Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001364128.2
Sequence Length
4790 nt
GC Content
0.4881
ACUGGGCUUGUGGUAUCUCUGAUAUGUCUUGCUUUGCUUUCUUUUAAACUGUUUGCGAGUGAAAGCAGAAAUUACCAUAGGAUAAUUCAGCGUCCUGACUUUUUCGAGGCUGUUCUUCACUCCCUUCUCGGUUUUUGAGCUGCUCUGUGGUUCCUUUUAGCCGUGGUGCAGGGAGGGAGGAGGGAGGUGGGUAGGAUGCCAGGAACCGCCUGCUCCACAGCCUGGGGAAGGAGGGAAGAGUAACCCUUCAUCUUUGGGACUAGUCGUCUUGUUUGCCUAGACUACAGUUUUCAAGUAUUUAAGGACCAUUUAUUUCAAAAGGUACAGUAAAGGAAUUACAGUUUGAAAGGCUGACCCGAGAGCUGGAGGCUGAACGGCAGAUCGUAGCCAGCCAGCUGGAGCGAUGCAAGCUCGGAUCCGAGACUGGCAGCAUGAGCAGCAUGAGUUCAGCAGAAGAGCAGUUUCAGUGGCAGUCACAAGAUGGUCAAAAAGAUAUCGAAGAUGAGCUUACAACAGGUCUCGAGCUGGUGGACUCCUGUAUUAGGUCACUACAGGAAUCAGGAAUACUUGACCCACAGGAUUAUUCUACAGGUGAAACUGGUUCCCGAGCCUCAUACAGCAGCCAGCAUGGGCACCUGGGCCCAGAGUUGCGGGCCCUGCAGUCCCCAGAACACCACAUAGAUCCCAUCUAUGAAGACCGCGUCUAUCAGAAGCCCCCUAUGAGGAGUCUCAGCCAGAGCCAGGGGGACCCUCUGCCGCCAGCACACACCGGCACCUACCGCACGAGCACAGCCCCAUCUUCCCCUGGUGUCGACUCCGUCCCCUUGCAGCGCACAGGCAGCCAGCACGGCCCACAGAAUGCCGCCGCGGCCACCUUCCAGAGGGCCAGCUAUGCCGCCGGCCCAGCCUCCAAUUACGCGGACCCCUACCGACAGCUGCAGUAUUGUCCCUCUGUUGAGUCUCCAUACAGCAAAUCCGGCCCUGCUCUCCCGCCUGAAGGCACCUUGGCCAGGUCCCCGUCCAUUGAUAGCAUUCAGAAAGAUCCCAGAGAAUUUGGAUGGAGAGACCCGGAACUGCCGGAAGUGAUUCAGAUGUUGCAGCACCAGUUUCCCUCGGUCCAGUCUAACGCGGCAGCCUACUUGCAACACCUCUGUUUUGGAGACAACAAAAUUAAAGCCGAGAUAAGGAGACAAGGAGGCAUCCAGCUCCUGGUGGACCUGUUGGAUCAUCGGAUGACCGAAGUCCACCGUAGUGCCUGUGGAGCUCUGAGAAACCUGGUGUAUGGGAAGGCCAACGAUGAUAACAAAAUUGCCCUGAAAAACUGUGGUGGCAUCCCAGCACUGGUGAGGUUACUCCGCAAGACGACUGACCUGGAGAUCCGGGAGCUGGUCACAGGAGUCCUUUGGAACCUCUCCUCAUGCGAUGCACUCAAAAUGCCAAUCAUCCAGGAUGCCCUAGCAGUACUGACCAACGCGGUGAUUAUCCCCCACUCAGGCUGGGAAAAUUCGCCUCUUCAGGAUGAUCGGAAAAUACAGCUGCAUUCAUCACAGGUGCUGCGUAACGCCACCGGGUGCCUAAGGAAUGUUAGUUCGGCCGGAGAGGAGGCCCGCAGAAGGAUGAGAGAGUGUGAUGGGCUUACGGAUGCCUUGCUGUACGUGAUCCAGUCUGCGCUGGGGAGCAGUGAGAUCGAUAGCAAGACCGUUGAAAACUGUGUGUGCAUUUUAAGGAACCUCUCGUACCGGCUGGCGGCAGAAACGUCUCAGGGACAGCACAUGGGCACGGACGAGCUGGACGGGCUACUCUGUGGCGAGGCCAAUGGCAAGGAUGCUGAGAGCUCUGGGUGCUGGGGCAAGAAGAAGAAGAAAAAGAAAUCCCAAGAUCAGUGGGAUGGAGUAGGACCUCUUCCAGACUGUGCUGAACCACCAAAAGGGAUCCAGAUGCUGUGGCACCCAUCAAUAGUCAAACCCUACCUCACACUGCUCUCUGAGUGCUCAAAUCCAGACACGCUGGAAGGGGCGGCAGGCGCCCUGCAGAACUUGGCUGCAGGGAGCUGGAAGGGCUGGGCUGAGGAUGUGGCAGGCAUGGCAUAUGCCCUACGUUCACUGCCAGAGGGGGCUCCCUGCCUGCCACAGUGGUCAGUAUAUAUCCGAGCCGCUGUCCGAAAAGAGAAAGGCCUGCCCAUCCUCGUGGAGCUGCUCCGAAUAGACAAUGACCGUGUGGUGUGCGCGGUGGCCACUGCGCUGCGGAACAUGGCCUUGGACGUCAGAAAUAAGGAGCUCAUCGGCAAAUACGCCAUGCGAGACCUAGUCCACAGGCUUCCAGGAGGGAACAACAGCAACAACACUGCAAGCAAGGCCAUGUCGGAUGACACAGUGACAGCUGUCUGCUGCACACUGCACGAAGUGAUUACCAAGAACAUGGAGAACGCCAAGGCCUUACGGGAUGCCGGUGGCAUCGAGAAGUUGGUCGGCAUCUCCAAAAGCAAAGGAGAUAAACACUCUCCAAAAGUGGUCAAGGCUGCAUCUCAGGUCCUCAACAGCAUGUGGCAGUACCGAGAUCUGAGGAGUCUCUACAAAAAGGAUGGAUGGUCACAAUACCACUUUGUAGCCUCGUCUUCAACCAUCGAGAGGGACCGGCAAAGGCCCUACUCCUCCUCCCGCACGCCCUCCAUCUCCCCUGUGCGCGUGUCUCCCAACAACCGCUCAGCAAGUGCCCCAGCUUCACCUCGGGAAAUGAUCAGCCUCAAAGAAAGGAAAACAGACUACGAGUGCACCGGCAGCAACGCCACCUACCACGGAGCUAAAGGCGAACACACUUCCAGGAAAGAUGCCAUGACAGCUCAAAACACUGGAAUUUCAACUUUGUAUAGGAAUUCUUAUGGUGCGCCCGCUGAAGACAUCAAACACAACCAGGUUUCAGCACAGCCAGUCCCACAGGAGCCCAGCAGAAAAGAUUACGAGACCUACCAGCCAUUUCAGAAUUCCACAAGAAAUUACGAUGAGUCCUUCUUCGAGGACCAGGUCCACCAUCGCCCUCCCGCCAGCGAGUACACCAUGCACCUGGGUCUCAAGUCCACCGGCAACUACGUUGACUUCUACUCAGCUGCCCGUCCCUACAGUGAACUGAACUAUGAAACGAGCCACUACCCGGCCUCCCCCGACUCCUGGGUGUGAGGAGCAGGGCACAGGCGCUCCGGGAACAGUGCAUGUGCAUGCAUACCACAAGACAUUUCUUUCUGUUUUGUUUUUUUCUCCUGCAAAUUUAGUUUGUUAAAGCCUGUUCCAUAGGAAGGCUGUGAUAACCAGUAAGGAAAUAUUAAGAGCUAUUUUAGAAAGCUAAAUGAAUCGCAAGUUAACUUGGAAAUCAGUAGAAAGCUAAAGUGAUCCUAAAUAUGACAGUGGGCAGCACCUUUCUAGCGUGAGCUGUAGAGUAACGAGAAGUGCUUUAUACUGAACGUGGUUGAUGGGAGGAGAGACGAGGCAUUCGGGCCGGUGGGGCGUAAGGGUUAUCGUUAAGCACAAGACACAGAAUAGUUUACACACUGUGUGGGGGACGGCUUCUCACGCUUUGUUUACUCUCUUCAUCCGUUGUGACUCUAGGCUUCAGGUUGCAUUGGGGUUCCUCUGUACAGCAAGAUGUUUCUUGCCUUUUGUUAAUGCAUUGUUGUAAAGUAUUUGAUGUACAUUACAGAUUAAAGAAGAAAAGCGCGUUGUGUAUAUUACACCAAUGCCGCCGUGUUUCCUCAUCUAUGGUUCUAAAUAUUGCUUCAAUUUCAAACUUUUGAAAGAUGUAUGGAUUUCCAGUUUUUCUUUACUUUCUCCCAGUAUGUUUUAACAAAAAAAAAAAAAAGCAGGAAAAAAGGAAUAUUUAGCAGUAUUGUUCGUUCUGAUAUGUGAAUUUGUUUGUGACAACUAAACAAGGCAUUCAGCAGUUUCUGACAAUUAACAUACAUCAUUCCACACUCCUUGUCAACAAAGUGCUUUUUCACUGCCUAAAAUUUUAGAUGUAGAUAUUUGAAAUAGAUUUUUUCAUUUAUACCAGUUUUCUUUAUGAUGAUACAGUGUUAAAAGAAAAUAAAUUACAAUUGAUCUGUCAUCCAUAUUUGCUAAGAAUGUCUAUUUCCAAGAACCUAUAUCUUACAAAAUACACAUUCUUGCUUGUGUGUCUGUGUGUGUGGGUGUAUGUAUGUCCACGUACUAGAAAAAUUACCUGUGUGAGAUUUUAUUUUGACAGAAGCUAUUUCAUUUGCUGUUCAUCUUGUACAAACUUUGUUUUUGGUUUUUUAGUAUAAAUGUACAUCAGUUUGUUCCUUUUGUACUGUAUCUAUUCUUCUGACCAUCUAGUGACUCAGGAUAUUAGGCCAGUUGAAGUGGAGUUAUAGGAUUUUCACACAUUCACGCAUACUUGGAUAUCAACCCUCUCUACAGGUCCGUUUCCUUACACAUUUUAUCCCCUCAGAACACGAUAAACCAUGGCCAAUUCAGUUUCACUUUGGGGCCAAUUACUUGAAGUAUCCACAGAAAAUGUAAACUGCUCGCCUUAUUCCCCCAAACUUUUUGUUCAUGUGGCAGGGAGCAGUACACAACUAUGGAAUAGAUUAUUAAAACUGAACUUGAAGCUAACGUUAGAAUAGUGGUUAACAGAGCUAAGAAAUAAGGCUAACCAUCGAAAAGAACAUGGGCCGCGGGUAAACUAGCUUUGCUCUUUAGAUGCAAGUGGCUGAGGCCAAUAGGUGCCUAGUAAAUGUUAACUGUUCUUGGAAAAAAUAAAAACAUCAGUAACAAAAGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1491.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1583.20
