Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_021149.5
Sequence Length
1842 nt
GC Content
0.5673
AGUGGAAGCCGCCGCCGCGCUCGCAGCUUGCAGGCGCCGCGUAGCCGUCGCCACCGCCGCCAGCCCGUGCGCCCUCGGCGCGUACCCGCCGCGCUCCCAUCCCCGCCGCCGGCCAGGGGCGCGCUCGGCCGCCCCGGACAGUGUCCCGCUGCGGCUCCGCGGCGAUGGCCACCAAGAUCGACAAAGAGGCUUGCCGGGCGGCGUACAACCUGGUGCGCGACGACGGCUCGGCCGUCAUCUGGGUGACUUUUAAAUAUGACGGCUCCACCAUCGUCCCCGGCGAGCAGGGAGCGGAGUACCAGCACUUCAUCCAGCAGUGCACAGAUGACGUCCGGUUGUUUGCCUUCGUGCGCUUCACCACCGGGGAUGCCAUGAGCAAGAGGUCCAAGUUUGCCCUCAUCACGUGGAUCGGUGAGAACGUCAGCGGGCUGCAGCGCGCCAAAACCGGGACGGACAAGACCCUGGUGAAGGAGGUCGUACAGAAUUUCGCUAAGGAGUUUGUGAUCAGUGAUCGGAAGGAGCUGGAGGAAGAUUUCAUCAAGAGCGAGCUGAAGAAGGCGGGGGGAGCCAAUUACGACGCCCAGACGGAGUAACCCCAGCCCCCGCCACACCACCCCUUGCCAAAGUCAUCUGCCUGCUCCCCGGGGGAGAGGACCGCCGGCCUCAGCUACUAGCCCACCAGCCCACCAGGGAGAAAAGAAGCCAUGAGAGGCAGCGCCCGCCACCCUGUGUCCACAGCCCCCACCUUCCCGCUUCCCUUAGAACCCUGCCGUGUCCUAUCUCAUGACGCUCAUGGAACCUCUUUCUUUGAUCUUCUUUUUCUUUUCUCCCCCUCUUUUUUGUUCUAAAGAAAAGUCAUUUUGAUGCAAGGUCCUGCCUGCCAUCAGAUCCGAGGUGCCUCCUGCAGUGACCCCUUUUCCUGGCAUUUCUCUUCCACGCGACGAGGUCUGCCUAGUGAGAUCUGCAUGACCUCACGUUGCUUUCCAGAGCCCGGGCCUAUUUUGCCAUCUCAGUUUUCCUGGACCCUGCUUCCUGUGUACCACUGAGGGGCAGCUGGGCCAGGAGCUGUGCCCGGUGCCUGCAGCCUUCAUAAGCACACACGUCCAUUCCCUACUAAGGCCCAGACCUCCUGGUAUCUGCCCCGGGCUCCCUCAUCCCACCUCCAUCCGGAGUUGCCUAAGAUGCAUGUCCAGCAUAGGCAGGAUUGCUCGGUGGUGAGAAGGUUAGGUCCGGCUCAGACUGAAUAAGAAGAGAUAAAAUUUGCCUUAAAACUUACCUGGCAGUGGCUUUGCUGCACGGUCUGAAACCACCUGUUCCCACCCUCUUGACCGAAAUUUCCUUGUGACACAGAGAAGGGCAAAGGUCUGAGCCCAGAGUUGACGGAGGGAGUAUUUCAGGGUUCACUUCAGGGGCUCCCAAAGCGACAAGAUCGUUAGGGAGAGAGGCCCAGGGUGGGGACUGGGAAUUUAAGGAGAGCUGGGAACGGAUCCCUUAGGUUCAGGAAGCUUCUGUGUAAGCUGCGAGGAUGGCUUGGGCCGAAGGGUUGCUCUGCCCGCCGCGCUAGCUGUGAGCUGAGCAAAGCCCUGGGCUCACAGCACCCCAAAAGCCUGUGGCUUCAGUCCUGCGUCUGCACCACACAUUCAAAAGGAUCGUUUUGUUUUGUUUUUAAAGAAAGGUGAGAUUGGCUUGGUUCUUCAUGAGCACAUUUGAUAUAGCUCUUUUUCUGUUUUUCCUUGCUCAUUUCGUUUUGGGGAAGAAAUCUGUACUGUAUUGGGAUUGUAAAGAACAUCUCUGCACUCAGACAGUUUACAGAAAUAAAUGUUUUUUUUGUUUUUCAGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-676.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -707.42
Frequency: 0.0000
Diversity: 742.55
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((.((((.(((.(((((.(((...))).))))).)))..(((((((((.(.(((((.(((..(((((((....).))))))..((((.((.............))))))..((((((.((...))))))))((((...)))).))))))))...).)))))))))((((.((((.(((.....((((.((((.(..((((((......))))))..)..))))..))))))))))).))))..............)))))))))..((.(((((((((((((((((((((((....(((.((((.((((((......((((((((.....))))))))((((((((((((((..((((((((.(((.....)))....((((..((((...((((((.........)))))).......(((.((....)).)))..))))..))))........))))))))...)))).))))).(((((((.....))))))).(((((...)))))))))).)))))).)))).....((((((.(.(..((((((((((((((((..(....((((..((......))..))))...)..))))))))........((..(((((..((((((..((.(((((.(((((.((((.((...)))))).(((...))).......))).)).)))))....((((((((...(((((((((..((.(((((..(((((.((((....(((((((((((.(((((((.(((...((((........)))).((((((.