Basic Information

Symbol
CTNND2
RNA class
mRNA
Alias
Catenin Delta 2 NPRAP GT24 Neurojungin Catenin (Cadherin-Associated Protein), Delta 2 (Neural Plakophilin-Related Arm-Repeat Protein) Catenin Delta-2 Catenin (Cadherin-Associated Protein), Delta 2 Neural Plakophilin-Related Arm-Repeat Protein Neural Plakophilin-Related ARM-Repeat Protein T-Cell Delta-Catenin Delta-Catenin
Location (GRCh38)
5:10971836-11904446
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001332.4
Sequence length
5888.0 nt
GC content
0.5528

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2130.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2235.10 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1630.04
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.(((((.((((..((((((.(((((.(((((.........(((((.(.....).)))))((((........))))..(((.((((..((((((((.(((((((((.(...(((((((((.((((((((((((((((((...((((((((((((.(.(.(.(((((((.((((((....(((.(((((..(((.((((((((((....(((..(((((((((((..(.(((....).)))..)))))))))))((((((.((((.(((((.((((..(((((((((((.(((((((.((.(((.((.((((...)).)))).))).)).(((((.((.((((((((((.((((.((.(.(((....))).)((((.((.(((.(((((((((((.....(((..(((.....)))..))).))))))))))).))).)).)))))))))).)))))))))).))..))))).((((.((((...((((.....))))...))))((((((((....))))))))))))..))))))).)))))).)).))).....)))).))))))))).))))))(((((..(((((..(((((...((...((((((((.(((((((.(((((..((((((.(((((.(((((((((........))(((((.(((......))).)))))(((((................))))).))).)))).)))))..((((.(((((((((.((((..((((((...((((.(......).))))....))))))..))))((((((.((((..(((......)))))))..)))))).((((.......))))......(((((((...((.(((((.......))))))).......))))))).))))))).....)).))))..................((((((.....))).))).(((((((.((.(((((((.........))))))).)).(((.((((.(((((.((((..........((.((((((((...))))((.(((...))).))..)))).))..........))))..))))).....))))))).)))))))..))))))..)))))(((((((...(((((......)))))....(((((..((((((.(((.(........).))).)))))).)))))...)))))))...........))).))))..))))))))..)))))))..))))).))))))))...))))))))))..)))....))))).))))))))).))))))).).)).))))...)))))))).)))))))))))((((((((((..((....((((.....))))...((((.((((.((((((...)))))))))).))))....(((((...)))))....))..).))))))))).))))))).))))))))).).))).).))))).)))))))).)))))))..))).))))))).)))))).))))..)))))...((..((((.(((.((((......((((......)))).((((.((((((.....(((((((((.((.((((((((.((.(.(((((((((.((.((.((((...((((((((.((((((.((((.(((.(...((((((...((.((((.(((.((..((((((((.((((((.....(((((((..((....))....)))))))(((.(((((..........))))))))..((((((..((((((...((((((((((..((.....)).((((.((..((((((........))))))....)).))))........(((((((...)))))))......((.(((...))).))....)))))))...))))))))).))))))(((((..((((((((((((..((...((..(((...((((..((((((.............((.(((((((((((((((((((((((....(((..(((.((.((((.........))))..)))))..)))......(((((.((......)).)))))..............(((.......)))...)))))))..((((((.(((((.(.((((((..........(((((((..(((..(...(((..((((((((((((..((((((((((((((((......)))).................))))))).).)))).(((((((...(..(((((......)))))..)..)))))))....((((((.((....((((..((((.((((...(.(((.((((((((.................))))))))))).).)))).))))..)).))....))))))))...(((((..((((....)))).))))).(((((((((((((..((..((((..(((.(((((.(((((..((((.(.((.........................)).))))).)))))))))))))(((((...((((.(((..((((..((((..((.((((...)))))).))))))))))))))))))))..)))).))((((((((.......((.((((((((((....))).((.((........))))(((((...((((((.....))..))))....)))))