Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_138410.4
Sequence Length
1856 nt
GC Content
0.5490
AUCUGGCCCCUGGGCAGCUGCCCGGGGAGGCGGCCAGCGAGCUGGGGCCGCGCAAUGUCGCACGGAGCCGGGCUCGUCCGCACCACGUGCAGCAGCGGCAGCGCGCUCGGACCCGGGGCCGGCGCGGCCCAGCCCAGCGCGAGCCCCUUGGAGGGGCUGCUGGACCUCAGCUACCCCCGCACCCACGCGGCCCUGCUGAAAGUGGCGCAAAUGGUCACCCUGCUGAUUGCCUUCAUCUGUGUGCGGAGCUCCCUGUGGACCAACUACAGCGCCUACAGCUACUUUGAAGUGGUCACCAUUUGCGACUUGAUAAUGAUCCUCGCCUUUUACCUGGUCCACCUCUUCCGCUUCUACCGCGUGCUCACCUGUAUCAGCUGGCCCCUGUCGGAACUUCUGCACUAUUUAAUCGGUACCCUGCUCCUCCUCAUCGCCUCCAUUGUGGCAGCUUCCAAGAGUUACAACCAGAGCGGACUGGUAGCCGGAGCGAUCUUUGGUUUCAUGGCCACCUUCCUCUGCAUGGCAAGCAUAUGGCUGUCCUAUAAGAUCUCGUGUGUAACCCAGUCCACAGAUGCAGCCGUCUGAUGAGGCCACAACCCCUAGGCCCCUCAGGAGCUUUGCAGAGAGGAGGACGUGUACUCCAGGCGAGGCCUCUGGACCUGUGUUCCUGUGCCAAAGUCCUGUCAGGCUGGUGGGCACCAGGAAAGGCCUGCACCCUCUUCCUGCUCUCCCAGGAAGCCAGCUCCCUGAGCUCCUGAGCCAGCCGGAAACUCUUCCUCCAGCCUUCCGGGGAGAACAUCCCUCCCAUUCUGGGAAAGGAAAGCAGCCUCCAGGGAAAUGUUUUCUGCCUUCCUGCUUCUAGAACCACCUCAGGUACUGAUGAACCCCACUUAGCACAGCUGAAGGGGUUUGUGAAUACUCCCGCCUAAAUCCCUUCUACUUCACUCCUCAGGGGAGUGAAGUGCCUUAAGAAACAAAGCCCUGUCCUAAUUUAUCUAGCUUGUCAGUCCGGUCUUAGAGAUACCCUCUUUCCUGAAGUGAGGCGUGCCUGUAGAAACACUAUGUGGUCAGCCUGUCCCCAAGGAGAUCUUGUGUCUCCUCUCCAUCUCUGCCUUUGUUACCAGUGUGCAUGUGUUUGUGUGUUUUUUAAUAAAAUAUUGACUCGGCCAGUUGCACAAGGAUUUCUUAUUGAACCAGAUGAAGGCUGUAAAACCUGGCCUGAAACAGUUUCCAUUCGAGCUUGUGUCUGGCCCAUGGCCCUCCACCCGUGCUCUGUGUGUGCCCCUUGCUGAACUGCUGGACUUCAGGUUUUCUCUCCAUCUUGGGGGAUAGUAUAGCAGGGCAGAGUUUUAGGUAAACAUGUGCAGGUUCUCAAUUAUAUUCACGUCCUCCUUCUCCUGCAAUACCAAUCUUCUCAUUUUGGAAAGAGCUUUAGAGCAAGCUAAGGGUUGUGUUUACACUAUGAUGAUUAAUGAUCUCGGCCUAAAUGUGCUGUUUCGCUGAUCUUGAGCUGCUCAGUUGGCUAGAAAAAGGAGGGAUGGAACAAUGUUUGAGCAACCCCGUGUGCAAGGACCUACAUUCACAACCACAUCUAAUAGCGAUGGUAGUGACUGCAAGGGGGCAGGUUAUAGGACCACAUUUUUAGAAAUGAAAUCGGGGCUCCAUCCCCAGGCACAGGGCAAGCCAGUGAGGAGCUGGGCUCAGGAUCUAGGUCUGCCUGACUCCCAGCCCCAUCCUUGCCUCUGCUGAGUGUUGCCGGAAAUGGAAGCAGCCCCUGUGGGCUUUGAGCUGGAGCUCUGGGGCUACUCUUGUGGCUGCUGGCCAGCUCGGGGCAUCGGGUUCUGUCUGGGAUGAUCUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-687.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -718.59
Frequency: 0.0000
Diversity: 466.83
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((((((....))))))))(((.((((((((((((.((.(((.((......)).)))..)).))))).(((((((((.(((..((((((((((((((((.((.....((((((...))))))..)).))))))(((((((...)))))))........(((((.....((((......))))....)))))..(((((.......))))).)))))).))))...))).)).))))))).......((((((((.....(((.......)))......((((((...))))))((((...(((....))).))))........))))))))......(((.......)))(((......)))...))))))))))))))))..........(((((...(((.((((((((((........(((........(((((((..(((((((..(..((((((((((((((..(((((((.((....(((((....)))))...))))))....)))..((((((((..(((......))).))))))))...))))))).((((((....))))))....((((..........)))).((((((((((..((((.(((((((..(((((....((((...))))..((.(((...((((((((((..((((......))))....)))).))))))))))))))))))))))))))).....((((.((....)).))))))))))))))((((((((((....))))....((.((((.((((.....))))