Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001243745.3
Sequence Length
1180 nt
GC Content
0.3602
AGUCCAAUUCCCGCACCUUUGAGGCCCAAGGGGGAGCGAGCCGGUGCUGCUGCAGGCUGAGGCUGCGGCAGAGGCGGCGAGGCGCGGGCGGUGAGGACGGACAGUCACCGACUUAGUCCAGUUCCCUGUGAUCUCAAAACAAUUGUUGCAGCAGGCUCCUGGCAGUCUCAAGCAGUUCAUCUUCUUGGUGUACUGGUUUCCUAUUGUGAUUUUAUCAUGGAAAAUCAAUUGGCUAAAUCAACUGAAGAACGAACAUUUCAGUACCAGGAUUCUCUUCCAUCACUGCCUGUUCCUUCACUUGAAGAAUCAUUAAAAAAAUACCUUGAAUCAGUGAAACCAUUUGCAAAUCAAGAAGAAUAUAAGAAAACUGAAGAAAUAGUUCAAAAAUUUCAAAGUGGGAUUGGAGAAAAAUUGCACCAGAAAUUGCUUGAAAGAGCAAAAGGAAAAAGAAAUUGGGUAUUUGUUGUUAUAAUUGAAUAAUGAUGAUGUUUAAAGAAUGAUAAAUAAAAAGUGCAUAGUUUUUAUUUUUAAAUUAUUGCUGUAAAAAUUUUUACAGUUAUUAUUGUUAUUUUCAUAAUCCAAAAGAAGGAAUGAAUCACUUAACUUUGGGAGUUUUCAGUGGGUGGAUUCGGGAACUUGUUAAAAUGCAGAUUUGCUGGGAUAAGUGAUUCUGAUUCACAUGGCUGGAAUGAGGCCCAGAGAUUCUUAUUUUAACAAUCACUUCAUGUGGUUUGGCUGCAGGUAAUCUGUAGACCAUGCUGAAGGAAAACAUUUUGUCCAGGUGACUAGCUUGAAAAAUCAGAAACACUAAAAUAGACAUGUCACAUAGGUGGCAUAGAAAUAUUUUCGUAGUACAAUGGAGAAAGGGAAUCAUUAAAAAUCAGAGUGGAGAAUGGUUAUGUAUAUUGUAUAUUUCAGUUAGAUAAAUUGAGGAAGCUAGUAUAAUAAUUAUUGAAGGUCUCAAUAAUUUUCCACAAAAUUCUUUAACUUCUUCAGCUCAACCAUUUCUGUACUUCUCUACUAUGAAUCAGAGGAUGAGGUUGUAUAAUUCAAAAGCAUUGCCUUAGUCUAGAAAUAAUUAUUGUACCUAUCAUUUAGUUUUAGAAAUAAAAAGCAAGCUGAUUUUUUUUGAUGAACCAUUUAUAUCUGUGAUGGAAUAAUAAAAUUUCACACUUCCGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-300.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -322.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 254.06
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((..((((((((((((((((((((((((..(((.((((((.(.(((((((((.(...).))))))))).).))))((((((((((.((...((((....((((...))))..))))...)))))))).))))....(((((((.((((((((..((((((..(.((((((((((..(((((((((((((.(((((((((....(((((((.......)))))))..........((((.(((((...(((((...((((....(((......)))...))))..)))))))))).)))).((.(((..............))).)))).)))))))..))))..)))))))))......((((..((((.......))))....))))...(((.((((.......)))).)))....)))))))))).)..))................))))..)))))))).)))))))(((((((((((((.......(((((((((((((((........)))))))))....))))))((((((((....)))))))))))))))))))))(((((..(((.......)))))))))).)))..)))))))...)))))).)))))....)))))).(((((((((((.(((.((.(((((.........(((.((((.((....)))))).)))))))).)).))))))))))))))((.(((((((((((....((((((.....)))))))))))).)))))))......(((.((((..((((((..((((....)))).......((((((..((((((((....))))))).)...))))))..)))).)).)))).)))((..((((..(((((((...(((((((((.(((((.(((((((....((((((((.....))))))))....))))))))))))((((((.....)))))))))))))))..................(((((((.((...((((...(((........))).)))))).))).))))...........(((.((((.(((.(((((((.(((................))).)))))))..)))...))))))))))))))..))))...))..........(((.((((((......)))))))))....)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((..,{((((({(({,(((({(((((((..(((.((((((.(.(((((((((.(...).))))))))).).))))((((((((((.{{...(((({{{,((((...))))..)))).,,)))))))).))))....(((((((.((((((((,{(((.((..(.(((((((((({.(((((((((((((.(((((((({...,(((((({.,,....}}}}})}..,,......{(((.(((((...(((((...((((....(((......)))...))))..)))))))))).)))).{{.{{{..............}}).}})).)))))))..)))}.,)))))))))......,,,,.,(({,.......))},....||||...(((.((((.......)))).)))..)})))))))))).}..))...,}},..........,}),.}))))))).)))))))(((((((((((((.......{(((({(((((((((.,....,.)))))))))....)))}}}((((((((....)))))))))))))))))))))(((((..(((.......)))))))))).)))..)))))))...)))))).))))),...|}|||}.(((((((((((.(((.({.(((((.........(((.((((.({....}))))).)))))))).)).)))))))))))))){(.(((({,{{(((.{{{((((((,...,)))))),))),)})))))}}......(((.((((.,(,{(({.,{(((....}))}.....{.{{{{{{..,(((((((....))))))).|...}})))).})))).}..)))).))}((..((((..(((((((((,(((,((((((((({{{(((({{{,,|,|,{{{{{{.,,..}}|||||{{{,.,|||,,,,,|{{((((((.....))))))))),},,}}....,,,,}}},,}},,}}}}||,|}||},,|||,,},|((,,,.....}},.}))))},||||||||,..........,||,{{||,|||.(((((({.{{{....,,.....,..,.))}.}))))))..,,,...})},.)))))))))..))))...))..........(((.((((((......))))))))),,,,))}
Back