Basic Information

Symbol
CROT
RNA class
mRNA
Alias
Carnitine O-Octanoyltransferase COT Peroxisomal Carnitine O-Octanoyltransferase EC 2.3.1.137 Peroxisomal Carnitine Acyltransferase EC 2.3.1
Location (GRCh38)
7:87345664-87399800
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_021151.4
Sequence length
3205.0 nt
GC content
0.4037

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-905.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -966.50 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 876.49
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001143935.2 NCBI
AGUCCAAUUCCCGCACCUUUGAGGCCCAAGGGGGAGCGAGCCGGUGCUG… 3289 nt 0.4059
NM_001243745.3 NCBI
AGUCCAAUUCCCGCACCUUUGAGGCCCAAGGGGGAGCGAGCCGGUGCUG… 1180 nt 0.3602
NM_021151.4 NCBI
AGUCCAAUUCCCGCACCUUUGAGGCCCAAGGGGGAGCGAGCCGGUGCUG… 3205 nt 0.4037
Summary

This gene encodes a member of the carnitine/choline acetyltransferase family. The encoded protein converts 4,8-dimethylnonanoyl-CoA to its corresponding carnitine ester. This transesterification occurs in the peroxisome and is necessary for transport of medium- and long- chain acyl-CoA molecules out of the peroxisome to the cytosol and mitochondria. The protein thus plays a role in lipid metabolism and fatty acid beta-oxidation. Alternatively spliced transcript variants have been described.[provided by RefSeq, Jan 2009]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CROT was identified as a hub node with differing relative connectivity between lines among ventral midbrain differentially expressed genes overexpressed in the methamphetamine high drinking line [Hitzemann et al. DOI:10.3390/brainsci9070155].