Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001318223.2
Sequence Length
1927 nt
GC Content
0.5143
AACUGCUUCUCUCUCUCUCUUUUACUCUUAUUCUUUCUCUCUCACUCUCUCUCUUUUCCCACCCUUAAGCCAAGUACAGGGAUAGUUGUCUCAUCAUUGGUGGCUUAAAAUGAUGUUUUUGAACAAGAAGACGCCCCAUGGGUACUUUUGGUGACUAGCACUAUCUCUGUUUUUUUCCUUUUAAAUUCCUGAGCUAUUGUUUAGCAGUACACCCUUUUAUCUCCAUUGCUACUGAAGCUGAAUGUUACUUGGGUGGAAAGCAUAACUGCUUUCUUUUCUAUGUCCUUAAACCCUUUGAUAAUGUUACUGUUUGAGAGUCCCUGAAGCCAGGAUACUAGAAGAGUCUGGCUUGUCUGAACAGCUGAACUACGAAAUAAUGGAGUAGGGCAGGCUGGGCUUUCCAGCCUCUAGGUGCUGUGCUGUCCUGAGGCCUGGGCCAUGGUGCCCAAGGAAAGCCCCUGAAGCUCACCAGGAGGAAGAAGCAUGCAGGGCACCCCUGGAGGCGGGACGCGCCCUGGGCCAUCCCCCGUGGACAGGCGGACACUCCUGGUCUUCAGCUUUAUCCUGGCAGCAGCUUUGGGCCAAAUGAAUUUCACAGGGGACCAGGUUCUUCGAGUCCUGGCCAAAGAUGAGAAGCAGCUUUCACUUCUCGGGGAUCUGGAGGGCCUGAAACCCCAGAAGGUGGACUUCUGGCGUGGCCCAGCCAGGCCCAGCCUCCCUGUGGAUAUGAGAGUUCCUUUCUCUGAACUGAAAGACAUCAAAGCUUAUCUGGAGUCUCAUGGACUUGCUUACAGCAUCAUGAUAAAGGACAUCCAGGUGCUGCUGGAUGAGGAAAGACAGGCCAUGGCGAAAUCCCGCCGGCUGGAGCGCAGCACCAACAGCUUCAGUUACUCAUCAUACCACACCCUGGAGGAGAUAUAUAGCUGGAUUGACAACUUUGUAAUGGAGCAUUCCGAUAUUGUCUCAAAAAUUCAGAUUGGCAACAGCUUUGAAAACCAGUCCAUUCUUGUCCUGAAGUUCAGCACUGGAGGUUCUCGGCACCCAGCCAUCUGGAUUGACACUGGAAUUCACUCCCGGGAGUGGAUCACCCAUGCCACCGGCAUCUGGACUGCCAAUAAGAUUGUCAGUGAUUAUGGCAAAGACCGUGUCCUGACAGACAUACUGAAUGCCAUGGACAUCUUCAUAGAGCUCGUCACAAACCCUGAUGGGUUUGCUUUUACCCACAGCAUGAACCGCUUAUGGCGGAAGAACAAGUCCAUCAGACCUGGAAUCUUCUGCAUCGGCGUGGAUCUCAACAGGAACUGGAAGUCGGGUUUUGGAGGAAAUGGUUCUAACAGCAACCCCUGCUCAGAAACUUAUCACGGGCCCUCCCCUCAGUCGGAGCCGGAGGUGGCUGCCAUAGUGAACUUCAUCACAGCCCAUGGCAACUUCAAGGCUCUGAUCUCCAUCCACAGCUACUCUCAGAUGCUUAUGUACCCUUACGGCCGAUUGCUGGAGCCCGUUUCAAAUCAGAGGGAGUUGUACGAUCUUGCCAAGGAUGCGGUGGAGGCCUUGUAUAAGGUCCAUGGGAUCGAGUACAUUUUUGGCAGCAUCAGCACCACCCUCUAUGUGGCCAGUGGGAUCACCGUCGACUGGGCCUAUGACAGUGGCAUCAAGUACGCCUUCAGCUUUGAGCUCCGGGACACUGGGCAGUAUGGCUUCCUGCUGCCGGCCACACAGAUCAUCCCCACGGCCCAGGAGACGUGGAUGGCGCUUCGGACCAUCAUGGAGCACACCCUGAAUCACCCCUACUAGCAGCACGACUGAGGGCAGGAGGCUCCAUCCUUCUCCCCAAGGUCUGUGGCUCCUCCCGAAACCCAAGUUAUGCAUCCCCAUCCCCAUGCCCUCAUCCCGACCUCUUAGAAAAUAAAUACAAGUUUGAACAGGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-650.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -682.94
Frequency: 0.0000
Diversity: 355.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((.(((..............(((..((((.(((((.....((((((..........................(((((((((((.((.((((((..((((.((....(((.(((((((......)))))))...))))).))))..))))))...)))))))))))))..................((((((....))))))((((((((((.............(((.....)))............)))))(((((((....))))))).......((((............))))....)))))...)))))).((((....))))......((((((((((((((((((...((((((..((((...........))))..)).))))((((((((.(((((.(((.((......)))))))))).(((((......))))).)))))))).((((((...((((((((......((.(.(((((...))))).).))((((.(.(((...)))).))))((((......))))...))))))))))))))((((((((.((((((((((((((...........((((((((((.((((((((...))).)))))........((((((.........)))))).(((.(((((.(((((....((.(((((((.....))))))).)))))))..))))))))....))))))))))...........(((((........)))))...)))))))).((((((((((((((((...((((...)))))))))).....))).)))))))))))))))))))))