((.((((((((((((.(((.((((((...(((((((...)))))))..........)))))).)))..))))((((((...((((......))))...))))))..(((((((...((((...)))))))))))...(((((..(((..((((...))))..)))..)))))..))))))))))))..))...)))))))))..((((((.....((((.(.((......)).).))))....((((...(((((.....))))).)))).(((..((..(((((.(((....))).)))))..))..))).)))))).......(((((...)))))..........))))))))))).......)))))))))...)))(........)

Thermodynamic Ensemble Prediction

({,....{{,((((..,.....,{,,(((((({{(({{{{{{.{{{{..,,.,{|||{|,...||||||}|||,{||,{((((((.,,..,{,,,((((((((((,,,.....,{,..,,...}}},,....))))))))))..}},.))))))},,,..{{.........{{{{..,,,.,}},,.,....,,,..{{((,{{,,.|||,.,{{{...,,.}))}.{{.|||{{{{{{{{...,((((...((({(((({.......||||,|}|,||||||{{{{{.....,|,|||{,,,,)))),),,,,..))}}))),})))})),}....,,,,,...........,|.|{|,..{{{{...{((((.(((((.(((((((((({..............(((((....)))))..(((((((((.......})))......((((((.(((...))).)))))).))))).....})))))))))}.,.((((((((.........((((((.....)})))}).............,.(((....)))|{{...}}}(((((....))))){(((.((((((((((((.{{..{({(({((({{{,......((((((..((((.((..(((((..(((((.((({...{.,{....(((((((((((((((((((({.....}))))))..))))))))),.......,)))))...}|,||......,)))}..)))))..))))})).)))).)))))).{((.((((.......))))))}................,,....,||..,((({{.(((({{,({,...,||.|,,||||,.}}}}|{{(((((.,...((({{{{{{,,|||.{|.{|||||{{,{{{||,||,..}}},}})||||}})|||}},|{{...{{{|.((({......,.)))).})})}}),},.}})..})))))))),}},)}}}}},)))))},}))...)).))))).)))).))).)))}.......)))))))).}|.,..(((((((((.((..((((.{(((((((((((.{((.((((((...(((((((...)))))))..........}))))).)))..))))((((((...((({......})))...))))))..,,,(((({..,,||}},,}}}}}}}}}}...(((((,.((,,{((((...)))),})}),))))))..)))))))}))))..))...)))))))))..{|,,{{,....{{||,{.|,......}}.,.}}))}}}.((((...(((((.....))))).)))).,,,.))}}}}||||}|||....})).},|||,,,|,.,||.,.,})}.},,)},|{((,...,)))}...}}}}}}})),,.)))),,.}))}}}))))).))))))}},,,,},...,)