Frequency: 0.0000
Diversity: 1143.80
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.(((((((....(((((.(((....(((......((((.(((.((.(((((((((((((((((.........((((((........))))))............))))).)))))))..(((.((((((((((((((.((.(((((((((((((((((((((((((((.((((((((((.((((((.((((.((.(((.....))))).......((((((((.((((((........)))))).))))))))(((.((.((((.........)))).)))))......((((((...((((((((.(((((((..(((............)))..)))))))(((((.(((..((((((...((((((((((........))).((((((((((.(((.......)))..))).)).)))))..((((.....)))).))))))).......))))))..).)))))))...))))))))....)))))).(((((((((.((((((.((((((((.((((((......((((((.(((...((.(.((((((((...((((((.......(((....))).))))))...)))))))).)))))).))))))..)))))).)))).))))((((((........))))))(((((((............(((((((...)))))))..((((((((((((..(.(((..((((((((((......((.((.(((.(((...)))((((((((((((..((...((..(((...((((..((((((.............((.(((((((((((((((((((((((....(((..(((.((.((((.........))))..)))))..)))......(((((.((......)).)))))..............(((.......)))...)))))))..((((((.(((((.(.((((((..........(((((((..(((..(...(((..((((((((((((..((((((((((((((((......)))).................))))))).).)))).(((((((...(..(((((......)))))..)..)))))))....((((((.((....((((..((((.((((...(.(((.((((((((.................))))))))))).).)))).))))..)).))....))))))))...(((((..((((....)))).))))).(((((((((((((..((..((((..(((.(((((.(((((..((((.(.((.........................)).))))).)))))))))))))(((((...((((.(((..((((..((((..((.((((...)))))).))))))))))))))))))))..)))).))((((((((.......((.((((((((((....))).((.((........))))(((((...((((((.....))..))))....)))))......))))))).)).......)).))))))...)))))))))))))....))))..)))))))).)))...)..)))..)))))))..))))))).))))).))))))...((((((((.((.(((((...((...))....))))).)).))).)))))))))).).).))).)))))).)).............))))))))))......)))..))....))....))))))))))))....((((..(((((((.....(((.((((..(((((((.((((((((((.((((...))))..((((....))))....(((((((...)))))))....................((((((.......)))))))))))))...))).))))).))(((((((.((((.....(((..(((.......)))..)))(((..(((((...((((.((.....(((((........((((...(((((.....)))))..)))))))))((.((((((((.......)))))))).)).)).))))...)))))..)))((((((((((.((.....(((((...(((.......))))))))..)))))))))))).)))))))))))...)))).)))))))))).....))))..)))))))...))))))))).)..))).)..))))))(((.(((((((((((((((((((((((((((.(((.((..(((((((((((...(.