Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001278628.2
Sequence Length
4015 nt
GC Content
0.3990
AGUUCCGCUUCCGGUUCCGAGAUCCUGUUUGUUUUCUGAAAGCUUUGUGGUUUCGGUGAGCUCUCAGAGCCGAUUUCUAGCGUCCGUGCCGGGGACAGGUGUCCAGAGGUCGACUGCUGCAGACAUGGCGGCCUCCACCGCGGCCGGGAAGCAGCGGAUUCCCAAAGUGGCCAAGGUGAAAAACAAAGCCCCGGCUGAGGUACAGAUAACUGCUGAACAACUCUUAAGAGAGGCUAAAGAAAGAGAACUUGAGCUUCUUCCACCUCCACCUCAACAGAAGAUCACAGAUGAAGAAGAAUUAAAUGAUUAUAAACUAAGGAAAAGGAAGACUUUUGAAGAUAAUAUAAGAAAAAACAGGACUGUGAUUAGUAACUGGAUAAAAUACGCACAAUGGGAAGAAAGCCUAAAGGAGAUUCAAAGGGCUCGAUCCAUAUACGAGCGUGCUUUAGAUGUAGACUACCGAAAUAUUACACUCUGGCUGAAAUACGCAGAAAUGGAAAUGAAGAAUCGCCAAGUCAACCAUGCUCGAAAUAUCUGGGACCGGGCCAUAACAACGCUGCCUCGAGUUAAUCAGUUCUGGUACAAGUACACGUACAUGGAGGAAAUGUUGGGAAACGUUGCCGGUGCCCGGCAGGUGUUUGAGCGCUGGAUGGAGUGGCAGCCUGAGGAGCAAGCCUGGCACUCCUACAUCAACUUUGAGCUGAGAUACAAAGAGGUGGAUCGGGCCCGCACCAUUUAUGAGCGAUUUGUCCUCGUGCACCCUGAUGUUAAGAACUGGAUCAAGUAUGCCCGCUUUGAAGAAAAACAUGCUUAUUUUGCCCAUGCACGGAAAGUGUAUGAGAGAGCUGUGGAAUUCUUUGGAGAUGAACAUAUGGAUGAGCACCUUUAUGUUGCCUUUGCCAAGUUUGAAGAAAAUCAGAAAGAGUUUGAAAGGGUACGAGUGAUUUACAAGUAUGCCCUGGACAGAAUUUCAAAACAAGAUGCCCAAGAACUCUUUAAAAAUUAUACCAUCUUUGAGAAGAAGUUUGGUGAUAGGCGGGGUAUUGAAGAUAUCAUUGUGAGCAAACGGAGAUUCCAGUACGAAGAAGAAGUGAAGGCGAAUCCACACAAUUAUGAUGCAUGGUUUGAUUACUUGCGCUUGGUAGAAAGUGACGCAGAAGCUGAAGCCGUGAGAGAAGUCUAUGAAAGGGCCAUUGCCAAUGUCCCACCCAUUCAGGAGAAGAGGCACUGGAAGCGCUACAUUUAUCUUUGGAUCAACUAUGCACUCUAUGAAGAAUUGGAGGCAAAGGAUCCUGAGAGGACAAGACAGGUGUAUCAAGCCUCUUUGGAACUAAUUCCUCACAAAAAGUUCACAUUUGCCAAAAUGUGGAUACUGUAUGCACAGUUUGAAAUACGACAGAAGAAUCUGUCAUUAGCCAGAAGAGCAUUGGGAACUUCCAUAGGCAAAUGUCCAAAGAACAAAUUAUUUAAAGUUUACAUAGAAUUGGAGCUACAGCUUCGAGAAUUUGACAGAUGCCGGAAGCUUUAUGAAAAGUUCCUGGAAUUUGGACCUGAAAAUUGUACCUCAUGGAUUAAAUUCGCUGAAUUAGAGACAAUCCUUGGUGAUAUUGACAGAGCACGGGCAAUCUAUGAAUUAGCCAUCAGUCAGCCACGUUUAGACAUGCCAGAGGUGCUUUGGAAAUCAUAUAUUGAUUUUGAAAUUGAGCAGGAAGAAACAGAAAGAACACGAAACCUUUACCGGCGGUUGCUUCAACGGACGCAGCAUGUCAAGGUAUGGAUCAGCUUUGCUCAGUUUGAGUUGUCUUCAGGAAAAGAAGGAAGUUUGACUAAAUGCAGACAAAUUUAUGAAGAAGCUAACAAAACCAUGCGAAACUGUGAAGAAAAGGAAGAGAGACUUAUGCUGCUGGAAUCUUGGCGAAGUUUUGAAGAAGAAUUUGGAACAGCUUCAGAUAAGGAGAGAGUAGACAAACUCAUGCCAGAGAAAGUCAAGAAGAGAAGAAAGGUCCAGACUGAUGAUGGGUCUGAUGCAGGCUGGGAAGAAUACUUUGAUUACAUCUUUCCAGAAGAUGCUGCCAACCAACCUAACCUCAAACUCCUGGCCAUGGCCAAACUGUGGAAGAAACAGCAGCAGGAAAAGGAGGAUGCUGAGCACCAUCCAGAUGAGGACGUCGAUGAGAGUGAAUCCUGAUCUUUUUUUCAUAGACAAAUGUUUUGUUAUUUUUAUAAAUUAAUUGUUUGGAACUCUUGUGACUCCUGGAAGUUCUUAUAUAUUUCACCAGUAAGAAAUUGAUUGGUAUCUUUGAUGGCUACUUUUUAAGUUAUUUUUUAAAUGCUCUUGGGUUAGCUAGGGGUAGGGAUUGCAAGUAAAGGACUUUUUUAACUGCUGGAUUUGUUUUUCCAACUGAGUCCAAACUUUUCUAAUGUCUGUCCACAUCAUGCAUUAGGAAAUGUAAUUAAGGUAACAUUCUACAGUUACUUUUCAUGUCAUACCCAUAAAGAUAGUUUAUGCAUUCAUCUGAAAUGUGUAACUUUUUCAUGUCUUCAGAGUCACAGACUUGAGUUCAUUUCCCAGCUCUGCCACUCAUGAUUAUAUAACUUAAUUUUCAUUUUCCUCAUUCACAAAAUGGGCCAAUAGUUUGACAGCUCAUUUUGAAGAUUACAUUAUAAAAGGAAUAUACCUGGUGGGUGCAUAGUAAGUGCUCAGUAAAUUGUUUGUUCUAAGCCACUUUUAAAAAUGGUUUCAUUCCUUGUAGAAUUGAAUGCGAGUGGAUUAAUAAUUUACCUUACUUUCUUACUAGUGUCCAGUUAUAUUGUUUUUUAGAACAACACUUGGAAAAUAAUUUGCAGUGAUUAUAUUUCUGAACAAGGUUCAGAAAACAUUGUUUACUAAGAAUUUAGUCUAAUAAUUUCAGUUAGGCGCUCAUCAGUUCUCCAGAGUGGUUGAGUUUGUAAUACCUUGUUUAAAGAAUAAUGGCUUGUUCACGUGUGUGCUAUGAAAAAUGAUGUCCCAUGUUCACAUAAAUUUGGGAAAUUCUGGACUAAGACUUAAGUCUCGUUAAUCAAAUCUCUUUAUAGUUAGGCUUCUGUACAUUAUGUAUCUCCAGUAGCAAUGUUGCCAUAUUAUUUAUUUCCCAAACUUAGUGGACAAUGGAGUCAUUUCUACCUAGAGUACCAGUAAACAUCUCCCAGUGUGCUAUAGUAGAAAAUGUCUACUCCUCACUGCUGACAUGUUAAACUUACUCUUGGUUUAGAGCAUGUGUAGAAACACCUAAGGUAGCUCUAUGCUAAAUAAUGAAGAGUAGCACAAGAAUGAAUGUAUUUGCUGAUACGUUGCUCACAUUCUCAAGCAAAAAUUCAACUGCAUUAACCGAUCUGAGAGUUUUCCUUUAACCUGGACUGUGUUUCUCAAGCACAUUUUUUCUUUGUUCACUGCCCAAGGACUAGAACUGUAUUUUUAAGGUUGUUUUCCCCUAAAAGGACCUUUAGUAAGCAAAUUUAUUAUUAAAUGUGCACAUCUUAUUCACCCAAGGGAAUAAAAGCUACUUCGUAAUGUUGUUACUAAAUUUUAUCUUGAAAAUAAAUAACAGUGUUUGAGGACAGAAGAAACUAGGACUGUUGUUGAGAUAAAAUCUGUUUUCAGCCUGACUGCUUUAGUCACUGGACGAGCAUCAGCUACUGCGGUGUCAGAUCACUUCUCGAGUAGAGGUCUGCCUAGUGAGUGAGCAGGAGAACAUCAUCUUAAUAGCCUUUGGCUCACCCAGAGUCAGGGAGAGAUGAAAAUAAUAGGUCAGAAUGCAAGUGACUUAAUCACAGUCUUCCUAGAAUUAUCUGUUUAUGUUGCAUGAAUGCAUAAGAAAAAAAUUCUGUCAUGUUCCCAAGGUAGAAUUGUAAUAAGCAUGUGCCAGUGUGAAAGCUGGAAGGAAAAAAGCUAUUCUCUAACAGGAGAACAUAAAGAUUCAUUUCUCUCCCACCCUCAACUCCACCAAAGUAAAUCCUUUCGAUAGUAAAAGUUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1058.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1135.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 1021.04
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((.((((((.((((........((((.((((((.(.....).)))))).)))))))).))))))..((((((.((((..(((((((....((.....(((((((.(((.((....))))))))))))((((..(((((((((........))))).....))))..))))....))....)))))))((((((.(((....)))...............((((((((.(((........))).))))))))........))))))......(((((..(((........)))...)))))........(((.((((((((((((((..((((...............((((((((((...((((((((.........((((..(((..((((((....(((((((((.(((((((((.((((((((.((.((((((((..(((.(((.(((((...........(((.((((.(((......((..(((..((.....))..)))..))..((((((((.(((((((((...(((((((....(((((...((.(((.....((..(((..((((........))))..))).))....)))))...)))))