Basic Information

Symbol
CPA5
RNA class
mRNA
Alias
Carboxypeptidase A5 Testicular Tissue Protein Li 32 EC 3.4.17.- EC 3.4.17.1 EC 3.4.17
Location (GRCh38)
7:130344816-130368730
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_080385.5
Sequence length
1985.0 nt
GC content
0.5123

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-662.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -697.61 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 436.23
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001127441.2 NCBI
AACUGCUUCUCUCUCUCUCUUUUACUCUUAUUCUUUCUCUCUCACUCUC… 2038 nt 0.5108
NM_001127442.2 NCBI
AACUGCUUCUCUCUCUCUCUUUUACUCUUAUUCUUUCUCUCUCACUCUC… 1842 nt 0.5141
NM_001318223.2 NCBI
AACUGCUUCUCUCUCUCUCUUUUACUCUUAUUCUUUCUCUCUCACUCUC… 1927 nt 0.5143
NM_080385.5 NCBI
AACUGCUUCUCUCUCUCUCUUUUACUCUUAUUCUUUCUCUCUCACUCUC… 1985 nt 0.5123
Summary

Carboxypeptidases have functions ranging from digestion of food to selective biosynthesis of neuroendocrine peptides. Members of the A/B subfamily of carboxypeptidases, such as CPA5, contain an approximately 90-amino acid pro region that assists in the folding of the active carboxypeptidase domain. Cleavage of the pro region activates the enzyme (Wei et al., 2002 [PubMed 11836249]).[supplied by OMIM, Mar 2008]

Forensic Context

A study in Wistar-albino rats demonstrated that the CPA5 gene, identified as differentially expressed in response to mild traumatic brain injury, was down-regulated at 12 hours post-trauma and subsequently up-regulated at 48 hours post-trauma [Colak et al. DOI:10.1016/j.injury.2012.01.021].