Basic Information
Symbol
CMTM7
RNA class
mRNA
Alias
CKLF Like MARVEL Transmembrane Domain Containing 7
CKLFSF7
CKLF-Like MARVEL Transmembrane Domain-Containing Protein 7
Chemokine-Like Factor Superfamily Member 7
Chemokine-Like Factor Super Family 7
Chemokine-Like Factor Superfamily 7
FLJ30992
CKLF-Like MARVEL Transmembrane Domain Containing 7
Location (GRCh38)
3:32391686-32483067
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
Sudden death from CNS diseases
MANE select
Transcript ID
NM_138410.4
Sequence length
1856.0 nt
GC content
0.5490
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-687.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-718.59 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
466.83
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AUCUGGCCCCUGGGCAGCUGCCCGGGGAGGCGGCCAGCGAGCUGGGGCC… | 1856 nt | 0.5490 | |
| AUCUGGCCCCUGGGCAGCUGCCCGGGGAGGCGGCCAGCGAGCUGGGGCC… | 1757 nt | 0.5492 |
Summary
This gene belongs to the chemokine-like factor gene superfamily, a novel family that is similar to the chemokine and transmembrane 4 superfamilies. This gene is one of several chemokine-like factor genes located in a cluster on chromosome 3. This gene acts as a tumor suppressor that regulates G1/S transition in the cell cycle, and epidermal growth factor receptor/protein kinase B signaling during tumor pathogenesis. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Feb 2016]
Forensic Context
A study in mouse primary cortical astrocytes demonstrated that brief ethanol exposure significantly activated the CMTM7 alongside numerous other inflammatory-immune response genes, as part of a broad transcriptional response mediated by heat shock factor 1 (HSF1) via the heat shock pathway [Pignataro et al. DOI:10.1002/Brb3.125].