......))))))).)).......)).))))))...)))))))))))))....))))..)))))))).)))...)..)))..)))))))..))))))).))))).))))))...((((((((.((.(((((...((...))....))))).)).))).)))))))))).).).))).)))))).)).............))))))))))......)))..))....))....))))))))))))...)))))..)))).))...))))).)))....)))))..)))).))...)))))).)))).))))...))).)))...))))...))))...)))).)).))..............((((((.......))))))...(((((((.(((((.(((((((((((..((((.....((((((.((((((.((((...)))).....((((....(((.........(((((.((((.((((...(((((.....)))))..))))(((((((.((((((((.......))))))))...((((((((((..(........)..)))))).))))...........)))))))....)))).))))).........)))....))))(((((((((((((((((((((((((.(((.((..(((((((((((...(.(((.........(((....)))......(((.((.(.(((...)))).)))))((((....))))...............))))...))))))))))))).).).).)))))...)))).)))).)))))))))))).(((....((((......((((((..(((..((((..((..((((((...)))))).....)).)))))))((((((.........))))))......))))))....))))....)))))))))..)))))).........))))))))))..)).))))))))))).)))).....)))))).))).)((((.......)))).(((((((((.........(((((((.((......)))))).)))((((((((((((((.(..............).)))))).......(((((((((((....((((..((((((..((((.....((.....(((.......)))....)).....))))......(((......))).........))))))...))))....((((((((((.......)).))(((((((...((.((((((............(((((....)))))(((((((((((((...................((((....(((((((..(((....(((((.(((.((((((((....((((((((...((.(((((............))))).....((.((((((....))))))))(((..((..((((..........))))))..)))..))...))))))))......((.((((.....(((((.......))))))))).)).....(((....)))...((((..(((.((.(((.((((((((..(((..(((((.......)))))..)))...))))....))))...))))).))).))))......((((((((........)))))))))))))))).)))........((((....))))..)))))...))).)))))))..)))).........(((((.((...((((((((....(((..(((.((.((((....))))))..))).)))....))))))))...)).)))))..)))))))).))))).)))))).)))))))))..........)))))).......))))..)))))))..)))))))))))))))))......)))))))))).))..)))))).)))..........((((((.............)))))).))))))))))(((...((((((((.(((((.(((...((((.........(((((((((((((..(((.((((((((((...((((((....)))))).(((((((((.((((..((((((.((((.....)))).))))))......((((((((((((((((((((...)))).)))))).((((((..........))))))((((.(((((..(((((..........))))).))))).))))......)))))))))).............)))).)))))))))..........))))......)))))).........((((((..(((((((.(((((....(((((((....)).)))))(((((...((((.(((.((((((........................))))))..))).)))).......))))).........(((((((((...(((((.......))))).........(((((((((.((((........)))))))))))))............))))).))))(((((..((.((((((((.(((((..((((.......))))...))))).))))))))))..)))))...((((((((((((((.((...((((....(((............(.(((.(((......))).))).)..((((((((.(((((....((((((.....(((.......(((((...(((((((((...(((......)))....))))))))).............)))))...)))....))))))....)).))).)))))))))))....))))...)).))))))))))))))..(((.((..(((.........)))..)).)))...))))).........)))))))))))))..)))..)).....((((((.((((((((........)))))))).((((.((....(((..(((((((.(((.....((.(((((.....)))..)).)).)))))))))))))...)).))))...........)))))))))))))))))))))...))).)).))).))))))))..))).....((((.....((.....)).....))))..(((((((.....)))))))....))))...)))))))..)).....)))))........(((((.(((......................)))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((.{,((({((((..((((((.(((((({((((.,,,(,{{{(((.((((.({,...))),})}}..))},..))})}.(((.((((..((((((((.(((((((((.{...(((((((((.((((((((((((((((((...((((((((((((,(,({({(((((((,(((,(((..{((({(((((..,||}|||,||||{{}}}.