Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_chr9_0415600
Sequence Length
2958 nt
GC Content
0.4151
AAUUACAGGCAUAAGCCACUGUACUUGGCCUGAAAUUAUUUUUUAAAUACAUUGAUAUAGAACUGCUUGAGUUCAUGAGUUUGAUACUAGCCAAGGCAACACAGACUCCUGCAAGGAGGGAUGGAAGGAUGGAAGGUAGGUAGGUAGGUAGGAAGGUAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGGUGGAAGGGGGGAAGCGGGGAAGGAGGGAAGGGGGGAAAGGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGGGAGAGAAGAGGUACACUACAAAAAAUAAUGUCAGAAUCAUAGUAAUUUUCACAUUAUCUCUAUGAAAUGGAAAACUUCUCUCUGCUUUUCUCUUUCCUCUCUUCAGGAUACUGGUGAGAAGAACAGAAUUGUUAAGAUAUAAGACAGUUGCUCCUUCCCCUAUGAUCAUCACAUAUCUGGCAGAUCCCAAGACAGGCCCCACUCCUUGCAGUUGCUUUUUACAACUCUGAAGCUAAGCUUCAGGAAAGUCCUAAAAAAAAUCUCAGCAGAACUGCCAGCAGCCAGCAGCCCCUCUUUCACCCAAGCUGUCAAAGGGCCUGCUGGUAAACAUACUUACCUGACAUUCUAAUAAUUCCGCUUCAACCCAAAUCCUUUGCAAAAAUCCUCAAUUACACUCCACUAGCAAAAAAGCUUAUGAAAGAUAUACUCUAUAGGAAUGAUUUUUCAAGUGGCUCCAGCUUGAAUGCAAACUCUGCUCCACACUUACGACAACUUACUAUCCAGCAAGGCCAACUGAUCAAGCUAAGAACAAAAACCAAAACAAAUAAAAAAUAGGUAGGUAGUUUGCCUACAUAGCUGCUUUUAUAUAAAGCGAACGUAAUAGAUUUUGACAGUAAAAUUAAGUGCCCAUUUUGUCGCCCAGAUAGUUUAAAUGGACUAUGUUUUUGAUUGUUUGCAUUCUGUUCCUAUUCACCGGUAUAUAUACUGAUGAGAAAAUUAUAUGAACAGCCACCAUACAGUCCCAGUAAGAAUAGGAAGAACAGGUCAAAUAAAACACCAUACCCCCUGCAGAAUUUAUCUAGCAUACUUGCGAUUAAGAAAAACUAUGGUGAUUUUACAUGGUCUGUUAACUUUUAUUUAUUUGGGGUUUAUUAGUCUAAAUAGAACCAAGGUAAACAUAUCAACUUUUUCCUCAAAGUAAUAACAGUACCCAUCCUAACAGAUACUCAAUCUCCAAUUCACUGGUUAUCCCCUAUAAUGUGUGGUGUUUUUUUUUGUUUUUUUUUUUUUGUUUUUGAGACAGAGUCUCACUGUCACCCAGGCCGGAGUGCCAUGGCAUGAUCUCGGCUCACAGCAACCUCCGCCUCCCAGGUUCAAGCAAUUCUCUGCCCCGGCCUCCAAGUAGCUGGGACUACAGGCACAUGCCACCAUACCCAGCUAAUUUUUUUGUAUUUUGAGUAGAGACAGGGUUUCACUAUGAUGGCCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGACCUCGUGAUCUGCUCGCCUCGGCCUCCAAAAGUGCUGGGAUUACAGAUGUGAGCCACGGUGCCCGGCCCCCCUAUAAUGUGUUUUUAUAACAAUAAAUCUGUCUGAUUUAUGACAUGGAUCAGCUUGUAAUCCUUAAACAUGUCUCUAAACAACCAAUCCAAAUACAUACUGUGACUAGAUUCCUACUGUCAAAGGGUAAAAGUAAAGGAUUCAACAGUGUAGUCAGUAGUGGGAUUUCAGUCAUGAAGAUUUGACGAUUUCUCUAAGACGCCCACUAAUGCCAGCAGAAGCAUGUGAGAGAUCAAAUACCCUAGGAAAGAAAACCCUCUCCCUGGUAAGAGGGGAAGAAGCUGGGUUACUAUGUAUUCCUAAAACCUUAAGAACAAAGGAAUAUCAGAACAAUGAUAUUUUAACCAGAACAGGGUGGUAAGGACUAAUCACACACAUAACGUUGGUCUUAUACUGUGACCGCCCUCCCUGGUGAGACACAGUAAAAUUUAGGGGUCAAUAAAGUCAUUUUAUUCUUUCUUUUUGUUACCUUCUAUUUUCUUUUUCUUCCCAAGGUGUGUACUUCAGGGUUUAGGACCUAAUAAAUUAGCAGAGGUGUACGUGCCAACACUCUUCGUUGCCAUCUUUCUAUCUUUGACAAUAGUAAGUUUGAAACUUACUUUACAGAAACCUGGUCCUAAAUAUAAAAAAUACUAAGCAGUUUCAGCUUGUGGAAGACAGAAUUAUACUUGGUUUUUACCAAUUUACUAUGUGGCAUAUGACAAGAAACUUUACCUAGAAUAAUACUGAAUCCCUGGGAUUUUUUUAUUUGAGACAGAGCAUCACUCUGUCACACAGGCUAGAGUGCAAUGGUACAAUCUCGGCUCACUGCAGCCUCCACUUCCCCCAGUUCUCGUGCCUCAGCGUCCCGAGUAGCUGGAACUACAGGCACACACCACCAUGCCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUAUUAGAGAUGGAGUUUUACCAUGUUGGCCAGGGUGGUCUCGAACUACUAAUGUCAAGUGAUCUGCCCACCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUAUGAGCCACCACACCCGGCCUGAAUCCCUGGGAUUUAAAAAUAUGGUCUCCAAUUUAGCCUCAGCAUUAAGGAAGUAUCAUCUAAGAAAUUUGCAGGAUGAUAUUCAUCUGAAAAGGGACUAAUAUUCAGACAAUACAAGGAAUCUAAACAACUCAACAGCCAAAAUAUAAAUAAUCCCAUUAAAAAGUAUGCAAACAGCUGGGCAUAGUAGCUCACACCUGUAAUCCCUGAGAUUUGGGACACUGAGGUAGGAGGACAGCUUGAGGCCAGGAGUUCCAGACCAACCUGGGCAACAUUGCAAGACCCCAUCUCUUAAAAAAAAAAUUUUUUUUUUUCUUUAAAUUAGCCAGGCAUGGUGGGGCUCAUGCCUAUAGUCCCAGCUGCUCAGGAGGCUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-865.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -919.09
