Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004075.5
Sequence Length
2987 nt
GC Content
0.4600
AGAGUCACCCGGGCAGCCUCGGGACCGGUCACCGGCCGGCAACCGUCCAGCGGCCUCGACCACCGCCUCUAGCCUCCGUUCCCGGUCCUUUCUCCCGGGCCGAGAGACAGCGUCGCCGACAGGGGCUCAUUCCCCUCCGGUUCUCCUCGGUGACUCACCUCGGGCGGGCCGUUUUGUCUUUAGGGGCCGCCUUGGUGGGGCGAGGUUUCCGUGACGAAUCUCCUGGGGCCGUCCGUGCCGGCUCGGGCCGUCGUGGCGGCUCGAGCUCCUGGAACUUGCUCAGGCUCCGGAGGUCCGAGGCCCUCGAAGUUAUGCGUCGCCUCCAGGCGGUUGCGGCGGGCGCGGGCUCCUAAAGGGCGUCACACCCGGACUCCGCCGACUAGGCAACCUCCAUUCAUCUUUCCACUGCGCCUCCGGCGCCCCCGCCUUCUCCGGUCCCCUCCUCGGAGUCAUUUUUUCCUGUUCCCCCUCUGCCGCCCUUUCCUCACGCCCCGGGUGAGGCAAUUCUCUUGGAAGCGAAGGUGUCGGCUAUGAGCCGGAGCCUCCUUCCUUGAAUUUCUCCGUGGAGGACCCGCCGCGCCCCCCGGCAUGGGGGUGAACGCCGUGCACUGGUUCCGAAAGGGGCUCCGGCUCCACGACAACCCCGCCCUGAAGGAGUGCAUUCAGGGCGCCGACACCAUCCGCUGCGUCUACAUCCUGGACCCCUGGUUCGCCGGCUCCUCCAAUGUGGGCAUCAACAGGUGGCGAUUUUUGCUUCAGUGUCUUGAGGAUCUUGAUGCCAAUCUACGAAAAUUAAACUCCCGUCUGUUUGUGAUUCGUGGACAACCAGCAGAUGUGUUUCCCAGGCUUUUCAAGGAAUGGAACAUUACUAAACUUUCAAUUGAGUAUGAUUCUGAGCCCUUUGGAAAGGAACGAGACGCAGCUAUUAAGAAACUGGCAACUGAAGCUGGAGUAGAAGUCAUUGUAAGAAUUUCACAUACAUUAUAUGACCUAGACAAGAUCAUAGAACUCAAUGGUGGACAACCGCCUCUAACUUAUAAAAGAUUCCAGACUCUCAUCAGCAAAAUGGAACCACUAGAGAUACCAGUAGAGACAAUUACUUCAGAAGUGAUAGAAAAGUGCACAACUCCUCUGUCUGAUGACCAUGAUGAGAAAUAUGGAGUCCCUUCACUGGAAGAGCUAGGUUUUGAUACAGAUGGCUUAUCCUCUGCAGUGUGGCCAGGUGGAGAAACUGAAGCACUUACUCGUUUGGAAAGGCAUUUGGAAAGAAAAGCUUGGGUGGCAAAUUUUGAAAGACCUCGAAUGAAUGCGAAUUCUCUGCUUGCAAGCCCUACUGGACUUAGUCCUUAUCUCCGAUUUGGUUGUUUGUCAUGUCGACUGUUUUACUUCAAACUAACAGAUCUCUACAAAAAGGUAAAGAAGAACAGUUCCCCUCCCCUUUCCCUUUAUGGGCAACUGUUAUGGCGUGAAUUUUUCUAUACAGCAGCAACAAAUAAUCCACGCUUUGAUAAAAUGGAAGGAAACCCUAUCUGUGUUCAGAUUCCUUGGGAUAAAAAUCCUGAGGCUUUAGCCAAAUGGGCGGAAGGCCGGACAGGCUUUCCAUGGAUUGAUGCCAUCAUGACACAGCUUCGUCAGGAGGGUUGGAUUCAUCAUCUAGCCAGGCAUGCAGUUGCUUGCUUCCUGACACGAGGGGACCUGUGGAUUAGUUGGGAAGAAGGAAUGAAGGUAUUUGAAGAAUUAUUGCUUGAUGCAGAUUGGAGCAUAAAUGCUGGAAGUUGGAUGUGGCUGUCUUGUAGUUCCUUUUUUCAACAGUUUUUUCACUGCUAUUGCCCUGUUGGUUUUGGUAGGAGAACAGAUCCCAAUGGAGACUAUAUCAGGCGUUAUUUGCCUGUCCUAAGAGGCUUCCCUGCAAAAUAUAUCUAUGAUCCCUGGAAUGCACCAGAAGGUAUCCAAAAGGUAGCCAAAUGUUUGAUAGGAGUUAAUUAUCCUAAACCAAUGGUGAACCAUGCUGAGGCAAGCCGUUUGAAUAUCGAAAGGAUGAAACAGAUCUAUCAGCAGCUUUCACGAUAUAGAGGACUAGGUCUUCUGGCAUCAGUACCUUCUAAUCCUAAUGGGAAUGGAGGCUUCAUGGGAUAUUCUGCAGAAAAUAUCCCAGGUUGUAGCAGCAGUGGAAGUUGCUCUCAAGGGAGUGGUAUUUUACACUAUGCUCAUGGCGACAGUCAGCAAACUCACCUGUUGAAGCAAGGAAGAAGCUCCAUGGGCACUGGUCUCAGUGGUGGGAAACGUCCUAGUCAGGAAGAGGACACACAGAGUAUUGGUCCUAAAGUCCAGAGACAGAGCACUAAUUAGAAAACAUUCAGGAGGAAUACUGUUGCAGCUGAAAUUGGUGGGGAGUUCAAUACUUUUCAAUUAAGUUAUUUAAAAAUAUUCUUCAUUGAUGGAAAGCAGUUACAUAUUGAAAUAUGUUGUUUCUAAUGACAUUUCUGUGGUUUUUAACUUUUUAAUGAAUUUCACAGAGGACAAUUGGUAAUUUGUAUAUAAAGAACUUGGCAAGAGAAUUUGCUUAAUGUAAAUAUAAACAGUCACAAUUAGUAUAGACCCAUCGAUAUAUUUUUGAUAAUUUUUCAUGUAUGGUAAAGUUAAAAUGACAAAUUGAUAUUCUGAUAUAAAACUCAAAGUUUUGAAGUCAGUGGGAAAAAAGGAGGUUUUUAGACUUUCUUAAAAGACGUUAAAAUUUUAGGACAGAAUUUUCUUGAUGUUGUUUGAUCUAACUUUGCACUCUUUGAUAAUAAUGUUUUAGAUAAUGUGCGUAAUCCAAAUUGGUAUUGUAGCCUCUGUUAACACAGACAGUAUAUGUUUUAAACUUUGAUGUAAACCUUUUUAGACCCAAACUUGUGGAAGUAUCAUGUGUUAAGUUCUCUGUCUCUGUUUCUUUGUUCAUUUAUUACUAAAAUGAACUUGUUAUUAAAGUAUAUGCAAAUAUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-940.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -996.41
