Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001242893.2
Sequence Length
3617 nt
GC Content
0.4130
CCUACGUACCGGGCCGUGCUGCUUAUGGCGGCGCUGGAGAGGGGGCGCUGAGCUGUUGGGAUGAGCUUUGAUCCAAACCUUCUCCACAACAAUGGACAUAAUGGGUACCCUAAUGGUACUUCAGCAGCACUGCGUGAAACUGGGGUUAUUGAAAAACUGUUAACCUCUUACGGAUUUAUUCAGUGUUCAGAACGUCAAGCUAGACUUUUCUUCCACUGUUCACAGUAUAAUGGCAACCUGCAAGACUUAAAAGUAGGAGAUGAUGUUGAAUUUGAAGUAUCAUCGGACCGACGGACUGGGAAACCCAUUGCUGUUAAACUGGUGAAGAUAAAACAAGAAAUCCUCCCUGAAGAACGAAUGAAUGGACAAGAAGUGUUUUAUCUGACUUACACCCCUGAAGAUGUCGAAGGGAACGUUCAGCUGGAAACUGGAGAUAAAAUAAACUUUGUAAUUGAUAACAAUAAACAUACUGGUGCUGUAAGUGCUCGCAACAUUAUGCUGUUGAAAAAGAAACAAGCCCGCUGUCAGGGAGUAGUUUGUGCCAUGAAGGAGGCAUUUGGCUUUAUUGAAAGAGGUGAUGUUGUAAAAGAGAUAUUCUUUCACUAUAGUGAAUUUAAGGGUGACUUAGAAACCUUACAGCCUGGCGAUGAUGUGGAAUUCACAAUCAAGGACAGAAAUGGUAAAGAAGUUGCAACAGAUGUCAGACUAUUGCCUCAAGGAACAGUCAUUUUUGAAGAUAUCAGCAUUGAACAUUUUGAAGGAACUGUAACCAAAGUUAUCCCAAAAGUACCCAGUAAAAACCAGAAUGACCCAUUGCCAGGACGCAUCAAAGUUGACUUUGUGAUCCCUAAAGAACUUCCCUUUGGAGACAAAGAUACGAAAUCCAAGGUGACCCUGCUGGAAGGUGACCAUGUUAGGUUUAAUAUUUCAACAGACCGACGUGACAAAUUAGAGCGAGCAACCAAUAUAGAAGUUCUGUCAAAUACAUUUCAGUUCACUAAUGAAGCCCGAGAAAUGGGUGUGAUUGCUGCCAUGAGAGAUGGUUUUGGUUUCAUCAAGUGUGUGGAUCGUGAUGUUCGUAUGUUCUUCCACUUCAGUGAAAUUCUGGAUGGGAACCAGCUCCAUAUUGCAGAUGAAGUAGAGUUUACUGUGGUUCCUGAUAUGCUCUCUGCUCAAAGAAAUCAUGCUAUUAGGAUUAAAAAACUUCCCAAGGGCACGGUUUCAUUUCAUUCCCAUUCAGAUCACCGUUUUCUGGGCACGGUAGAAAAAGAAGCCACUUUUUCCAAUCCUAAAACCACUAGCCCAAAUAAAGGCAAAGAGAAGGAGGCUGAGGAUGGCAUUAUUGCUUAUGAUGACUGUGGGGUGAAACUGACUAUUGCUUUUCAAGCCAAGGAUGUGGAAGGAUCUACUUCUCCUCAAAUAGGAGAUAAGGUUGAAUUUAGUAUUAGUGACAAACAGAGGCCUGGACAGCAGGUUGCAACUUGUGUGCGACUUUUAGGUCGUAAUUCUAACUCCAAGAGGCUCUUGGGUUAUGUGGCAACUCUGAAGGAUAAUUUUGGAUUUAUUGAAACAGCCAAUCAUGAUAAGGAAAUCUUUUUCCAUUACAGUGAGUUCUCUGGUGAUGUUGAUAGCCUGGAACUGGGGGACAUGGUCGAGUAUAGCUUGUCCAAAGGCAAAGGCAACAAAGUCAGUGCAGAAAAAGUGAACAAAACACACUCAGUGAAUGGCAUUACUGAGGAAGCUGAUCCCACCAUUUACUCUGGCAAAGUAAUUCGCCCCCUGAGGAGUGUUGAUCCAACACAGACUGAGUACCAAGGAAUGAUUGAGAUUGUGGAGGAGGGCGAUAUGAAAGGUGAGGUCUAUCCAUUUGGCAUCGUUGGGAUGGCCAACAAAGGGGAUUGCCUGCAGAAAGGGGAGAGCGUCAAGUUCCAAUUGUGUGUCCUGGGCCAAAAUGCACAAACUAUGGCUUACAACAUCACACCCCUGCGCAGGGCCACAGUGGAAUGUGUGAAAGAUCAGUUUGGCUUCAUUAACUAUGAAGUAGGAGAUAGCAAGAAGCUCUUUUUCCAUGUGAAAGAAGUUCAGGAUGGCAUUGAGCUACAGGCAGGAGAUGAGGUGGAGUUCUCAGUGAUUCUUAAUCAGCGCACUGGCAAGUGCAGCGCCUGUAAUGUUUGGCGAGUCUGUGAGGGCCCCAAGGCUGUUGCAGCUCCUCGACCUGAUCGGUUGGUCAAUCGCUUGAAGAAUAUCACUCUGGAUGAUGCCAGUGCUCCUCGCCUAAUGGUUCUUCGUCAGCCAAGGGGACCAGAUAACUCAAUGGGGUUUGGUGCAGAAAGAAAGAUCCGUCAAGCUGGUGUCAUUGACUAACCACAUCCACAAAGCACACCAUUAAUCCACUAUGAUCAAGUUGGGGGGAAUCUGGUGAAGGGUUCUGAAUAUCUCCCUCUUCAUCCCUCCCGAAAUCUGGAAUACUUAUUCUAUUGAGCUAUUACACCAGUUUUAACACCUUCCUCGUGUUAUGUUUAAAAAAAUAAAUAAAUUUAAGAAAACCAUUUUAAAUAAUGCACAGUUGCAGCCUGGAAAAACUUAAGGUGGCGCCUUAUAGUAUCAAUUUUAGGAGCUUUAUUUGGUGCAUUUAACGCAACUGGUAAUUGCAGAAUCCACUUUGCCUGUGUAAGUGAAAAAUAUAGACUGUUAUCUUGUUGGCCCUAUGAAAUUCUGCACUUUUCAUUAUAUACUCUACCUUCAUUAAUUACUUCUGGCAAGAUGUUCUGCCUUAGCACUCAGUUGCAUUCUUUUCCUUUUUCUUCCUGUUCAUUAUGCUUUAAUUCUGAGGACCAUAUGAGGGUAGAAUAUAUUAUCUUUUAAAAAUUACAAAAAUUUGUAUAGGCAAACCAUUUCUUAAAGUUGAUGGCCAAAUUUUAAAAUGUUAUUUUUCAUAUCAUUUAUAAUCUUGUCACAAUCCACUUAAAGAAGUUUGGUUAUAUUUCAGUGAAAAUUUUCUUCCAGAGUAGGUUUUUUUUCGUGGGUUGGGGGGUAACUUUACUACAAUUAGUAAGUAUGGUGCAGAAUUUCAUGCAAAUGAGGAGUGCCAGCAGUGUGAUAAUUUAAACAUAUUUAAACAAAAACAAAAAAAAUGAAUGCACAAACUUGCUGCUGCUUAGAUCACUGCAGCUUCUAGGACCCGGUUUCUUUUACUGAUUUAAAAACAAAACAAAAAAAAAUAAAAAAGUUGUGCCUGAAAUGAAUCUUGUUUUUUUUUAUAAGUAGCCGCCUGGUUACUGUGUCCUGUAAAAUACAGACACUUGACCCUUGGUGUAGCUUCUGUUCAACUUUAUAUCACGGGAAUGGAUGGGUCUGAUUUCUUGGCCCUCUUCUUGAAUUGGCCAUAUACAGGGUCCCUGGCCAGUGGACUGAAGGCUUUGUCUAAGAUGACAAGGGUCAGCUCAGGGGAUGUGGGGGAGGGCGGUUUUAUCUUCCCCCUUGUCGUUUGAGGUUUUGAUCUCUGGGUAAAGAGGCCGUUUAUCUUUGUAAACACGAAACAUUUUUGCUUUCUCCAGUUUUCUGUUAAUGGCGAAAGAAUGGAAGCGAAUAAAGUUUUACUGAUUUUUGAGACACUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1015.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1081.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 679.84
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((.((.((.((((((((.....(((((((........)))))))...((((((((.(((.((((...)))).))).))).)))))...........(((((((.....))))))).)))))))).)).)).....(((((((............))))))).)))).........(((((((((((.((((.(..(((((((.((((((...(((.((((.((((((((((((((...........))))).(((((((((........)))))))))(..(....)..)((((...))))))))))))).))))((((((((((((((.....(((....................))).......))))))))))...))))..((((...........))))..((((.(((.((((((((((((...........((((........))))........((((.((((((((..((((((((((((.((((((........))).)))((.((.((((.((((.....(((((........)))))...))))..)))).)).)))))))))))....))).......(((((....)))))((((((.....))))))...))))))))))))...(((((((.....))).))))(((.((((((((.........((((((.(((((...(((....(((((..((.(((((..(((((.(((((.(((....)))..))))).))))))))))..))................(((((((..((((((....((((((...((((((...((.(((((....)))))))...)))..((((((((.(((((....))))).............(((...(.((((..((..((..((((((.(((((...........))))))))))).))..))..)))).)..)))......))))))))...........(((((((((((......((((.(((((..((((........(((((.....)))))....(((((((.(((((.(.(((.((((.......)))).))).))))))..)))))))((((((((((((...((........))...(((.((((((..((.(((........)))))..)))))))))..((((((.((((.((.(((..........))).)).)))).))))))......)))))))))))).))))..)))))))))..((..(((((((......)))))))....)).....(((...((((.......(((...(((((((.(((((((((....((((..((((((.((..((((((.(((((..((((....(((......(((((((..(((((....))))).((((((.....)))))).....(((..(((((.((((((((.((((.(.((((((((...((((((((((((.((((((((((....)))))).....((((.((((((...))))))))))((((((...(((((((.....)))))))............(((..((((..((((((((....))))).)))..))))((((((((((.................)))))))))).(((.(((((...))))).)))