Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr6_0688500

Sequence Length

1234 nt

GC Content

0.2950

GUAUAGUAUUAUUGUACUUUCAUAUUAUCUACAGCAACUGUGACUGCUCACUUGAUAAAAAUUUGCCUUAAAAAUAUGUCUAGCCCUUUAAAAUAAUAAUGUACCUAUGUUAAAUUUAACACCGUUGAAAAUUUCAAAAACUGUUACAUUUCACUUAAGGUGAUGUAUUUUGAAUAAUACAAUUCUGACCUGUAAUAUGCAAACUUUGCGGGUUCAGAAGAGGAAAAACUCCUACUUUUUAGUGAUGAAACUUUAGCAAAUUUAGGCUGUAGAAGAUAUCUCAAGACAAUAGGCUGGGGAAAAGUAUACCAUGAAAAAAAUAUAUUUUAUGAUUUUUUAAUACUUAGACAUUACAUUCCGUAUCAAAAUUUACCAACAUGCUAUUCUAUAAAUUCAUGUCUUUUUACCAUAGUUUGAUUUUUUUUGUUUCAUGCUAAAAAGCCCACUCUCAUAAUUACCUUUAGUAUACAUUACCUGGAAUAUAAAAAUUUCAUUAAAUGUUGGCAAACUCUUCCCCAUGACAUGUAAAACAAUUAGAAAUGUCUAGUUAUAAAUUUUCUUAAGCUAAUGAGCAAAAGAAAAGCCCCAAUACAUUGGCAUUUUCACUUAACAGUGGCUCAUAGUUACAAUGAUCAGAAAUAAACCUACUUGCUACUGUGCUAUAUAGGGCAGUUUUGCCAAGUGCCCACCUUUAAGAGCUAGGUCAAUUUCUAAGAAAACUGUAUGGAAACAUUCAGUUGUUAACAAAAAUUUAAUAUUAAAAUUACUCAGUUAUUUAAAUUAUUGUUAAUUUAGGAAAAAGAAAACCCAUGUAUUAAUCACCCAUAAAAUAACUUUUAUUUUAAUAAAUAACAGUGGGCUCACCAAAGGGCAGGGAUUUUAACGUGUCAGGUUUUAUGCUUAUUGGUAGUAAGUCUUAAACAGGUGAAAUGAACUAUUCAAUAAAACCCAAAAGGCCCUAAAAAUAAAAUACUUUAAUAAUAAAAAUUAAAAAGAAAUUUCCAAAAGAAAAUAGUUCACUCCUUGACCAUGCUUAUUUAUUCAGAGUACCAGCGAUUUCAGUAAGUGCUUCAUUUUUCCUGCAAAUCUGAUGUUGCACAGGGAAUGUACACAUUUUCAUACCAUCACAAUAUCAUCAAUAUCUCAGGCCAAUAAUAUUGUGAAUGCAACUGUUUUAUAACAAACACAAAAUAAAAAAAAACAAUGUUACUAUUUACGGCAAACAGAAACAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-225.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -251.79

Frequency: 0.0000

Diversity: 290.62

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((...)))))))(((....(((((...((((........)))).....)))))...((((((.(((((((((((......................(((((..((.((((.(((((...(((((...)))))....))))).)))).))...)))))..(((((((((((((.....(((((((((((((..........))))))).)))))).((((.....)))).(((((((((.(((((((......(((.((((((((((((((((((........(((((..((.((((((((((....(((((((.(((.....)))..)))))))))))))..........))))(((........)))...))..)))))..........)))))))))....))))))))).)))....))))))))))))))))..............((((...((((((....((((((((.........))).....(((((((.((.((((.(((..((...........(((((((....)))))))......((((((..(((....)))..))))))(((((.(((((((.((..(((((.....((((((((...(((.....................)))...))))))))........(((((.((.....)).)))))((((.........))))...(((((((...(((((.(((....))).)))))((((((((.(((((((....................))))))).)))))))))))))))...))))))).)))))))................(((.((((((....)))))).))))))))...))..))).)))).)))))))))..)))))..))))))....))))((((((......((((.((..(((((((((.........((....)).................((((((.......))))))..................))))))))).)))))).....)))))))))))))))))))..(((((.((((....(((............)))...)))).)))))...(((((((....)))))))......(((((((((.....................))))))))).......((((....))))..................)).)))))....)))).))))))........)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((...)))))))(((....(((((...((((........)))).....))))}...{(((((.{{({{{{,{{{....{,,,..............(((((,.((.((((.(((((...(((({...}))))....))))).)))).)).,.}))))..(((((((((((({.....(((((((((((((..,....,..)))))))}}))))).((((.....)))).(((((((((.(((((((...,,.(((.((((((((((((((((((,,,.,,..,{{{{.,|{||({{{((({{..{((((((........})))))).,,}|||,||||,}.{,.....,.,,,.|||........}}),..,},}}}}}),,........)))))))))....))))))))),))},...))))))))))))))))............,,((((..{((((((.,..{{{((({({...,,,|||||,....||{{{{{..,....,,.,||.,|||||{|,,...(((((((....))))))).....{((((((..(((....)))..))))))}((((.(((((({.((..{((((.....{{{(((((,..{||||,........,,,,{{..{{|||...||}}}}}}........(((((.({.....)).))))){{,,....,,}.,))))..,|||||,,...(((((.(((....))).)))))((((((((.(((((((.,...............,,.))))))).)))))))),}}}}},...))))}})}))))))}.....,,,.,,,,,,,{{{.{|||||,...}}}}}}.}))}}},,..,,...)))).)))})))).,}}}})))))}..}))))},}..))))||((({......((((.((..(((((((({........,(,....)).................{(({,(.......)))),}..,....{{{.....}},))))))))).)))))).....))))}}}))))))))))))..(((((.((((....(((............)))...)))).)))))...(((((((....)))))))....,,(((((((((.,,...............,,.))))))))).}}....(((({...,,,},,,,..............,,,.}}}}....}})).)))))}........)))