(((.........(((....)))......(((.((.(.(((...)))).)))))((((....))))...............))))...))))))))))))).).).).)))))...)))).)))).))))))))))))..)).)))..........((((((..(((..((((..((..((((((...)))))).....)).))))))).))))))........(((((.......)))))....))))))..))))))).((((((((.((.((.((.....)).))...))))))))))..(((.((......)))))((.((((......)))))))))))).))))))))).......(((((((.((......)))))).))).))))))))).).)))))).))))))))))(((..(((......)))..)))...((....))(((((......)).))).........(((((..((...(.....)...))..))).))...(((......)))....))))))..)))))))).)))).))).....((.......))..)))))))))))).)))))))...............((..(((((.(((.((((..((((((..(..............)..))))))...))..)).))).))))).)).)))))..)).))).))))......)))))).)))))...))))))).........((.((((((....))))))))(((..((..((((..........))))))..)))..((((((((((((((.(.((((..(((.(((.(((((((.(((....((((((((......(((....)))...((((..(((.((.(((.((((((((..(((..(((((.......)))))..)))...))))....))))...))))).))).))))......((((((((........)))))))).........(((((.((((((.((((((.(((((..(((...)))))))).))))))((.....)).........((..((((((((....(((..(((.((.((((....))))))..))).)))....)))))))).)))))))).)).)))))))))))....(((((((((.((((((((((((.(.....)))))))))......((((.((((.((((.((((...((((.(..((((((.((((((....(((((((((......(((((......(((.((..((.(((..(((((((((.....)))))))))..))).))..)).))).....)))))(((((((((........)).)))))))...........((((((....)))))).(((((((((.((((..((((((.((((.....)))).))))))......((((((((((((((((((((...)))).)))))).((((((..........))))))((((.(((((..(((((..........))))).))))).))))......)))))))))).............)))).)))))))))..........((((((((((.(((((((.((.....((((((....(((....(((..(((((((((....)).))))))).)))....))).....)))))).....)).)).))))).((((..(((....))))))).)))))).))))...........(((((((((...(((((.......))))).........(((((((((.((((........)))))))))))))............))))).))))(((((..((.((((((((.(((((..((((.......))))...))))).))))))))))..)))))...((((((((((((((.((...((((....(((............(.(((.(((......))).))).)..((((((((.(((((....((((((.....(((.......(((((...(((((((((...(((......)))....))))))))).............)))))...)))....))))))....)).))).)))))))))))....))))...)).))))))))))))))...))))...))))))))))).))))))..))))).....)))).)))).))))..))))............(((((((((((.((((((((........)))))))).((((.((....(((..(((((((.(((.....((.(((((.....)))..)).)).)))))))))))))...)).))))...........)))))))).))).)))).)))))))))))).)))))))(((((........((((((((((..((..............))..)))....)))))))))))).))).)))