Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr9_0416300

Sequence Length

1732 nt

GC Content

0.4752

GUUCAAGGGAUUCUCUGCAACCUCCGCUUCCCAGGUUCAAGCGAUUCUCCAGCCUCAGCCUCCCCAGUAGCUGAGAUUACAGGUGUUCGCCACCACACCCAGCUAAUUUUUACUAUUUUUAGUACAGAUGCGGUUUCACCAUGUUAUUCAGGCUGGUCUUGAACUCCUGACCUUAAAUGACCCUCCUGCCUUGCCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCACACACGGCCAAAGAAAGAUUUCUUUCUUUUGUUUUUUUUUGAGACAGAGUUUCACUCUUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGUGCGAUCUUGGCUACUGCAACCUCCACUUCCCAGGUUGAAGCAAUUCUAGUGUCUCAGCCUCUUGAGUAGCUGGGAUUACAGGCACAUGCCACAAUGCCCGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCAUCAUGUUGAUCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGACCUCAGGUGAUCCGCCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUAUGAGCCACCACGCCCAGCCCCAAAUAUAGCUUUCUAACAAUGAAUACAAAGAAGUAAAACUAUAGGGUCAAAGAAAUGUCUACCAGUGUUAAAAGGAGUUUAAAACCAUCUCCACAAAAAUGCUCUGCACAAAGGCUAUAAAGAUAUAUACUCAACGAGCAGUAAAUAAGAGAACCUGCCUCCUCAAAACCUUUCCCAAAACGGGCAUAAUGAACUUUUUAAAAAAGCUUUUAAAACUUUUUAAUUACUUAAAAUGGUCUAUAUUUGGUGUAAUUUUUAUUUCUUAGCUCACUAUUAAGACUGCAAAACCUCAUUUCUACAAAAAAACAGAAAAACUAGCCAAGUGUGGUGGUAAGUGCUGUAGUCCCAGCUACCCCAGAGGCUAAGGUGGGAGGAUCACCUUAGCCCGAGGAGGUCAAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUGGCGCCACUGCACUCCAGCCUGUGUGACAGAACAACCUGGUCACAAAAAAAGGAAAAAAAAAGGCUGGGCGCAGUGGCUCACGCCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGCGGGUGGAUCACGAGGUCAGGAGAUCGAGACCAUCCUGGCUAACACGGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAAAUACAAAAAAUUAGCCGAGCGUGGUGGCGGGCACCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGACAAUGGCGUGAACCUGGCAGGCGGAGCUUGCAGUGAGCCGAGAUAGCGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCAAAAGAGCGAGAUUCUGUCUCCAAAAAAAAAAAUAGGGAAAAAAAAAGUAAAUUUUAAGGCUGGGCACGGUGACUCACGCCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGUCAGGAGGAGACCAGCCUGGGCAACAUAGUGAGACCCCCAUCUCUGUAAAACAUUUAAAAAUCAGACACUUCUUGCAUCACCUUUUUCUUAAAUCCCAUUGAAAACAACAGUCGGGCAUGGUAGCUCAGGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGCAGGCGGAUCACUUGAGGUCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCGUCUACACUAAAAAUACAAAAAUUAGCAGUGCGUGGUGGCACGAGCCUGAAAUCCCAACUACUCAGGAGGUUGAGGCACAAGAAUCAUUUGAACCCGAGAGGCGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-919.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -944.91

Frequency: 0.0000

Diversity: 157.40

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((..((((...))))..)))(((((((((.(.((((((((.((((((...((((((((((((..(((((.((.((((.(((((....((((((((.(.(.((((((((((..((((((((((..(((((.((((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((.((.(((((((((.((((((((((((((((((((((((((.(((((.((((....((((.((((((((....))))))))((((((((((((((((((((((((.(((((.((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((.((((.(((.(((((((.(.((.(((....(((((((((((((((((((((((((((((((((....((((((.((((.(((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((.(((((.(((((.(((((((...(((((((((((..(((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((((.((((.((((((((..(((((((((((...(((((.(((((.................)).))).))))).)).........(((..(((((.(((....((((...........))))..........((((((((.(((((.......(((.((((........)))).)))....(((((((((((((.........(((.....)))...........((((((((....))))))))..((((((....)))))).(((((.....(((((...................)))))...)))))...........(((((..........)))))...........(.(((.((((...((((......))))))))))).)(((((((((((.....))))))))))).))))))))..)))))((((((.((((...))))..)))))).....))))).)))).))))..)))))))).))).................)))))))))..)))))))).)))).))))))))))))))))))))))).))).))))))))))))))))))))))...))))))).))))).))))).)))))))))).))))))))))..))))))).)))))))))))).)))).))))))....)))))))))))))))))))))))))))))))))....))).)).).))))))).))).)))).))))))).))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))...)))))))))))((((((.((((((.........(((((((...(..(((((((.(((.....((((((....))))))))))))))))...)....)))))))..((((...((((...........((((................))))))))..)))).....)))))).))...)))).............))))....)))).))))).)))))))))))))))))))))))))).))))))))).)).))).)))))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))).)))))..)))))))))).)))))))))).).).))))))))....))))).)))).)).)))))..))))))))))))...)))))).)))))))).).)))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((,.((((...)))),.)))(((((((((.(.((((((((.((((((...((((((((((((..(((((.((.((((.(((((....((((((((.(.{.((((((((((..((((((((((..(((((.((((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((((.(((.((.(((((((((.((((((((((((((((((((((((((.(((((.((((..,.((((.((((((((....)))))))),|((((((((((((((((((((((.(((((.((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((.((((.(((.(((((((.{.((.,{{....(((((((((((((((((((((((((((((((((..{.((((((.((((.(((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((.(((((.(((((.(((((((.,.(((((((((((..(((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((((.((((.((((((((..(((((((((,{...{(({(,((({{......,....,...,.,),,...}}}}}.}|.....,...,{|,,(((((.(({....((((...........)))).......,{.((((((((.(((((.......{{{.((((,.....,.)))).}},....{((((((((((((.........(((.....)))...........{(((((({....}))))))}{.{{{{({....}}))}}.}},{{(((((((((,...,{,,,...{(((((.......,})))).,,..........{{{{{..........))))),,...)))))))))||.(({{...((((......))))}))})),,.(((((((((((.....))))))))))),)))))))}..))))}((((((.((({...})))..)))))).....))))).)))).)))).,)))))))).,},.......,.........)))))))))..)))))))).)))).))))))))))))))))))))))).))).)))))))))))))))))))))).,.))))))).))))).))))).)))))))))).)))))))))))}}}}))))))))))))))))).)))).)))))).,..)))))))))))))))))))))))))))))))))....,},.)).}.))))))).))).)))).))))))),})))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))).))))))))},,,,((((,{.{(((((.........(((((((...(..(((((((.(((,....{(((({....})))))))))))))))...}....))))))){{((({...((((...........((((................))))))))..)))).,,..}))))).}}...)))).,{,.........)))).,..)))).))))).)))))))))))))))))))))))))).})))))))).)).))).)))))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))).)))))..)))))))))).)))))))))).).).))))))))....))))).)))).)).)))))..))))))))))))...)))))).)))))))).).)))))))))