..)))))))))).((((......))))(((((((((............)))))))))..........((((.(((.((((((((((.(((..((((.((.(..(........)..))).)))).)))))))))...(((((((((.(((....(((..((.((((..((((.....((.((((...)))).)))))))))).))))).....))))))))))))..............)))).))).)))).....(((((((...))))..)))((((.((((...)))).))))...(((((((......(((((......)))))......)))))))))).)))))..((((.(((...(((((((....))))))).............(((((.....)))))((((((((.((.(((.....))).))...))))))))...(((((((.........(((...(((.((.(((((((((((((...((((((...((((.....)))).)).))))..(((((((((...((((((((((..((.((.(((((((((((.((((.((((.((.....(((((((...(((((((((......(((((((...(((...........)))...(((.((((..(((.(((((.((.(((((.(((......))).)).))).)))))))..))))))).))))))))))))))))...)))..))))))))).)))).))))..))))))).((((.......((((((((((((((((..(((..((((..(((((((.(((((.(((((....(((...(((..((((...))))..)))..))).(((((((.((...))))))))).)))))...).))))......)))))))..))))..)))..))))..)).))).)))))))......))))..))))))........)).)))))))))).((((((......))))))......))))))))).)))).))))))))).......)).)))...)))))))))).......))).)))).)))))...))))..)))..))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((.(((...,...,,,,{,,{.,..{,{{,,..,,,,,.,{,,{,{.................,{{..{{{.(((((((((({,((.((((((..((((.((......(.(((((((......))))))).....})).))))..))))))...))))))))))))).,},..............((((((....)))))){{{{,{{,,,....,.,..,..,{{|,,,,.|}},,,,,},,,...))))}(((((((....))))))),.......,,..,,,,|,....,}}},..,,,},,}|,|)))}}|.{{{|,...})))},..}}}))})},.((((((((((...{(((((..((((...........))))..))}}))|((((((((.(((((.(((.((......)))))))))).(((((......))))).)))))))),((((((...((((((((......((.{.(((((...))))).}.))((((.(.(((...)))).))))((((......))))...))))))))))))))((((((((.((((((((((((({......,,..,((((((({((.((((((((...))).)))))}}.....,((((((.,,,,,,,,}}|||||(((,{((((.(((((....((.(((((((.....))))))).)))))))..))))))))....})))))})))..}|||||},.|||||,,......}}})}.,.}))))))).((((((((((((((((...((((...)))))))))}....,))).)))))))))))))))))))))..)))))))))).((((......))))|((((((((............)))))))),..........((((.(((.(((({{(({{.{{{..{({{.{(.(,.{..,,....|..})),)})}.}}}})))}}...((((((((,{(((....(((..((.{(((..((((.....((.((({...}))).)))))))))),}}))).....)))))))))))),,,,.,|,.,,,,.)))).))).)))).....({(((((...)))),.}))((((.((({...}))).)))),.,(((((((......(((((......)))))..,...)))))))},,.},{{{..((((.(((...(((((((....)))))))...........||({{{{...,,)}}))((((((((.((.(((.....))).))...))))))))...(((((((.........(((...(((.{(.(((((((((((((...({((((...((((.....)))).)))},)}..{((((((((...((((((((((..((.((.(((((((((((.((((.((((.{{.....(((((((,..{{{((((((......(((((((,,{((({.{{{,,.{,,}},...({{.{(({.,(((.{{{{|,||,||{{{.|{,...,,,,)),)),))),)}}}|||,,}}},)))}))})))))))))))))...,}}}.)))))))}}.)))).))))..))))))).((((.......((((((((((((((((..(((.,((((..(((((((.(((({.(((((....{({...(((..((((...))))..)))..})),(((((((.((...))))))))).)))))...}.))))......)))))))..)))).,)))..))))..)).))).)))))))......))))..)))))).....,}.,).)))))))))).((((((......))))))......))))))))}.))))))})))))))...,...}}.)))...)))))))))).......))).))))..))}....,,....}),..))))))..
Back