..))).............(((((((........(((((....((((((((((((......)))))))).(((((((((.(((((((((((.((((........(((((((((..(((.......)))..(((((.((.(((...........))).)).))))).))).))))))............(((((......((((((((.....))).)))))......))))).(((((....(((((.((((.....))))....(((((((..(((((((..............)))))))..))).)))))))))..))))))))).))).))))).)))...))))))))).(((((((.....))))))).(((((.(((.....)))...))))).))))......))))).....)))))))))))))((.(((.(((((((.((((...((((.(((((((.(((((.(((((....)))))..((((..........))))...((((((.((((....)))).))))))(((((((((.((((((..(((......((((((.....(((..(((...((.((((((.(((((((.(((..(((((.......)))))))).))..............)))))))))))))...)))..)))...))))))(((((((.(((..............))).).)))))).....)))...)))))).)))))))))...))))).)))))))))))....))))..)))))))))).)).....((((((((((((......)))).))))...))))...((((((.......))))))((((((......)))))).((((((((......))))))))...)))))))))))))))).....(((((((((...)))))).)))............(((....((((.(((((((((((((...(((((..............))))))))))..((...(((((((((.((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((...........((((........))))...(((......))).................((((....((((.....))))....))))....))))))))))).)))))..........(((((.....)))))((((((.(((((...(((((.((((.(((((.(((..((..(((((.(((.....))).)))))..))..))).).).))).)))).)))))))))).))))))...)))))))....((((((((..((.(........).))..))))))))..((((.((((....))))))))..))))))))))))))).......)))...)))))))).)))))).))))....)))))..))..............))))))))))))...)))(((((..........))))).)))))).))).))))...)))))))))))))..)))...((((((((((((....(((........))).....))))))))))))...(((((((....)))))))(((((.((((...))))))))).....)))))))..)))....).)))..))))).))))))..))..)))))).))))))))))))).)))))))......))).......))))...)))..)))))))))))))).(((((......)))))))))))..(((((.(((..(((((((((........)))))))))..))).))))))))))).....)))))))..))))).))))))))))))))........))))))))))))))))))))))).)))))))..)))....)))))).....)))))))..))))))))))).))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
....,((,.((.((.((((((((...,.(((((((........))))))}..,((((((((.(((.((((...)))).))).))).))))}...........{((((((.....))))))}.)))))))).)).))...,.(((((((..,......,,.))))))).,))),......,,(((((((((((.((({,(..(((((((,((((((.,.{((,((((.(((((((({(((((...........))))).(((((((((........))))))))){..{,...},.,((((...))))})))))))).)))){|||((((((((((.....{{{{{,.................))).......))))))))))...,,,,..((((...,....}..))))..((((.(((.((((((((((((...........,{{{.{{{{....)))}...,,..((((.((((((((.,,{,(((((((((.((((((........)))},))((.((.((({{((({.....(((((........)))))...))))}.}))).)).)))))))))))...,|||....}}}|((((....)))),((((((.....))))))...))))))))))))...{((((((,...,)))},))}{((.((((((((.....,...((((((.(((((...(((....(((((..((.(((((..(((((.(((((.(((....)))..))))).))))))))))..)}................(((((((..((((((....((((((...