Frequency: 0.0000
Diversity: 715.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((..(((((.(((((((((((((((...))))))....((((..(((((((((.((.(((((....((.....(((.((((((........)))))).)))...))((((((((.(((((......)))))..((....)))))))))).......((((((.((.(.........).)).)))))).))))))))))))...))))))))....))))))))).)))))....((((((((((((....))))))))))))...(((...(((((.(((.((((((((.((((((...((........))..)))))..((.((((((((..((((.(((.(((....(((.......)))))))))))))..))..)))))).))...............).)))))))).)))((((((....(((((.(((.....(((((...(((((((((((......(((.((((....((((((.(...).))))))..((((((((((.(((((.(((((((((...(((((((((((((.(((...(((((....(((((...((((.(((.(((....))).))))))).....)))))....))))).))).)))))))))))))............((((((((........))))))))))))))))).((((((((..(((((.((((((((...)))))((((((((.((((.((.(((((((....))))..(((((((((((((((.(((((((..(((((((((...((((((((...(((((........)))))...))))))))...........((((((((.....((((((((((...((..((.......((((......)))).......))..))))))))))))....)))))))))).)))))))..))..)))..)).))))))))))))))).(((((((................(((((.((.....)).))))).........(((((....))))).....)))))))..(((((((...((((((((......(((...((.((((.....(((..(((.....(((((((....)))......)))).....)))..))))))).)).)))))))))))....)))))))))).)).)))).)))))((((.(((((.((((.(((((((((((((.((((.((((((((((((((......(((.....(((((((...(((..(((.((((.....(((.....)))...)))).)))..)))))))))).)))...)))))))))))...))).))))((((...))))...((((((..((((..((((((......(((((((...((((...(((((.(((((.(((......))).......((((.(((((((......(((.....)))....(((((.((((((.(((......................))).)))))).))))).......(((....)))..(((((((..((..(((((((((....)))))))))..)).(((.....)))((((((((.....))))))))((((.......))))...)))))))....((((((((((((((((.....)))))))((((((......)))))))))))))))..))))))).))))))))).)))))...))))(((.(((((.(((..((((......(((..((.(((.....((((....)))).....))).))..)))..))))..))).))))).)))))))))).((((.((((((..(((.....)))..)))))))))))))))).))))))))))......((((((.....))))))........((((..(((.......((((((.......((((......)))).)))))).....))).))))..........(((((........))))).....((.(((((...((((((......(.((((...((((.....)))))))).).....))))))...))))).)).))))))).)))))).))))..))))).))))((((.((((...)))).))))))).....((((((((........))))))))))).)))))..))))))))..))))).))))))))))(((((........)))))...)))).)))((((((........))))))))).)))))))))))))..))).))))).......))))))....(((((..........))))).....)))))....))).((((..(((((((((((.(((.((((((.(((((.((((((((.(.(((((....((((((((..((((((((.....))))))))..........((((((((((.....((((((((.(((((...((((((....)))))))))))(((((....(((((((((..((((.........))))..)))))))))...))))).....(((.((((........(((((......))))).........)))).)))(((............)))))))))))))))))))))((((((.((((................)))).)))))).....(((((.(((((((...)))))))..)))))........(((((((((....)))))))))............)))))))))))))).))))))))))))).))))))........(((((((..((((....))))..)))....))))............(((......))).....(((((((((((.....))))....(((((.(((......................))).)))))....)))))))))).)))))))))))