Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001316357.2

Sequence Length

1764 nt

GC Content

0.4161

AGAGCGGCAGCCUUUUCCCGCGCGUGCUGCCUUCGCCGCUCGGGCCGCCCGGGGGAAAACAUGGCGUCUGCCCUGGAGCAGUUCGUGAACAGUGUCCGACAGCUCUCAGCUCAAGGGCAAAUGACACAGCUUUGUGAACUGAUCAACAAGAGUGGGGAACUCCUUGCGAAGAACUUAUCCCAUCUGGACACUGUGCUCGGGGCUCUGGAUGUACAAGAACACUCCUUGGGCGUCCUUGCUGUUUUGUUUGUGAAGUUUUCUAUGCCCAGUGUUCCUGACUUCGAAACGCUAUUCUCACAGGUUCAGCUCUUCAUCAGCACUUGUAAUGGGGAGCACAUUCGAUAUGCAACAGACACUUCCCCUGCGAGGAAUUGGCAUCCUUAAGCAAGCCAUAGACAAGAUGCAGAUGAAUACAAACCAGCUGACCUCAAUACAUGCUGAUCUCUGCCAGCUUUGUUUGCUAGCAAAAUGCUUUAAGCCUGCCCUUCCAUAUCUUGACGUGGAUAUGAUGGAUAUCUGUAAAGAGAAUGGAGCCUAUGAUGCAAAACACUUUUUAUGUUACUAUUAUUAUGGAGGGAUGAUCUAUACUGGGCUGAAGAACUUUGAAAGAGCUCUCUACUUUUAUGAACAGGCUAUAACUACUCCUGCCAUGGCGGUCAGUCAUAUCAUGUUGGAAUCAUAUAAAAAGUAUAUUUUAGUGUCUUUGAUAUUACUUGGCAAAGUACAACAGCUACCAAAAUAUACAUCUCAAAUUGUGGGUAGAUUCAUUAAGCCUCUUAGCAAUGCAUACCACGAGUUAGCACAAGUGUAUUCAACCAACAACCCCUCAGAACUCCGAAACCUGGUGAAUAAGCACAGUGAAACCUUCACUCGCGAUAACAACAUGGGGCUGGUGAAGCAAUGCUUGUCAUCUCUUUAUAAGAAGAAUAUUCAGAGGCUAACAAAGACCUUUUUAACUCUAUCAUUACAAGAUAUGGCAAGUCGUGUGCAGUUGUCUGGACCUCAGGAGGCAGAGAAAUACGUUCUGCACAUGAUAGAAGAUGGUGAGAUUUUUGCAAGUAUUAACCAGAAGGACGGUAUGGUCAGUUUCCAUGAUAACCCUGAAAAAUAUAAUAACCCAGCCAUGCUUCAUAACAUUGAUCAGGAGAUGCUGAAGUGCAUUGAGCUGGAUGAGCGGCUGAAAGCCAUGGACCAGGAGAUCACAGUGAACCCUCAGUUUGUACAAAAGAGUAUGGGCUCACAAGAAGAUGAUUCAGGAAACAAACCAUCCAGUUAUUCUUGAAACUAACAUCCAUCCUGAGCUAAACAAGAGAAACUACCAUCUUGGCCAGUGACAAGUGUUCGGAGGGCAGCAGAGAGGACCAAGCCUGUGUCACCUGGAGACUAAGAAAUUAAGUUUUGUUUUGACAUCUUCAGUCCUGUGUGCUUUCAGAAAACCAUUUUCUCUGCAAAGAAAGGAAACAGAUUUGCAAACUUUAAAGUCUGUCGUGGAUUUAUUUAUCCUCAGAUUAUUGUUACUGCAUUAAAUCUACCUUUUUGUUUUAAGUUGCUUGAACAUUAAUGUGUCUUCUGUAUCACUUUUUUCUCCUCUGAAGUUUUUAAUAAGCACAUUCAUUGUGAACAGAAAUAGCUGGAUUUUAGGAAUUUUUGGAAGAUUUGGAUCUGAAAGGUUUUUAUUUAUUGACAAAUUUGUAUCUACAAAAAAAUCUAAAAGUUGUAAUCAUUGUCUUCAGAAAAUAAAAGAAAAGAAAGGCCAGACAGACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-461.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -496.67

