Basic Information

Symbol
CRNKL1
RNA class
mRNA
Alias
Crooked Neck Pre-MRNA Splicing Factor 1 CRN SYF3 Clf1 CLF SYF3 Pre-MRNA-Splicing Factor Crooked Neck-Like Protein 1 Crooked Neck Homolog Crooked Neck Pre-MRNA Splicing Factor-Like 1 (Drosophila) Crooked Neck (Drosophila Crn Homolog)-Like 1 Crooked Neck Pre-MRNA Splicing Factor-Like 1 Crn, Crooked Neck-Like 1 (Drosophila) Crn, Crooked Neck-Like 1 Crooked Neck-Like 1 MSTP021 HCRN HCrn
Location (GRCh38)
20:20034368-20056046
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001278628.2
Sequence length
4015.0 nt
GC content
0.3990

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1058.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1135.89 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1021.04
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((.((((((.((((........((((.((((((.(.....).)))))).)))))))).))))))..((((((.((((..(((((((....((.....(((((((.(((.((....))))))))))))((((..(((((((((........))))).....))))..))))....))....)))))))((((((.(((....)))...............((((((((.(((........))).))))))))........))))))......(((((..(((........)))...)))))........(((.((((((((((((((..((((...............((((((((((...((((((((.........((((..(((..((((((....(((((((((.(((((((((.((((((((.((.((((((((..(((.(((.(((((...........(((.((((.(((......((..(((..((.....))..)))..))..((((((((.(((((((((...(((((((....(((((...((.(((.....((..(((..((((........))))..))).))....)))))...)))))...).)))))))))))))))))))).)))..((((((.(((.((........)).))).)))))).........))).))))))).........)))))((((((...((((.......(((.((....)))))))))..))))))........))).))))))))))).))((((((((((...(((((((.(((....(((((((.....)))))))))))))).)))...))))))))))......)))))))))))).)))))..(((((.((((((((((((((......))))(((((((((...((((((....((.....))....))))))((.((................)).))..)))))))))........(((((.((((.....))))..)))))....(((((..((((((..(((((((((((......(((....((..(((.........)))..))....)))......)))))))).))).))))))..)))))))))))))))..)))))((....)).((((((((...((((((........((((..(((((.((((((((.(..(((.((.((((((((....((.(((((.......((((.(((((..((.(((.(((((........)))))))).))))))).))))..........))))).))..))))))))((((....)))).........((((((((((....))))))))))(((((....))))).........((((((....)))))).....)).)))..)...))))).....))).)))))..))))..(((((((((.(((((.......((.....(((((((....))))))).....)).(((((.((((.((((((....)))))).)))).)))))....((..(((..((((....(((((...(((.........)))..)))))..))))..)))..))((((((..(((((((......((((((((((...((((......((((..((((((...))))))((((((.....))))))(.((((((((((((..((..((..................(((((((((((((.((....)).))))).))))..))))))..))..).))))))))))).)..))))(((((((.....((((.((((.........((((((((((((((((((...(((((((((.((......((((((((((((((.((.((.((((.((((((((..((((.(((...((((((((......)))))))).)))..)))).(((((.(((..(((...(((......)))...))).............((((.((((((.......))))))..(((..(((((((((..............)))))))))....))).........))))...)))...)))))..((((((.....))))))......))))))))......(((((.(((...))))).))).((((....)))).....))))...))))..))))))))))))))....))))))))))))))))))))))...))))))))))))))).....)))))))..(((((((...........)))))))......))))....))))))))))...((((((......))))))(((((((((.....))))))))).))))))).......((((((..........((((........))))...))))))..(((((((((((((.((.......)).))))))))))).))....((((((((........))))))))...((((...........))))..(((((((((((((.(...