...))))((((((((.......))))))))(((((((......))).))))...)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{(,..(((((.(((((((((((((((...))))))....((((..(((((((((.((.(((((....{,,,,.{{{(,((((((........)))))).)}).,.|.((((((((.(((((......)))))..((....)))))))))).,.....((((((.((.(.........).)).)))))).)))))))))))),..)))}))))....))))))))).))))).}..((((((((((((....))))))))))))..{(({..{{{{{,.(((,(((({{((.,((,(({{{,{.{{{,.,{||{{|||,|{,{,.||||||}}}}||}}}|||}|,|...})))}.}},}.,)))))}}}})}}..,,.})))),,,)),..............{{{||,,,))})),((((((....(((((.(((.....(((((...(((((((((({......(((.((((....((((((.{...}.))))))..{(((((((((.(((((.(((((((((...((((((((((({({(((,..({{,,....||,||,{|((((,(((,(((,,,.}}}.})))))},..},)})})....))))).},},)))))))))))))............((((((((........))))))))))))))))).((((((((..(((((.((((((((...)))))((((((((.((((.{(,(({((((....)))).,(((((((((((((((.((,({((..(((((((({...((((((((...(((((........)))))...))))))))...........((((((((.....((((((((((..{((((((,,(((.,,.......,,,)))))).)))),...))}))))))))....)))))))))),)))))))..))..}}}..)).))))))))))))))).,(((({(.........,,,....(((((.((.....)).))))).........(((((....))))).....,}},,,,..(((((((...((((((((......(((...,..,,..,....}{{{{{......,||||{{,..,,,|{((((..(((.....)))..)))))),..}},}}}))))))))....)))))))}}}.)).)))).))))){(((.{((((.((((.(((((((((((({{((((.((((((((((((((......(((.....(((((((...{((..(((.((((.....(((.....)))...)))).)))..)))))))))).)))...)))))))))))...))).))))|(((...)))}...((((({,.((((..{{{{{{,.....||{({(((,.((,{((((((((((.(((.(((......))).))}...((((.(((((((....,.(((.....))).,..(((((,((((({,(((..,.,...,....,........,,}.}}}))).))}}}...,}|}(((....))),{((({{,,||||,.(((((((((....))))))))).....(((.....)))((((((((.....)))))))),{{|,,,.,,,))))..}))))}}}....((((((({((((((((.....)))))))|{((((.,,...}))})))))))))))..))))))).)))){{{{{.((({((((((((((({..{{{,{,,,.,,,,.....,(({,.({.{{{.,,.,||||,...}})},.,|{|||.,,..})),.}))}.,,)))))))))))))))}}}},,,,,.,,((,,..|},))))))))}}}))}))}})))))),},)))}})))))......((((((.....))))))...,,,|.((({,.{{{{{,.......,,,..{,,,,((((......))))..|||}}|,....||,.|||,...{{{,..(((((........))))),,,..{|,||{{|,,.|||{{{}}.,,,|}{||||..{(((|,,,{}}|||,,}.,.....)))}}}.,,)))}),)).))))))).)))))).))))..))))).)))}((((.((((...)))).))))))}....,((((((((........))))))))))).)))))..))))))))..))))).)))))))))}(((((........))))}...)))).)))((((((........))))))})),}))))))))))))..))).)))))....,,.)))))).....{(({....})))..(((((.((........))))))){(((..(((((((((((.(((.{{{{{{.{{({{(((({{(,({(.{{{||.,..||||{(((,,((((((((.....)))))))}.,.{{({(({({((((((((.....((((((((.,,{((,,.(({{((....}}}}}}||||,,,|||}}},|((((((((..((((.........})))..)))))))),,||||{{}..,.|{{(.({({....,,..(((((.....,)))))....}}...)))}.}}}||{.},,,,.}}...,,}))))))))))))))))))}|||||,{{{,...|,|.,..||||..,}}}|,...|,,,,,.(((((.(((((((...)))))))..))))),{,,....(((((((((....})))))))}.....,{,{,,,|}}||||||||}).}}}})}}}))}}}}.}}}}}}..,,...,(((({((..((({....})))..)))....))))}.,,,,,,....||{,,,,..}},,{{{{,...}}})},|}},,,}}}}},,,|,,}|}}}}},,,,}},}}},..,|||.,,,,.,}},,}),}},,,})))}))).)))))))))))...)))}((((((((.......)))))))){(({,{{......},}.)))}...)))..
Back