Frequency: 0.0000
Diversity: 692.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((((.((((........))))))))).))))......................(((((.....)))))..(((((((......((....))....)))))))..(((..(((((.(((..(((((((.(((..((((.(((((((((((((((((((((((((((((......(((((((....(((..((((((((...((..((((((((((..((((((((.((((((((.....(((((((.(((((.(((((((((((.....)).......(((((((.(((((.......))))).))))))).(((((...)))))...))))))))).))))).)))))))((((.((((....)))).)))).......(((((((.........)))))))..)))))))).((((.......))))...(((...((....))...))))).))))))((((((((((((((..((((((((((...)))))))...)))..)))))........))))..)))))..((.....))..))))))))))..)).(((.(((....)))..)))(((((......)))))...............))))))))..)))..))))))).......))))...........((..(((......)))..))..(((.....)))...(((((((((((....(((((((((((......))(((((((((((...(((((..((((...............((((............((((((((((((..((((((((.(((((....(((((((...)))))))...((((..(((((((((.......(.((((((....((((((((((.(((((..((((((((((.....))))....))))))))).)).)))).)))))).....)))))).)...(((.(((((....))))).))).....)))))))))))))(((((((((...(((((..((((.(((..(((((((((..((((((((((((.....((((((.....))).)))..((((....))))......))))))).)))))..))))))))).(((.(((((..(((((((((((((......)))))).....((((....))))........)))))))..))))).)))....(((......)))........))).))))))))).............)))))))))))))).))))))))....)))))))))))).(((((.......))))).....))))((((.(((..((((.((.....(((....(.(((((.........)))))).))).....))))))..)))))))...((((((((......(((....)))......))))))))......))))....))))).))).))))))))((((.((..((((((((.((((.(((..........))).)))).....)))).))))..))..))))(((......))).)).)))))))((((((((((.(((((......((((.....))))(((((((.....)))))))((((((.....................))))))...........(((((...(((..((((..(((.((.(((((((.............)))..)))).))...))).))))..)))...)))))...((((........))))((((((((..............((((........))))..))))))))...((((...(((.((......)).)))..))))..))))).....)))))).)))).((.(((((((((.((((.......))))(((((((......)))))))...((((........)))).(((((((((............))))))))).(((((((.(((((......)))).).)))))))...)))))))))))..)))))))))))..))))))))))..)))))))))...((((...((((((((((.((...(((....(((((((((((......(((..((((((((...(((.((((.......)))).))).....))))))))..)))((((((((...))))))))............))))))))...........)))....)))..)).)))).)))))).))))......(((((....))))).......(((........)))........))))))((((((....((((((...))))))..))))))..(((((((.....))))))).....(((((((((((....))))..))).))))..)))).)))))))..))).))).))))).)))((((((.(((.((((((((((.((((.(((((....((((((((((..((((((((.............((((((((.(((((.(.((((((.(((((.((((((.(((((.((..(.((((((..(((.((.(((((((..(((((((...(.((((((((((((.(((((.((....((((((.(((((((...)))))))..(((((((((.((..((((((((........))).((((((((((............))))))))))...)))))..)))))).)))))............(((.................................)))(((........)))......))))))....)).))))).)))))))))))).)...)))))))..))))))).)).)))..)))))).)