Basic Information

Symbol
CSTF3
RNA class
mRNA
Alias
Cleavage Stimulation Factor Subunit 3 CstF-77 Cleavage Stimulation Factor, 3' Pre-RNA, Subunit 3, 77kD Cleavage Stimulation Factor 77 KDa Subunit CF-1 77 KDa Subunit CSTF 77 KDa Subunit Cleavage Stimulation Factor, 3' Pre-RNA, Subunit 3, 77kDa Cleavage Stimulation Factor, 3' Pre-RNA, Subunit 3
Location (GRCh38)
11:33077188-33162371
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001326.3
Sequence length
2812.0 nt
GC content
0.4058

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-744.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -796.34 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 810.75
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001033505.2 NCBI
AAUUCAUAUUUGAGUGGGCGGUGGCGAUUGGUGUUGGCGGUCUGGCUCA… 616 nt 0.4075
NM_001033506.2 NCBI
AAUUCAUAUUUGAGUGGGCGGUGGCGAUUGGUGUUGGCGGUCUGGCUCA… 738 nt 0.3916
NM_001326.3 NCBI
AAUUCAUAUUUGAGUGGGCGGUGGCGAUUGGUGUUGGCGGUCUGGCUCA… 2812 nt 0.4058
Summary

The protein encoded by this gene is one of three (including CSTF1 and CSTF2) cleavage stimulation factors that combine to form the cleavage stimulation factor complex (CSTF). This complex is involved in the polyadenylation and 3' end cleavage of pre-mRNAs. The encoded protein functions as a homodimer and interacts directly with both CSTF1 and CSTF2 in the CSTF complex. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in rhesus macaques demonstrated that chronic ethanol self-administration broadly alters brain transcriptomes, where the CSTF3 was identified as a gene whose expression in the central nucleus of the amygdala was negatively correlated with ethanol intake and associated with splicing-related functional categories [Iancu et al. DOI:10.1111/Adb.12501].