((((((((...................(((((((......(......)......)))))))....(((((((..((((...))))..)))))))...)))))...))))).)))).((((...((((((..((((((((((..((((.(((((((((..((......))))).))))))..((((((((...((((((.(((.......))).............(((((((((((((((.(((....(((.(((((((....(((((((((((.((((((((..(((...........)))))).))...............))).)))..))))))))..)))))))(((((.(((..(((((((.(.((((.....((((((...(((.......))))))))))))).)...))))).))..)))...)))))((((((((((..................((((((((............(((((......))))).(((((.........................))))).....((.((((...)))).))))))))))))))))))))))).....))).)))))).....)))))))))......))))))..))))))))....))))..)))))))))).)))))).))))...)))..))))))).)))).))))).))(((((.(((.(((((((...)))))...)).))).).)))))))))))))...))))).))..........))))).((((((((((.((.......)).)))))))))).........)))))))))))).((..(((....)))..)).....(((((.((.....)).))))).......))..))))))..)))))..))))))))).)..).).))))))...)))....))))))...))))))))).....))..)))))).))..((((((((((.(((((..((((.(((...))).))))))))))))))..)))))..........(((((((.....)))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((..,{{{}|||((((((.(((((((((.(((({{{{{,{(((((((,,..{((((((((...((((((({{{((((|{,...,||{(|(|..,......,||.||||||,.((((((,{{...))))))))((((...)))){||||||}}..,)))))),)))}|..,,{{,({......}}||||}}|||)).)))||||...}}}))),))}.)}}))))}{{(|(((((({{{{{{,.{,,,......,,.}}|||{{,}..(({(({{{||}|},,,,|||||||||}}}}.(((({.(.....}.}}))).||||}|}|}.}|||,..,{{{(,,(((((.((.((.((.,,,)))).)|}}}|}}}},((((..,,....,}.))))...})}))).,{,,||,,..}})).}))}||}}}})))))|{...,((((({{{{{,.,{{{{{({{{{{{{{.{{{{,,,|,{,.|||||||,.|||}}}}}|{{((..,}}}}{,{{(((({,(({((({(({{,.{{((((.(,{.,{(({{({,((((((((..,....((((..((......))..))))...,..))))))))........{|,,|{{{{.,||{||{.,|{,{{{{(.(((((.((((.((...)))))).(((...))).......))).}}.)))}}....((((((((,,,(((({({({..{{.{,,(({{{{{{||{{{{....,,{{{{{{|{{|{{{,{{,.,{{{|{{{{({{,,.,,.,,,)}|||{|||||..{{{{{||{{{|||{..{{{{,||{{{{||,.,,...({(({{{......,)))))))....((((((({.((((...))))}.)))))))...|.((.(((.((({.((({{,(({,..,,,,(({{,,(((({((,..(((({(((((({((..{{..,,.,)}))).)))))).,}}}||....,.(((((((((({{,...,{{{.{{{((({..,{{{((,({{.((({{{{{{{...,}|,|}|||||}}|,|||||||}}|}}|.||||||||}}|||,||,,......}},,.,.,},,,,...,,,....,)}|{|||,,{.,}}))}..,,|||||||||{|{{{..,{{{{,({((....}}}}.((((({..,(((.......))))))))))}},.},}}))})),))},,}|||||}|}}|||||{{{{{,.....|,}|||,......,||||.............}||{({,.,..,))))).|||||,||..,,.,|,|,,,,,,,,{||..||||}.....{{{{(,{...,,}}},})))),,,,))))}}})}}}.}},},}}})}})))}),..,})}))),)))}}.))))))),}}|,,||,||.,}}},,)))})))))))))),))))))))))))}}))||{|||||||.||,|{|,,,,})).||||}|}|}|||{|||.,,,}}}}}},}}})))}},))}))))||||||{..|||||,||{{.|{.{|{.||}},.||{|||{||{,||,,..,,,)).))))))})))........,|||}}})))))}.{,..{{{,.,,}||,,}}..,..(((((.{{....,)).}}})).......})..)))))),,)})))..))})))))).},|).}.}}}}}}..,),))}}}))))}}..})))}},}}}..,}}))}})))},,.,,..((((((((((.(((((..((((.(((...))).)))))))))))))}..)))))..........,{{{{{{.....)))))),
Back