..)).))))).)))))).))))).)))))).).))))).))))))))..((((((((....))))))))....))))))))..))))))))))......))))).)))).)))))))))).))).))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(((.(((((.((((........))))))))).)))}......................(((((.....)))))..(((((((......((....))....)))))))..(({,.(((((.(((..(({((({,(((..((((.(((((((((((((((,((((((((((((({{((,,(((((((,,,.(((..((((((((,..((,,((((((((({..,(((((((,(((({(({,,..{(((((((.(((((.(((((((((.,.....,}.,.....(((((((.(((((.......))))).))))))).{{{{{...})))}...))))))))).))))).)))))))|(((.{(((....)))}.))),.......(((((((.........))))))).})))))))).|.,({,,..,.|,.,..|||,.,,||||..,,..,})))).))))))((((((((((((((..((((((((((...)))))))...}))..)))))........}))}..)))))..,,.,||.))..)))))))))),,)).{((,(((....))|||)))(({{,......}}}))...,.,,,,.....,})))))))..)))..}})}}}}.,.....}}}}...........{{..(((......)))..||,,(({,....|||...|||{|{||||||||,((({{{{{{({|||,..||{,,{{{{|{{{...,,,,,..,,,...........}},..||||...||,,,.}},|{((((((((((..((((((((.(((((,...(((((({...)))))))...((((..(((((((({,{.,,,.{.{(({((....(((((({(((...{{{,.((((((((((.....)))),...})))))})}.},.}))}.)))))).....)))))),,,.{(((.(((((....))))).))),....}))))))))))))(((((((((...(((((..((((.(({.{(((((((((..((((((((((((.....{(((((.....))).))|..{{||,...}}})......))))))).)))))..))))))))}.{({.{{{((,,(((((({{,,,,,,.|,,,}}}))}.....{{{{....,,,..|||{,..}}}}))),,})))}.}}).....,,......||}......})))).))))))))).............)))))))))})))),)))))))}....))))))))))}{{(((,,.}}}}}.}}})),....||||(({({(((.,(((,.{{....,(({....{,{{{{{..,,.....})))}..,||,....,,)))}..}}}}},},,,((((((((......(((....)))......)))))))).,....,}}}....}||||,||},|}|||||}{{,,.{(,.((((({{{.||||.|{,......}}}})}),},)),}}},}||}.}))}..,,..)),)|||}}....}}}.}},))))))}|||}}}}})))((((({,,.((((((({.......(((((((.....))))))){((((({.{{(({{{.,..{{{{,...}}||||,,,...,....{{(((...{{(.(((({({(({,({.{{{{{({.,,....,,,...})),.,))),)}...}})|},}}|,,|||||||}},,,.((((........))))||{{{{{{...,,..,.,}},.{{{{........))))}}})))))))...,,,{,,{(({.((.....,|||||},,}},,.})))),.,.)})))))},,.))}}}}.{{{|{{,..{{{{.......,}}|(((((((......))))))),..(((((...((((((((.{((((((((............))))))))}......,.))))))))..))))))))))))).,,.....)))))),....,}}}}},)))).)))))))))))).)))))))))...{{((...((((((((((.((.,.(((....,((((((((((......,,{.,((((((((.,.(((.((((.......)))).))).....))))))))..,},((((((((...))))))))....,,....,,))))))))))..........}}..,.)))..)).)))).)))))).)))}......(((((....)))))....,,.(((........))),}......)))))){(((((....((((((...))))))..)))))}..(((((((.....))))))).,...(((((((((((....))))..))).))))..)))).))))))),,))).))).})))).)))((((((.(((.((((((((((.((((.(((((..,.((((((((((..((((((((........,,,..((((((((.(((((.(.((((((.(((((.((((((.(((((.((..{.((((((..(((.((.(((((((..(((((((...{.((((((((((((.(((((.((....((((((.((,,,,,.,{|||||,,...,{{({((({{,..,{((((((........,}|,((((((((((............))))))))))..,|}|||..})).))},,.}}.})},.......{,..................,,,...........,}}}}}}.......,........,.))))))....)).))))).)))))))))))).}...)))))))..))))))).)).)))..)))))).}..)).))))).)))))).))))).)))))).).))))).)))))))),|||{(((((,...,))))))}....))))))))..))))))))))......))))).)))).)))))))))).))).))))))
Back