Basic Information
Symbol
COTL1
RNA class
mRNA
Alias
Coactosin Like F-Actin Binding Protein 1
CLP
Coactosin-Like Protein
Epididymis Secretory Sperm Binding Protein
Coactosin-Like F-Actin Binding Protein 1
Coactosin-Like 1 (Dictyostelium)
Coactosin-Like 1
Location (GRCh38)
16:84565596-84618078
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
MANE select
Transcript ID
NM_021149.5
Sequence length
1842.0 nt
GC content
0.5673
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-676.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-707.42 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
742.55
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGUGGAAGCCGCCGCCGCGCUCGCAGCUUGCAGGCGCCGCGUAGCCGUC… | 1842 nt | 0.5673 |
Summary
This gene encodes one of the numerous actin-binding proteins which regulate the actin cytoskeleton. This protein binds F-actin, and also interacts with 5-lipoxygenase, which is the first committed enzyme in leukotriene biosynthesis. Although this gene has been reported to map to chromosome 17 in the Smith-Magenis syndrome region, the best alignments for this gene are to chromosome 16. The Smith-Magenis syndrome region is the site of two related pseudogenes. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Forensic Context
A study in humans demonstrated that the COTL1 mRNA was down-regulated by 44% in pericontusional brain tissue from a traumatic brain injury patient (T3) compared to control tissue, as identified via cDNA microarray analysis [Michael et al. DOI:10.1016/j.jocn.2004.11.003].