Basic Information

Symbol
CSDE1
RNA class
mRNA
Alias
Cold Shock Domain Containing E1 D1S155E UNR Cold Shock Domain Containing E1, RNA Binding Cold Shock Domain-Containing Protein E1 N-Ras Upstream Gene Protein Upstream Of NRAS NRAS-Related Protein UNR KIAA0885 NRU
Location (GRCh38)
1:114716913-114758704
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001007553.3
Sequence length
4097.0 nt
GC content
0.4137

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1147.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1222.68 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 900.29
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001007553.3 NCBI
CCUACGUACCGGGCCGUGCUGCUUAUGGCGGCGCUGGAGAGGGGGCGCU… 4097 nt 0.4137
NM_001130523.3 NCBI
CCUACGUACCGGGCCGUGCUGCUUAUGGCGGCGCUGGAGAGGGGGCGCU… 4151 nt 0.4119
NM_001242891.2 NCBI
CCUACGUACCGGGCCGUGCUGCUUAUGGCGGCGCUGGAGAGGGGGCGCU… 4244 nt 0.4145
NM_001242892.2 NCBI
CCUACGUACCGGGCCGUGCUGCUUAUGGCGGCGCUGGAGAGGGGGCGCU… 3710 nt 0.4159
NM_001242893.2 NCBI
CCUACGUACCGGGCCGUGCUGCUUAUGGCGGCGCUGGAGAGGGGGCGCU… 3617 nt 0.4130
NM_007158.6 NCBI
CCUACGUACCGGGCCGUGCUGCUUAUGGCGGCGCUGGAGAGGGGGCGCU… 4004 nt 0.4111
Summary

Enables RISC complex binding activity; RNA stem-loop binding activity; and lncRNA binding activity. Involved in IRES-dependent viral translational initiation; regulation of gene expression; and stress granule assembly. Located in Golgi apparatus; cytosol; and plasma membrane. Part of CRD-mediated mRNA stability complex and mCRD-mediated mRNA stability complex. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the CSDE1 was differentially expressed in the hypothalamus, with 15 tags in control samples versus 4 tags in hypothermic samples, indicating its potential as an RNA marker for hypothermic diagnosis [Takamiya et al. DOI:10.1016/J.Jflm.2012.04.017].