Basic Information

Symbol
CSF2RA
RNA class
mRNA
Alias
Colony Stimulating Factor 2 Receptor Subunit Alpha AlphaGMR CD116 CSF2R Colony Stimulating Factor 2 Receptor, Alpha, Low-Affinity (Granulocyte-Macrophage) Granulocyte-Macrophage Colony-Stimulating Factor Receptor Subunit Alpha Alpha-GM-CSF Receptor GM-CSF-R-Alpha CD116 Antigen GMCSFR-Alpha GMR-Alpha CDw116 CSF2RY Granulocyte-Macrophage Colony-Stimulating Factor Receptor Alpha Chain Colony Stimulating Factor 2 Receptor Alpha Subunit GM-CSF Receptor Alpha Subunit CSF2RAX CSF2RAY CSF2RX GMCSFR SMDP4 GMR
Location (GRCh38)
X:1268779-1325373
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_172245.4
Sequence length
1815.0 nt
GC content
0.4915

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-571.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -606.94 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 427.67
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_006140.6 NCBI
ACUCAGAAGCGGGAGUCUCCGAGAGAAGAAAAGCAGGUGGAAGGAGAGG… 1839 nt 0.4932
NM_172245.4 NCBI
ACUCAGAAGCGGGAGUCUCCGAGAGAAGAAAAGCAGGUGGAAGGAGAGG… 1815 nt 0.4915
NM_172246.4 NCBI
ACUCAGAAGCGGGAGUCUCCGAGAGAAGAAAAGCAGGUGGAAGGAGAGG… 1660 nt 0.4922
NM_172247.3 NCBI
ACUCAGAAGCGGGAGUCUCCGAGAGAAGAAAAGCAGGUGGAAGGAGAGG… 1718 nt 0.4901
NM_172249.4 NCBI
ACUCAGAAGCGGGAGUCUCCGAGAGAAGAAAAGCAGGUGGAAGGAGAGG… 1442 nt 0.4917
Showing 21 to 25 of 25 entries
Summary

The protein encoded by this gene is the alpha subunit of the heterodimeric receptor for colony stimulating factor 2, a cytokine which controls the production, differentiation, and function of granulocytes and macrophages. The encoded protein is a member of the cytokine family of receptors. This gene is found in the pseudoautosomal region (PAR) of the X and Y chromosomes. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene, with some of the isoforms being membrane-bound and others being soluble. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CSF2RA is involved in the hematopoietic cell lineage pathway according to KEGG analysis following radiation-induced lung injury [Li et al. DOI:10.1177/1559325819891012].