..))))))))))))..))))))))))))...(((((.(((......................)))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((,(((((((.{,.(((((.(((.,,.({(..,,,,((((,(,,.((,{({({((((((((((((.........{{((({...,,,,.}}})))..,,.,,,.,}}))))).)))))))...,,.((((((((((((((.{,.(((((((((((((((((((((((((((.((((((((((.((((((.(((({(((((((((.(({((((((,,{{((((((((.((((((........)))))).)))))))).||.{{.{(((,{,,.{{{,||||,,,|||{{{{..,{,{{{,..{(((.{{{..,,,,|}.}}|.}.,}},.,},}}},,,}))),,,}}))}),},,,}}{(((({.(((({.((({....,)))}))).,))}|}}}}}}},.{((.{(((((....)))).)).))}((.(((((.......)))))))...,}.)).)))))..))))).......((((((,.....,.....(((((((((.((((({,((((((((.((((((......((((((.((({..,,.{.((((((((...((((((.......{{,....}}}.))))))...)))))))).),)))).))))))..)))))).)))).))))|(((((........)))))}(((((((............(((((((...)))))))..((((((((((((,.(.(((..((((((((((....,,(,{((.(((,({(,,,|}}((((((((((((.......((..({{...((((..((((((...,,.,..,.,.((.((((((((({{(((((,(((((({...(((,.(((.((.((((.........))))..)))))..}}}......(((((.((......)).))))).,,,{,,......{{((.......}}}.,.}))))}}..((((((.(((((.(.((((((..........(((((((..(((..(...(((..(((((((((((({{((((((((((,,{(((......)))}...,,,.....,,,..,|||||,|{|.||||,((,,{{{|,|{,.{((,{.,....}}}))|||.}},}}}}},}}},||}}}|||,...((((..((({.((((...{.(((.((((((((.................))))))))))).}.)))).})))..)).))..,})),)))))}}.(((((,.((((....)))).))))).(((((((((((((,.((..((((..(((.(((((.(((((..((({.(.{{,........................)).))))).)))))))))))))((((({,{((({.,,({{{({(..(((({.,,.||||}.,,}}))).}})))))}},,,}}))))))..)))).))((((((((.......((.((((((({((,,{{,,,.||,,,........,,|,((((({{.((((((.....))..)))).,}.))))).,,,..))))))).)).......)).))))))..,)))))))))))))....))))..)))))))).)))...)..)))..)))))))..))))))).))))).))))))...{{{||{{{|((,{{{{{...||,..)),}}.}))))}}},})).)))))))))),,.}.))).)))))).)).}...,.,}....))))))))))......}}}..}}....))....))))))))))))...,||||..(((((((.....({(,((((..{((({{{.{||||{{|||,||{|...})},..(((,....}))),...(({{(((.,,}})))))....................((((((.......))))))|}}}}}}..})}},)))}}.}|((((((,.(({(.....(((..{{{.,,..}.)))..)))|,,..,{{||...||||.((,,,..{{(({{{{{|,,{((((...(((((.....)))))..))))}||||((.((((((((.......)))))))).)),}}.})))|.,)||))|,),{((((((((((.((.....(((((...{,........},}))))).,)))))))))))))))}})))))}}...}))}.)))))))))).....}}},..))))))),..))))))))).)..))).),.)))))){{(.(((((((((((((((((((((((((((.({,.(,(.{((((((((((...,.{,,.....,{{..(((.,.(((......))).||.}}|.|}}.|||,...))){(((....,)))......{,,......