(((,((,,,((,(({{{..,,}}})))).}}),,..((((((((.((((({{..|}}}}........}}}}}|{{.{{{,({,,.,,,|||,,,|(((((.(((((...........}))))}))))).,,..}},|},}.,}},.........)))))))),..........(((((((((((......((((,,((((.,({{(..,,....(((((.....)))))...,(((((((.(((((.(.(((.((((.......)))).))).))))))..)))))))((((((((((({...((........))...{(,{((((((..,,.(((........))),}..))))))))}..((((((.((((.{{.(((..........))).}}.)))).))))))......)))))))))))).)))).,)))))))))..((,.(((((((......)))))))....)}.....,,....(((,.......|||...(((((((.(((((((((.,,,({{{..{{{{{(.((..((((((.(((((..((((....(((......(((((((..(((((....))))).((((((.....))))))...,|{({,.{((({.((((((((.((((.(.((((((((...((((((((((({{((((((((((....)))))).....((((.((((((...)))))))))){(((((...(((((((.....))))))).,,.,,,.....|||,.((((..((((((((....))))).)))..))))((((((((((...,,.....,}.....)))))))))).(((.(((((...))))).)))..,||,..{||......}||{{|||........(({{{....{{{.((((((((......)))))))).(((((((((.(((((((((((.((((........(((((((((..(,({{.{{,,||}..{{{{,.({.{{{..........}))),)},))})}.))).))))))..,.....,...{{{{{.,{{..{(((((((.....))),}))))......}}}},.(((((.,..(((((.((((.....))))....(((((((..(((((((..............)))))))..))).))))))))).,))))))))).)))}))))).)))...))))))))).(((((((.....))))))).(((((.(((.....))}...})))).|,||,.....}))))...,,)}}}})))))}),((.(((.(((((((.((((...((((.(((((({.(((((.(((((....)))))..((((..........))))...((((((.((((....)))).))))))(((((((((.(((((((((((((((({((((((.,...(((..(((...((.((((({.(((((,,.{{{..((((({,,....,}}},,))}))}}}...........)))))})))))))...)))..))).,.)))))).}}|...,})))))))))...........|...................))))).)))))))))...))))).}))))))))))....))))..)))))))))).)).{{{.((((((((((((......)))).))))...)))),}}|(((((.......)))))}{(((({......))}}}}.((((((((......))))))))...)))))))))))))))).....{({((((((...)))))).))).,}.........(((....{{{,(((((((((,,(((,..{{,,,.,,,......||,,}}}}}|||}},,||,..,,||{{{{{.((((((.(((((((((((((((((((((((((({{{(({,(((((.(((((((((((...........((((,({...}}))))...(({....,.})}........,,.......,,,,,...,.,|.}}..,,,....))))}....))))))))))).))))}...........,,,{,,,..,,,}}|(((((.(((((...(((((.((((.(((((,{({,,{,,,(((((.(((.....))).)))))..))..)))}),,.,)).)))).)))))))))).)))))}...}}))))},...{(((((({..{{.(........).))..}))))))}..{{{((((((....)))))))}..))))))))))))))).......}))...)))))))).)))))).}|||....,,})},.,...............)))))))))}}}...)))(((((..........))))).)))))).))}.))))...))))))))})))}..,,,...((((((((((((....(((........))).....))))))))))))...(((((((....)))))))(((({,((((...))))))))).....))))))),.)))....),}))..))))).))))))..)}.,}))))),)}}}))))))))).)))))))....,{|||,....,.}}}}.,,)))}}))))))))))))}).(((((......))))))))))).,(((((.(((,.(((((((((........))))))))).,))).))))))))))).....)))))))..))))).))))))))))))))...,....))))))))))})))))))))))).)))}}}),,}...,..)))))).,,..}))))))..)))))))))))}})))).
Back