|||}.|||||||((((,.{.|||{,{{{,|||,.|||||||||||((((((,({{,.,,|||}|{{{,,{(((((((((({(((((((.((.(((.((.(((({{.||.,}))}))).))}|{|||.{|}|{{|{(((((,({{(,((.(,(((.,,.}||,|((((.{(,(((.((((((({{{|,.,..|,{,|{|{,|,,.})))}})),))))))))})),))).)),)))))))))).}}}}}))})),))},)}}))}||||.{{{{...{(((,....}))),,.}}}|((((((((....))))))))),,,.,}}}||||{|}||}},}|,))),,,,|}}}}.}}}}))})},)))))}{{{{{..||{{{..,,,}}}}.||..,)|||||||}|||||||,{((((,.((({((,{(((({(((,((((({{{,.,{{{{(((((.(((....,,|||,}||||{{{{(|,,.............|||||{((({||||...)))}........,,)))}}}||||..{{{{{{...{{{{.|,,,,,.}.))))....))))))..}))),|||||.((((|.{(({....,))),}}),|))}}))}||||,.,||,,||||{....|(((((({|{.((.{{{||.,,..,,|||||}}....,,.},}|||}.,||||,|{{....)|},)}|,....}},.}}...,,}}}}}}}....,,})))))}((((((({((.(((((({...,....,))))))).,{,((,,,,|||||{{,.||||..,.,}}}..,|||((((((({,.||,|((,(({..,))),))..{{{{{.,...........)))}})))))}))),.,,.))),}))))))..}}))))..}}}},(((((((...(((({......)))),....(((((..((((((.(((.{........}.))).)))))).)))))...)))))))........{{{,||{{||,..,)))))),}}),)),))}})))))})))))))))}}))))))}}||..|}}},,,|)})},}))}|||||{|,|,,,..,.))}))))}.})))))))),)))))))))||(((((((((,..,,....((((.....||||,,,((((.((((.((((((...)))))))))).))))....|||||,,.,)}}}....)),,).)))))))))}))))))).))))))))).}.))).).))))).)))))))).)))))))..))).))))))).)))))).))))..||,,,..,{{,,{.||,.({{{{,........{{{||...,,{((({(((.((((((.....(((((((((.((.((((((((.((.({(((((((((,((.((.((((...((((....((((((,..,,((((({{.,..((((,....((((((((..((.(((({((((({.((((((.((.,((((((..((....))....))))))|(((.(((((........|.)))))))}|,(({({{..(((|{{...|.|||||{{,..||.||,.}}.{((({....{{||||......,,))}|}|{{{.||{||.|{,......(((((((...))))))).((((...))))....,..,|{{{{|,|||||...||}}}},}).))))))|||,{..((((((((((((.......((..({{...((((..((((((...,,.,..,.,.((.((((((((({{(((((,(((((({...(((,.(((.((.((((.........))))..)))))..}}}......(((((.((......)).))))).,,,{,,......{{({.......}}}.,.}))))}}..((((((.(((((.(.((((((..........(((((((..(((..(...(((..(((((((((((({{((((((((((,,{(((......)))}...,,,.....,,,..,|||||,|{|.||||,((,,{{{|,|{,.{((,{.,....}}}))|||.}},}}}}},}}},||}}}|||,...((((..((({.((((...{.(((.((((((((.................))))))))))).}.)))).})))..)).))..,})),)))))}}.(((((,.((((....)))).))))).(((((((((((((,.((..((((..(((.(((((.(((((..((({.(.{{,........................)).))))).)))))))))))))((((({,{((({.,,({{{({(..(((({.,,.||||}.,,}}))).}})))))}},,,}}))))))..)))).))((((((((.......((.((((((({((,,{{,,,.||,,,........,,|,((((({{.((((((.....))..)))).,}.))))).,,,..))))))).)).......)).))))))..,)))))))))))))....))))..)))))))).)))...)..)))..)))))))..))))))).))))).))))))...{{{||{{{|((,{{{{{...||,..)),}}.)))))}}},})).)))))))))).,.}.))).)))))).)).}...,.,}....))))))))))......}}}..}}....))....))))))))))))...))))}.})))).)),..,)})).)))))).).)))))))))..)}..))))))),),,..))))...),))))))))))))..))))...)))).}}.,}..,...........((((((.......)))))){{{(((((,((((((((((,{{((((((...........(((..{{{,({,,{((({..|}},.....,|||...,,||......{{{{,,.....|})}},.....,,|||.}},,)))))}})))}(((((((.((((((((.......))))))))...{(((((((((..(........}..)))))).)))}...........)))))))..{{|,.,.))),)}))}}},....,..,,{.{{(((((((((((((((((((((((((.({,.(,(.{((((((((((...,.{,,.....,{{..(((.,.(((......))).||.}}|.|}}.|||,...))){(((....,)))......{,,......})))...)))))))))))),}..}.).)))))...)))).)))).))))))))))))..||,|||.,........((((((..(((..((((..{(..((((((...)))))).....}}.))))))).))))))........(((((.......)))))....||}}}..,||||},.|{{{{|||||{{.{{.