})))...)))))))))))),}..}.).)))))...)))).)))).))))))))))))..)).}}}..........((((((..(((..((((..{(..((((((...)))))).....}}.))))))).))))))........(((((.......)))))....))))))..))))))),((((((({{((.((.((.....)).))...)))))))))),.{{{,((......,))}}{{.((((......)))),,)))))).))))))))).})))))(((((((.((......)))))).))).))))))))).).)))))).)))))))))|((({{(((,{........,}||,..|{..,,}|{{.{|,.....}}.)))...,|....,|{{,......,)).....,,,}..,},)})),,.(((......)))...,))))))}.}))))))).)))).))).....({.......))..)})))))))))).))))|||{{{{...........||}}}|||,.{((|{{{{..((((((,.(..............}}}))))))...)},.,|,|,,.,)))}},,,)))))..)),}}}.))))......))}))).)))))...))))))).........{(.((((((....)))))))}(((..,{..((((..........))))},..)))..{(((((((((((({,(.((((..(((.(((.(((((((.(((....(((((((({{,,,,(((,...|||.,,,,,,...,{,({{,{,.{{{|{{(({,(((,.{{{{|,},.,.,)))}|,,}}|{{{|}|{{{{,,}}}...}}}||.}}},},}}},....((((((((........)))))))).......,|{|{{,.,{,,,|,|{((({.(((({.,(((...)))))))).)))))}{{.,,..))..{{(({.{(,..((((((((....(((..(((.(,.((((....)))),,..))).)))....)))))))).},)).)))}),.}.,,)))))))....(((((((((.((((((((((({,{.....)))))))))..,,..(((({((((.((((.{(((...((((.(..((((((.((((((....(((((({{,.,...,{,,,{({{{{{(({.((,.{(.(((..(((((((((.....}))))))))..))).}),.}}.}}}.,{{{.{({((({((,{{{..,,|}|}))}.)))}}}..,..,,,...((((((....)))))).(((((((((.((((..{(((((.((((.....)))).)))))}......((((((((((((((((((((...))))}}))))).((((((..........}})))}.,,|.|||{(||,((,,,{{{{,....))))),)),)).|||....))})))))))))).,,.......,,.)))).)))))))))..........((((((((((.((((({,.,,.....{{(({{.,..(((,.,,(({..(((((((((....)).))))))),))),,,,}}}...,,})}}}}.....},.,,.}}}}}.((({..{{{....})))})).}))))).)))){{{,....}}}|,,(((((({{.{({{(({{({,.,||,|,,||,....(((((((((.{((({......})))))))))))))..,,...,,.,})))))}}}},.}}}},}||,((((((((.(((((..((((.......))))...))))).)))))))))},}}))))}}}((((((((((((((,((,..{{{{,,||||,.,.........,{{((({((({,,,,|}}},}}}||,,({{{{{{{.{{({(,...{({(((,,,,,(((.......{||||...{((((((((.{.(((......)))..}.)))))))))...,,,...,,,,||}}},,.}}},..,)))))}..,,))}})}.))))))))}}),,,,)))).,.)),))))))))))))))..,))),..}))))))))))).))))))..))))).....)))}.)))).))),..,,,}....,,}}}}..{{{((((((((.((((((((........)))))))).((((.((....(((..(((((((.(((....,{{.{{(((.....)))..,).)).))))))))))}}),,.)).))))...........)))))))).}}}.)))).)))))))))))).)))))))(((((.,,,......((({..{{,((.....}}...,,)))),.,||,...,},})))}))))}.))).)))..))))))))))))..))))))))))))...(((({,(((...,{............,,...)))))))).......
Back