Basic Information

Symbol
CRY1
RNA class
mRNA
Alias
Cryptochrome Circadian Regulator 1 PHLL1 Cryptochrome 1 (Photolyase-Like) Cryptochrome Circadian Clock 1 Cryptochrome-1 DSPD
Location (GRCh38)
12:106991364-107093855
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004075.5
Sequence length
2987.0 nt
GC content
0.4600

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-940.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -996.41 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 715.05
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001413468.1 NCBI
AGAGUCACCCGGGCAGCCUCGGGACCGGUCACCGGCCGGCAACCGUCCA… 2967 nt 0.4587
NM_001413469.1 NCBI
AGAGUCACCCGGGCAGCCUCGGGACCGGUCACCGGCCGGCAACCGUCCA… 3249 nt 0.4657
NM_001413470.1 NCBI
AGAGUCACCCGGGCAGCCUCGGGACCGGUCACCGGCCGGCAACCGUCCA… 3737 nt 0.4217
NM_004075.5 NCBI
AGAGUCACCCGGGCAGCCUCGGGACCGGUCACCGGCCGGCAACCGUCCA… 2987 nt 0.4600
Showing 11 to 14 of 14 entries
Summary

This gene encodes a flavin adenine dinucleotide-binding protein that is a key component of the circadian core oscillator complex, which regulates the circadian clock. This gene is upregulated by CLOCK/ARNTL heterodimers but then represses this upregulation in a feedback loop using PER/CRY heterodimers to interact with CLOCK/ARNTL. Polymorphisms in this gene have been associated with altered sleep patterns. The encoded protein is widely conserved across plants and animals. Loss of the related gene in mouse results in a shortened circadian cycle in complete darkness. [provided by RefSeq, Jan 2014]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the CRY1 was evaluated as a candidate mRNA marker for estimating blood deposition time, where its expression was analyzed in blood samples collected at 2-hour intervals under controlled conditions [Lech et al. DOI:10.1016/J.Fsigen.2015.12.008]. In a separate investigation on human sepsis, the CRY1 was identified as a differentially expressed circadian rhythm-related gene between sepsis and control groups, with its expression validated by RT-qPCR [Wang et al. DOI:10.3390/ijms26093993].