Basic Information

Symbol
COPS3
RNA class
mRNA
Alias
COP9 Signalosome Subunit 3 SGN3 CSN3 JAB1-Containing Signalosome Subunit 3 COP9 Signalosome Complex Subunit 3 Signalosome Subunit 3 COP9 (Constitutive Photomorphogenic, Arabidopsis, Homolog) Subunit 3 COP9 Constitutive Photomorphogenic Homolog Subunit 3 (Arabidopsis) COP9 Constitutive Photomorphogenic Homolog Subunit 3 COP9 Complex Subunit 3
Location (GRCh38)
17:17246616-17281303
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003653.4
Sequence length
1814.0 nt
GC content
0.4168

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-472.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -510.11 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 502.59
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((.((((((((((.((.(.((.((((.........)))).))))).)))))))...)))...((((((.((((((((((.((......)))))..)))....)))).))))))..((((((((.(((((((.....)).))))).((..((..(((.((((...........(((.((((((((((((((((((((...(((((((.((.(((((((....((((((....(((.............))).....))))))))))))).)).((((......((((((((((((((((((((.((((((.((((((((.(((((((.....))).....((((.((...)).)))).(((((...((((..((........))....)))).........))))).((((((((.......)))))..)))..))))..))))).))).))))))........)))))).......(((.((((........))))..)))..(((((((...))))...)))....((.((.((((((......)))))))).))..))))))...))))))))((((((..(((.....(((((((((((.((....)).))))))))).))...)))..))))))))))..((((....((((((..(((((((.((.(((((((.......(((((((((((((..((((((...((((((((..(((.........(((((((((.(((.(((((....(((((....)))))))).)).))).)))))))))........((((((.........(((((...))))).........))))))..........(((((((((.(((........................))))))))..))))((((((...))))))...)))..))))))))((((((....((((....(.((((((((((....(((.....)))(((((((.....)).)))))....((.((((.......)))).))...(((((((((((((.((((..(((....))))))).)).......))))))))))).))))).))))).)...))))..(((((...(((..((....(((((.......)))))....)))))...)))))......))))))..(((.(((........((((..(((((......)))))...))))))))))))))))..)))))))..)))))).(((...)))......))))))).)).))))))).))))))....))))....((((((((...(((......))).))))))))....)))))))))))))))....(((((..........))))).......)).)))))))))))))..)))).)))..))..)))))))))).(((((((....(((((........)))))....)))))))((((...(((....((((((...))))))..))).....)))).((((((((..........)))))))).(.((((......)))).)((((((.(((....))).).)))))...............)))))))...........(((((((((..((..((((((((..(((((((((.........((((.....))))..(((......)))))))))))).((((((.((((((...(((((...((((((((........(((....)))........))))))))...)).....)))...)))))).))))))...))))))))..)).)))).)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((((((((((((((((.((.(.((.((({..,...,..)))).))})).))))))}...))),..,(((((,{(((,........{(((((((({...{{{{({{{.{{,|||||..........}}}}},})}.}}},......|||{(((((,..,,|||....,}......}))),}}}))))))))))))))))))...((((({.((((.......)))),)))))).))))))))|((((((,,,(((((((..(((((((((((((..........,.(((((((({{(((({(((((.((((((.((((((((.{{((|||||...{,,....||{,..,,....,,||((,((((({{.((({.,((........))..,}))))..,,.....})))).,||||||{...||||}}|||.,|||.,}}}}..})))).))).)))))}.......,|||}}},,,.....,,.||||.....,,.))}).,}}}|}|,|{||,...})))..,))}.,}}|{.{{(((((((......))))))),.)),.}})))}...)))))))).}.((((((((...{{{(.......}))}.....))))))))})))}......})))))))){{{|||||,,|{,..((((((..(((((((.((.(((((((.......(((((((((((((..((((((...{(((((((..(((.........(((((((((.(((.({(((....(((((....)))))))).)).))).)))))))))........((((((,{{....{{((,,({..,,,,)},)}}..}})))))).,..,.....((((((((,,(((........................))))))))..})))((((({...})))))...)))..)))))))}((((((....{{,,.{((((((((,((((,....((({{...,..(((((((.....)).))))).....}}|,||.,...}})),)}))}},|((((((((((((.((((..(((....))))))).)).......))))))))))}.,||||{|||,,.||,,}}}},,|||||.,,||{.,((....(((((.......)))))....}))),.....,........))))))..(({{((,..,,,,..{(((..{{{{{,,,...)))))..,))))}}}))}))))))..)))))))..)))))).,,....}||....,,))))))).)).))))))).))))))....{({(((..((((((,..((((.{.(((((..(((((((((,.....{{{{,{((((.(({,..{((((..........)))))))))).}}.{{{||,{((((((({((((.(.(((((.,{{...((((((....(((((({{....|},})))))....)))))))))..))))).).)))}..|{(({{,...,}))})}}},..{((((((..((((((((,,,.......})))}))}.,.((((......)))).){|{{{{.{({....))).},}}))).}}}}}}|{,{{{{{{.,.)}}}))}}..,,.,}))}}))))...)}))}.,{{{...,,,)}|{{{,,.......((((.....))))..,||,,,.,}})))}))))))))))..))))).}.))))..)))))},,||||||........({{...,|||....|||,},,,,}},.....,,,,..)))..))))))}..............)))}}},,...)))))).

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001199125.1 NCBI
GAGUCCGUUCUGGGUGUCUUGGCUCUAUGGCUCGCCUCUGCCAGCUCCU… 1818 nt 0.4153
NM_001316354.2 NCBI
AGAGCGGCAGCCUUUUCCCGCGCGUGCUGCCUUCGCCGCUCGGGCCGCC… 1901 nt 0.4156
NM_001316355.2 NCBI
AGAGCGGCAGCCUUUUCCCGCGCGUGCUGCCUUCGCCGCUCGGGCCGCC… 1640 nt 0.4146
NM_001316356.2 NCBI
AGAGCGGCAGCCUUUUCCCGCGCGUGCUGCCUUCGCCGCUCGGGCCGCC… 1684 nt 0.4103
NM_001316357.2 NCBI
AGAGCGGCAGCCUUUUCCCGCGCGUGCUGCCUUCGCCGCUCGGGCCGCC… 1764 nt 0.4161
NM_001316358.2 NCBI
AGAGCGGCAGCCUUUUCCCGCGCGUGCUGCCUUCGCCGCUCGGGCCGCC… 1634 nt 0.4094
NM_003653.4 NCBI
AGAGCGGCAGCCUUUUCCCGCGCGUGCUGCCUUCGCCGCUCGGGCCGCC… 1814 nt 0.4168
Summary

The protein encoded by this gene possesses kinase activity that phosphorylates regulators involved in signal transduction. It phosphorylates I kappa-Balpha, p105, and c-Jun. It acts as a docking site for complex-mediated phosphorylation. The gene is located within the Smith-Magenis syndrome region on chromosome 17. Several transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2015]

Forensic Context

A longitudinal mRNA expression analysis in post-mortem human blood samples demonstrated that the COPS3 is involved in nucleotide-excision repair and DNA damage recognition and shows an up-regulated expression pattern after death, with pathway analysis suggesting active processes promoting DNA damage repair are a source of early postmortem gene expression changes [Antiga et al. DOI:10.1038/s41598-021-96095-z].