(((((..(((((..((((..((.((((..((((.(((.(.......).))).))))..))))((((..((........))..))))............(((((((((((((....)))...))))))))))..))..))))...)))))..))))).).)))))))))))))...))))))..))))).))))))))).....))))))....))))))))((((((((((........)))))).))))....))))).)))).))))))..)))))))))))))))..((((((((((........))))))))))((((..(((((.((..(((((((((...)))))))))....)).)))))..))))...(((((((.......)))))))..))).))))))).....((((((((((((.......(((.....))).......(((((.....(((((.((......(((((((.(((..(((((((.(((.((((((((((.(((((...((((....)))).................(((((........)))))...........)))))..(((....)))..........)))))))))).))))))))))..))))))))))..(((.((((((..(((.(((((.((.(((((......((((((.....))))))...)))))..)).)))))..))))))))).))).((((((.....(((......))).....))))))(((((............)))))........((((((((....)))))))))).)))))...)))))..))))))))))))........))))))))))))))))))..)))))))(((((((...))))))).....((((((.........))))))))))))..........((((((.((((.....)))).))))))......(((.(((((....))))).))).....((((((.((...))))))))))))(((((((..((((((((((..((((((((((((..((((....((((.((((..(((((((.((..(((((...(((((((((((......(((((((.......((((((.(.(((((((....(((((.((....)))))))((((((.((........)).)))))).))))))).))))))))))))))..)))))))))))(((((((((.....))))))))).(((((........(((((((.........)))))))......))))))))))..)).)))))))....((((....))))........)))).))))..))))..))))))))))))))))).)))))...(((((......)))))(((((.........((((((....)))))).....(((......)))............................))))).))).)))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{{{.{(({.((((((.((((........((((.((((((.(.....).)))))).)))))))).))))))...{{{,{,{(({..(((((((.,.,{{,.,,.(((((((.(((.({....)}})))))))))((((..(((((((((........))))).....))))..))))....,,....))))))){((({{.{{(....||},,|{......,....((((((((.{((........))}.))))))))........,}}}}}...,..,,,,.,,{,{||||{{|||,,.............({{,{(.(((((({{((((({,.((((..............,(({((((({{...(((((((({,.......,{{{..(((.,((((((,,..,{||{(({,....(((((((((((((......(((((.(((((.,,((({.................)}}}.)}))).))))).((..(((..((.....))..)))..))..(((((((({(((((((((...(((((({....(((((.,.{({(((.....((..(((..((((........))))..))).))....)))))...)))))...}.)))))))))))))))))))).)))..((((((.(((.((........)).))).))))))........(((({..........}}}))..))))))))))))),,,,.||{{,(((((.(((({.,{{.(((((((({(((.(........},}}}|{(((((..,,(({{,,||,,...||}||||..,,....(((((((.....))))))),}|||||{|,,...,,},,,||||{{{{{{,||,({,{{{{,..|,,|,{|{{((,(((((((({(((((......)))}(((((((((...,((((({..{({...,.}..||.||}}}|{{.{{...,,,........,.)),))..))))))))}......,,{{{({.((({.....))}).,))))},}}}{|{((,,(((({{,.,{(({(((({{....,,||,},|,||,,{{{.........}}|,.||,{,,|||......}}}}}}}},|||,|||}}}..}}|||||||}}}}}},,}}}}}||||,.,{{{|{{,|((|((({{{({,,.{(((((((((.((((....(((((((((.,,,,{..((((((((....((.(((((...,{..((((.(((((..((.(((.(((((........)))))))).))))))).}))).,,..,,...))))).))..))))))))((({....}))).........((((((((((....))))))))))(((((....))))).........((((((....)))))).,(((((..((((((((((((((((((((..{((({..(((((({.({,,,,,,......,}}}}.{{.....(((((((....)))))))...,.)}.(((({.((((.((((((....)))))).)))).}))))..((((({.,..{(((({(.{((,{({{,{{,{((({....|{,..,,}}}.{|||}..|||.,,((((({{.{||,.|||,|,},}..||}},.,,}},))...})}))},..},))}}}})))),}|,(((((((.....))))))).{(((((((((((..((..{{..............{{{,{{{{(((((((((.((....)).))))).)))).,)))}})..))..))))))))))))),|....