{{...,,)),)),,.}))})))))))))))}}}}}....,}}}})),}}),,{|{{..,,...)))).(((((((((,........(((((((.((......)))))).))){{{{{{{{((((((.{..,,........}.).)))))),,,,,,.(((((((((((....{(((..((((((..((((,,...{{.....(((.......)))....)}.....)))).}....(((......))).........))))))...)))}....{{{{{{,.{{.....,,|}.,,((((((({..,(.((((((............(((((....)))))(((((((((((((...................((({....(((((((..(((,...(((((,({(,,{{,,{({....(((((((,...,,.{{{{{..,.,{......)})}),..,,||.((((((....))))))}}|||,..,..{{((,{,,.,,,,,|}||||..,,,..||,.{|||||}}},{(({.{,,(,,.....}}|,)}}}}..,,)))),))},{{{..,,.{((,...}},.,,,..,...,|,{{(....,,,|||,||.,,,}}||}}}))}}).)))).}|.))||{,{}|{|||}}}}}..,})})).))))).)),,....((((((((........)))))))).,,,,,}|.|||{,,,,...||||||,..|||{,}}|||...))).)))))))..)))).,...,,..(((((.{(,..((((((((....(((..(((.(,.((((....)))),,..))).)))....)))))))).},}).)))))..)))))))).))))).}))))).))))))))),{,|||.|..}}})))}}},...))))..))))))).})))))))))))))))))....}})))))))))).))..)))))).)))..........((((((.............)))))).)))))))))|(((...((((((((.((({{,(,,...,(((.{{{{....((((((((((((((..((....))..)))...((((((....)))))).(((((((((.((((..{(((((.((((.....)))).)))))}......((((((((((((((((((((...))))}}))))).(({(((..........}}}))},,,{.{{{{(|{,((,,,{{{{,....)))))})},)).|{{....))})))))))))).,,.......,,.)))).)))))))))..........((((((((({.((((({,.,,.....((((({.{,.(((,.,,(({..(((((((((....)).))))))),)))..,,||}.,..,||||}}.....,,.,,.}}}}}.{{{{..|||,,..})))})),)))))).)))){{{,....}}||,{{,,,{{{.,(((((.......}})))..)}}....(((((((((.((((,......,)))))))))))))..........{(((((((..((((((...((.((((((((.(((((..((((.......))))...))))).)))))))))).{{{(({,..((((((((((((((.((,..({{{.,||||,.,.........,{{((((((({,,,,|}}}.}}}|,..((((((((.{{({(....{({(((.,,..(((.......{||||...(((((((((.{.(((......)))..,.)))))))))...,,,.....,,|}}}},..}}},...)))))}....))}})).}))))))),}},,,,)))).,.)),))))))))))))))..(((,{{..{,(,,......}))}..}}.}}}..,},,,.,{{{{{............)))))}...{((((...,{(({...|||||||))))}..,,{|,,.}))},,,{,{,....|||..(((((((.(((....,{{.{{(((.....)))..,).)).)))))))))),,))},.)))))))))))))}......,,,)))))))))))},,)}}},))})).))).))))))))..))),....|||}...,,,|,,...},..})})))}}},}}}....{{||{(((({{....)}.)))),.))))),))}}....)))))........(((({,(((...,{............,,...)))))))).......

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001288715.1 NCBI
GUUCCUUUUAGCCGUGGUGCAGGGAGGGAGGAGGGAGGUGGGUAGGAUG… 5289 nt 0.5220
NM_001288716.1 NCBI
GUUCCUUUUAGCCGUGGUGCAGGGAGGGAGGAGGGAGGUGGGUAGGAUG… 4551 nt 0.4878
NM_001288717.2 NCBI
GCACCCGGGGCCGGUUUCGGCGGCGGGGCGGACGCUCCCUCACUAGCCG… 5323 nt 0.5302
NM_001332.4 NCBI
GCACCCGGGGCCGGUUUCGGCGGCGGGGCGGACGCUCCCUCACUAGCCG… 5888 nt 0.5528
NM_001364128.2 NCBI
ACUGGGCUUGUGGUAUCUCUGAUAUGUCUUGCUUUGCUUUCUUUUAAAC… 4790 nt 0.4881
Summary

This gene encodes an adhesive junction associated protein of the armadillo/beta-catenin superfamily and is implicated in brain and eye development and cancer formation. The protein encoded by this gene promotes the disruption of E-cadherin based adherens junction to favor cell spreading upon stimulation by hepatocyte growth factor. This gene is overexpressed in prostate adenocarcinomas and is associated with decreased expression of tumor suppressor E-cadherin in this tissue. This gene resides in a region of the short arm of chromosome 5 that is deleted in Cri du Chat syndrome. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Dec 2013]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.