...).)))))))))))))))))))).)))..((((((.(((.((........)).))).)))))).........))).))))))).........)))))((((((...((((.......(((.((....)))))))))..))))))........))).))))))))))).))((((((((((...(((((((.(((....(((((((.....)))))))))))))).)))...))))))))))......)))))))))))).)))))..(((((.((((((((((((((......))))(((((((((...((((((....((.....))....))))))((.((................)).))..)))))))))........(((((.((((.....))))..)))))....(((((..((((((..(((((((((((......(((....((..(((.........)))..))....)))......)))))))).))).))))))..)))))))))))))))..)))))((....)).((((((((...((((((........((((..(((((.((((((((.(..(((.((.((((((((....((.(((((.......((((.(((((..((.(((.(((((........)))))))).))))))).))))..........))))).))..))))))))((((....)))).........((((((((((....))))))))))(((((....))))).........((((((....)))))).....)).)))..)...))))).....))).)))))..))))..(((((((((.(((((.......((.....(((((((....))))))).....)).(((((.((((.((((((....)))))).)))).)))))....((..(((..((((....(((((...(((.........)))..)))))..))))..)))..))((((((..(((((((......((((((((((...((((......((((..((((((...))))))((((((.....))))))(.((((((((((((..((..((..................(((((((((((((.((....)).))))).))))..))))))..))..).))))))))))).)..))))(((((((.....((((.((((.........((((((((((((((((((...(((((((((.((......((((((((((((((.((.((.((((.((((((((..((((.(((...((((((((......)))))))).)))..)))).(((((.(((..(((...(((......)))...))).............((((.((((((.......))))))..(((..(((((((((..............)))))))))....))).........))))...)))...)))))..((((((.....))))))......))))))))......(((((.(((...))))).))).((((....)))).....))))...))))..))))))))))))))....))))))))))))))))))))))...))))))))))))))).....)))))))..(((((((...........)))))))......))))....))))))))))...((((((......))))))(((((((((.....))))))))).))))))).......((((((..........((((........))))...))))))..(((((((((((((.((.......)).))))))))))).))....((((((((........))))))))...((((...........))))..(((((((((((((.(...(((((..(((((..((((..((.((((..((((.(((.(.......).))).))))..))))((((..((........))..))))............(((((((((((((....)))...))))))))))..))..))))...)))))..))))).).)))))))))))))...))))))..))))).))))))))).....))))))....))))))))((((((((((........)))))).))))....))))).)))).))))))..)))))))))))))))..((((((((((........))))))))))((((..(((((.((..(((((((((...)))))))))....)).)))))..))))...(((((((.......)))))))..))).))))))).....((((((((((((.......(((.....))).......(((((.....(((((.((......(((((((.(((..(((((((.(((.((((((((((.(((((...((((....)))).................(((((........)))))...........)))))..