Frequency: 0.0000

Diversity: 460.87

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((((.((((((((((.((.(.((.((((.........)))).))))).)))))))...)))...((((((.((((((((((.((......)))))..)))....)))).))))))..((((((((.(((((((.....)).))))).((..((..(((.((((...........(((.((((((((((((((((((((...(((((((.((.(((((((....((((((....(((.............))).....))))))))))))).)).((((......((((((((((((((((((((.((((((.((((((((.(((((((((..((((....((((...((....))...))))..))))..)).))).........))))..))))).))).))))))........)))))).......(((.((((........))))..)))..(((((((...))))...)))....((.((.((((((......)))))))).))..))))))...))))))))((((((..(((.....(((((((((((.((....)).))))))))).))...)))..))))))))))..((((....((((((..(((((((.((.(((((((.......(((((((((((((..((((((...((((((((..(((.........(((((((((.(((.(((((....(((((....)))))))).)).))).)))))))))........((((((.........(((((...))))).........))))))..........(((((((((.(((........................))))))))..))))((((((...))))))...)))..))))))))((((((....((((....(.((((((((((....(((.....)))(((((((.....)).)))))....((.((((.......)))).))...(((((((((((((.((((..(((....))))))).)).......))))))))))).))))).))))).)...))))..(((((...(((..((....(((((.......)))))....)))))...)))))......))))))..(((.(((........((((..(((((......)))))...))))))))))))))))..)))))))..)))))).(((...)))......))))))).)).))))))).))))))....))))....((((((((...(((......))).))))))))....)))))))))))))))....(((((..........))))).......)).)))))))))))))..)))).)))..))..)))))))))).(((((((....(((((........)))))....)))))))((((...(((....((((((...))))))..))).....)))).((((((((..........)))))))).(.((((......)))).)((((((.(((....))).).)))))...............)))))))...........(((((((((..((..((((((((..(((((((((.........((((.....))))..(((......)))))))))))).((((((.((((((...(((((...((((((((........(((....)))........))))))))...)).....)))...)))))).))))))...))))))))..)).)))).)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

,((((((((((((((((((.((.(.((.((({..,...,..)))).))})).))))))}...))),..,(((((,{(((,........{(((((((({...{{{{({{{.{{,|||||..........}}}}},})}.}}},......|||{(((((,..,,|||....,}......}))),}}}))))))))))))))))))...((((({.((((.......)))),)))))).))))))))|((((((,,,(((((((..(((((((((((((..........,.((((((((,{((({{(((((.((((((.((((((((.,{(((((({..,,{{....|||,...|,....))}},||||{{||,...,,.)))}}..}},..},}}..))))).))).))))))........))))))}},....,,,.((((........))))..}||,,{{{{(({...})))...)))..,,((.{,(((((((......))))))),.))..,,}}}}...)))))))).}.((((((((...{{{(.......}))}.....))))))))})))}......))))))))){{{|||||,,|{,..((((((..(((((((.((.(((((((.......(((((((((((((..((((((...{(((((((..(((.........(((((((((.(((.({(((....(((((....)))))))).)).))).)))))))))........((((((,{{....{{((,,({..,,,,)},)}}..}})))))).,..,.....((((((((,,(((........................))))))))..})))((((({...})))))...)))..)))))))}((((((....{{,,.{((((((((,((((,....((({{...,..(((((((.....)).))))).....}}|,||.,...}})),)}))}},|((((((((((((.((((..(((....))))))).)).......))))))))))}.,||||{|||,,.||,,}}}},,|||||.,,||{.,((....(((((.......)))))....}))),.....,........))))))..(({{((,..,,,,..{(((..{{{{{,,,...)))))..,))))}}}))}))))))..)))))))..)))))).,,....}||....,,))))))).)).))))))).))))))....{({(((..((((((,..((((.{.(((((..(((((((((,....,{{{{,{((((.(({,..{((((..........)))))))))).}}.{{{||,{((((((({((((.(.(((((.,{{...((((((....(((((({{....|},})))))....)))))))))..))))).).)))}..|{(({{,...,}))})}}},..{((((((..((((((((,,,.......})))}))}.,.((((......)))).){|{{{{.{({....))).},}}))).}}}}}}|{,{{{{{{.,.)}}}))}}..,,.,}))}}))))...)}))}.,{{{...,,,)}|{{{,,.......((((.....))))..,||,,,.,}})))}))))))))))..))))).}.))))..)))))},,||||||........({{...,|||....|||,},,,,}},.....,,,,..)))..))))))}..............)))}}},,...)))))).