}})))))).......,...(((((.,.....,))))).((((((((((((...(((((((({,((..,...(((((((((((({,.,,.....|||.((((((((...(((((((,..((((((((......)))}))}}.,||||,,,..,{{||.((({.,,,..}|||...,,.}}}...})).....,,,.....{(((.((((((.,...,.))))))..(((..(((((((((..............)))))))))....))).........}}}}...)))...})}}|||({{{{|,,...}))))),,},..))))))))......(((((.(((...))))).))),(((.{{{{||||.....}},},..)))).})))))))))))))).,..)))))))))))))))))))))))..}),)))))},}..})))..}}..))))))))))),........((((((,{....,,.))))))......(((((((........))))))).....})))))))).))))),....)))).))))).....)))}.)).)))))))}.,,},|((({{|{||.....})).))))))}.{{{((((((((((.((.......)).))))))))))},|}....((((((((........))))))))..,|,,|,,...,.,..,},,,,,|{((((((((....}}}})))))))})}))))))),)))))}{{||.,,}})}}}.}}}))}}})})))))))||,,,,,,||{..,{,,....||||,,|}},....,,..,,..{((((((((((((....)))...)))))))))),,}},,,..,,,,,..(((......))),,,))))))))})}))))))))}{|||||{||,.{,,,.((((((.{{....,}.)))))}.,{{{((((((........)))))).)))).,}})))))})}},.)))))),.)))}))))))))))).{((((({{{{|}}}},..,||||}}}}}}||,,,{(((({.,,..(((((((((...)))))))))..,|||||,|||,,,,,.,,,{{(((((.......))))))),,||},|||}||}...,.((((((((((((......,,((({{{...||||||.,{{|||}}|..,,.(((((({{...{((((((.{((,,(((((((.(((.((((((((((.,,((({{.,,,,...})))}.,.,..............,,,|,.,}{{|.{{((((,...}))}...,))).}||{..,.,}}..........)))))))))).)))))))))).,))})))))))..{{{.((((((..(((.(((((.((.(((((.{....((((((.....)))))).,.)))))..)).)))))..))))))))).}||.(((((({{,{.(((......}}}..}}.)))))).||||...........)))))))},{{{||((((((((....)))))))),,.,.)))}}},}))),,)))))))))))).,,....,)}))))))))}}})))}}..}}))),.(((((({...})))))).,,.}}}}}}|}))}))),,,,,)}}}}})},,|||.||||,{(((((.((({.....}))).)))))},}|,..(((.(((((....))))).))).....((((((.((...)))))))).,{{{,,,,,||.((((((((((..{(((((((((((..((({..,.((((.((({..{((((((.{{..((((((((((.(((((({,......|||}|||}}}{{..((((({{(.(((((((....(((((.((....))))))}{((({{,{{.....,,,}).)))))).))))))).))))))).,}....(((((({.....{(((((((((.....))))))))).})))))}......{((((((.........))))))),,.))))},.})))))..}}.))))))}.,..{(({....})))........}))).))))..))))..)))))))))))))))))}}}))).,,{((((......))))),||||,...,}}}.{(((((....)))))}.....{{{......))),,,,..........,.....,|}}}...}}))))}..})))....,,....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001278625.2 NCBI
CUUUCCGACACUCUUUGGGAAGAGAAUCUCUAAUGACGGCAACAGUGGA… 4370 nt 0.4162
NM_001278626.2 NCBI
CUUUCCGACACUCUUUGGGAAGAGAAUCUCUAAUGACGGCAACAGUGGA… 4183 nt 0.4083
NM_001278627.2 NCBI
CUUUCCGACACUCUUUGGGAAGAGAAUCUCUAAUGACGGCAACAGUGGA… 4093 nt 0.4014
NM_001278628.2 NCBI
AGUUCCGCUUCCGGUUCCGAGAUCCUGUUUGUUUUCUGAAAGCUUUGUG… 4015 nt 0.3990
NM_016652.6 NCBI
CUUUCCGACACUCUUUGGGAAGAGAAUCUCUAAUGACGGCAACAGUGGA… 4406 nt 0.4172
Summary

The crooked neck (crn) gene of Drosophila is essential for embryogenesis and is thought to be involved in cell cycle progression and pre-mRNA splicing. A protein encoded by this human locus has been found to localize to pre-mRNA splicing complexes in the nucleus and is necessary for pre-mRNA splicing. Alternatively spliced transcript variants have been described. [provided by RefSeq, Jul 2013]

Forensic Context

A multi-omics study in humans identified the CRNKL1 as a nominally significant differentially expressed gene in the prefrontal cortex of individuals with cocaine use disorder [Zillich et al. DOI:10.1038/S41398-024-03139-9].