(((....)))..........)))))))))).))))))))))..))))))))))..(((.((((((..(((.(((((.((.(((((......((((((.....))))))...)))))..)).)))))..))))))))).))).((((((.....(((......))).....))))))(((((............)))))........((((((((....)))))))))).)))))...)))))..))))))))))))........))))))))))))))))))..)))))))(((((((...))))))).....((((((.........))))))))))))..........((((((.((((.....)))).))))))......(((.(((((....))))).))).....((((((.((...))))))))))))(((((((..((((((((((..((((((((((((..((((....((((.((((..(((((((.((..(((((...(((((((((((......(((((((.......((((((.(.(((((((....(((((.((....)))))))((((((.((........)).)))))).))))))).))))))))))))))..)))))))))))(((((((((.....))))))))).(((((........(((((((.........)))))))......))))))))))..)).)))))))....((((....))))........)))).))))..))))..))))))))))))))))).)))))...(((((......)))))(((((.........((((((....)))))).....(((......)))............................))))).))).)))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{{{.{(({.((((((.((((........((((.((((((.(.....).)))))).)))))))).))))))...{{{,{,{(({..(((((((.,.,{{,.,,.(((((((.(((.({....)}})))))))))((((..(((((((((........))))).....))))..))))....,,....))))))){((({{.{{(....||},,|{......,....((((((((.{((........))}.))))))))........,}}}}}...,..,,,,.,,{,{||||{{|||,,.............({{,{(.(((((({{((((({,.((((..............,(({((((({{...(((((((({,.......,{{{..(((.,((((((,,..,{||{(({,....(((((((((((((......(((((.(((((.,,((({.................)}}}.)}))).))))).((..(((..((.....))..)))..))..(((((((({(((((((((...(((((({....(((((.,.{({(((.....((..(((..((((........))))..))).))....)))))...)))))...}.)))))))))))))))))))).)))..((((((.(((.((........)).))).))))))........(((({..........}}}))..))))))))))))),,,,.||{{,(((((.(((({.,{{.(((((((({(((.(........},}}}|{(((((..,,(({{,,||,,...||}||||..,,....(((((((.....))))))),}|||||{|,,...,,},,,||||{{{{{{,||,({,{{{{,..|,,|,{|{{((,(((((((({(((((......)))}(((((((((...,((((({..{({...,.}..||.||}}}|{{.{{...,,,........,.)),))..))))))))}......,,{{{({.((({.....))}).,))))},}}}{|{((,,(((({{,.,{(({(((({{....,,||,},|,||,,{{{.........}}|,.||,{,,|||......}}}}}}}},|||,|||}}}..}}|||||||}}}}}},,}}}}}||||,.,{{{|{{,|((|((({{{({,,.{(((((((((.((((....(((((((((.,,,,{..((((((((....((.(((((...,{..((((.(((((..((.(((.(((((........)))))))).))))))).}))).,,..,,...))))).))..))))))))((({....}))).........((((((((((....))))))))))(((((....))))).........((((((....)))))).,(((((..((((((((((((((((((((..{((({..(((((({.({,,,,,,......,}}}}.{{.....(((((((....)))))))...,.)}.(((({.((((.((((((....)))))).)))).