(((((...)))))..)))).))(((((.(((((...(((((((....((((.((...(((.(((......))).)))........(((((((((.....(((((((((((((........)))..)))))))))).(((((((((((...)))))))))))((((((......((((...((((((((...(((..(((....)))..))).)))).))))....)))).......))))))((((((...........(((((((((((((((((((.(((((((.....))))))).....((.(((((.((((((..((((((..((((..((((((((((.....)))))))......((((((..(((((((...(((..((.(((........((((((.......))))))........))).))..))))))))))))))))(((((........)))))(((((........((((((((...(((((..(((((((............)))))))..))))))))))))))))))....((((.....(((((((((((((((.(((.(((.((((((((((...........((((..........))))....((((...(((((.(((.(((((((((..........(((........))).(((((.....).))))...))).)))))).))))))))....)))).....))))).))))))))..))).))))).))))...))))))...)))))))..))))..)))).))..)))))).))))).))......)))))))))))....))))))))(((((....)))))..((((......)))))))))).(((((((...(((.((.((((((.(((((...........)))))..))))))))))).))))))).)))))))))..)).))))..)))))))..))))).)))))..).))))).))))))).)..))))))).))))))))))......))))))..)))).)))....)))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((((((((((....))))))))(((.((((((({,((({(({((((((...({(.(.(((..((((((.(((((((.,{.......|..))))..})).))))))..)))}|)},.)))))))))})){{{{{,,.(((((((...)))))))))}}}...(((((.....((((......))))....)))))..({{{((({{{((({.{{{..{{,,...}}{{{{{.,|{{{,((({,{,...{{((((,,,..}}}}}}|}}.,.,,)}}....,}|}},))}.}))))))|||,...{{{....}}}.,,||{.......,)))}}}}......|||.......))}{((......))},,.)))))))))))))))}..........,,{{{...(((.(((({(((((........(((........(((((((..(((((((..,..((((((((((((((..(((((((.((....{(({{....}))}}...}}}}}},...))}..((((((((,,(({......))),})))))))...))))))).((((((....))))))..,.((((..........)))).((((((((((..((((.(((((((..(((({.,{(((((.,,|||,,,}),|||...((((((((((..(({(,.....))))....))))}})))))}})},)))))))))))))))).....((((.((....)).))))))))))))))((((({((((....}))),,,,((.(((({((((.....))))|((({...})))}..))}}.||(((((.(((((...(((((((,...{(((.((,{{{((.(((......))).))}..,.....(((((((((.....(((((((((((((........)))..)))))))))).(((((((((((...)))))))))))(((({,......,,{({,,{(,,,,.,...,,{..{{|,.,,|,|,.||,.,,({((.,,..}}))..,}.,...))))))((({{{{,,,.....,.(((((((((((((((((((.(((((((.....)))))))...,,((.(((((.((((((..((((((..((((..((((,(((((,,,,,|,,,))),|,...((((((..(((((((...{((..{{.{{{.,.,.,..((((({.......,)))))..,.,.}.})}.}}..}}}))))))))))))){{(((........}}}})|{{,{..,.{{{((,,(((((...(((((..(((((((............)))))))..)))))))))))))))}))},.,||||...,.{((((((((((((((.(((.(((.((((((((((.{,,,{{....{{{{.,,,.,....,})).,,,|{{{...((((,,(((.(((((((((....|}}...{{,,{,,...,))).{((({.....}.))))...})}.)))))}.)))))))).,,,})),,),..))))))))))))))..))).))))).))))...)))))),)}))}))))..))))..)))).))..)))))).))))).)).,,...)))))))))))....)))))))){{{{{....)}}},..((((......)))))))))).(((((((...(((.((.((((((.(((((...........)))))..))))))))))).))))))).)))))))))..)).))))..)))))))..))))).)))))..}.))))).))))))).,..))))))).)))))))))).},...))))))..)))).)))...,)))))......
Back