}))))..((((({.,..{(((({(.{((,{({{,{{,{((({....|{,..,,}}}.{|||}..|||.,,((((({{.{||,.|||,|,},}..||}},.,,}},))...})}))},..},))}}}})))),}|,(((((((.....))))))).{(((((((((((..((..{{..............{{{,{{{{(((((((((.((....)).))))).)))).,)))}})..))..))))))))))))),|....}})))))).......,...(((((.,.....,))))).((((((((((((...(((((((({,((..,...(((((((((((({,.,,.....|||.((((((((...(((((((,..((((((((......)))}))}}.,||||,,,..,{{||.((({.,,,..}|||...,,.}}}...})).....,,,.....{(((.((((((.,...,.))))))..(((..(((((((((..............)))))))))....))).........}}}}...)))...})}}|||({{{{|,,...}))))),,},..))))))))......(((((.(((...))))).))),(((.{{{{||||.....}},},..)))).})))))))))))))).,..)))))))))))))))))))))))..}),)))))},}..})))..}}..))))))))))),........((((((,{....,,.))))))......(((((((........))))))).....})))))))).))))),....)))).))))).....)))}.)).)))))))}.,,},|((({{|{||.....})).))))))}.{{{((((((((((.((.......)).))))))))))},|}....((((((((........))))))))..,|,,|,,...,.,..,},,,,,|{((((((((....}}}})))))))})}))))))),)))))}{{||.,,}})}}}.}}}))}}})})))))))||,,,,,,||{..,{,,....||||,,|}},....,,..,,..{((((((((((((....)))...)))))))))),,}},,,..,,,,,..(((......))),,,))))))))})}))))))))}{|||||{||,.{,,,.((((((.{{....,}.)))))}.,{{{((((((........)))))).)))).,}})))))})}},.)))))),.)))}))))))))))).{((((({{{{|}}}},..,||||}}}}}}||,,,{(((({.,,..(((((((((...)))))))))..,|||||,|||,,,,,.,,,{{(((((.......))))))),,||},|||}||}...,.((((((((((((......,,((({{{...||||||.,{{|||}}|..,,.(((((({{...{((((((.{((,,(((((((.(((.((((((((((.,,((({{.,,,,...})))}.,.,..............,,,|,.,}{{|.{{((((,...}))}...,))).}||{..,.,}}..........)))))))))).)))))))))).,))})))))))..{{{.((((((..(((.(((((.((.(((((.{....((((((.....)))))).,.)))))..)).)))))..))))))))).}||.(((((({{,{.(((......}}}..}}.)))))).||||...........)))))))},{{{||((((((((....)))))))),,.,.)))}}},}))),,)))))))))))).,,....,)}))))))))}}})))}}..}}))),.(((((({...})))))).,,.}}}}}}|}))}))),,,,,)}}}}})},,|||.||||,{(((((.((({.....}))).)))))},}|,..(((.(((((....))))).))).....((((((.((...)))))))).,{{{,,,,,||.((((((((((..{(((((((((((..((({..,.((((.((({..{((((((.{{..((((((((((.(((((({,......|||}|||}}}{{..((((({{(.(((((((....(((((.((....))))))}{((({{,{{.....,,,}).)))))).))))))).))))))).,}....(((((({.....{(((((((((.....))))))))).})))))}......{((((((.........))))))),,.))))},.})))))..}}.))))))}.,..{(({....})))........}))).))))..))))..)))))))))))))))))}}}))).,,{((((......))))),||||,...,}}}.{(((((....)))))}.....{{{......))),,,,..........,.....,|}}}...}}))))}..})))....,,....
Back